复旦大学附属眼耳鼻喉科医院成立于1952年7月1日，是由中国红十字会第一医院及中山医院的眼科和耳鼻喉科合并而成的，是上海医学院的一所专科性的教学医院。
1955年更名为上海第一医学院附属眼耳鼻喉科医院。
1985年改名为上海医科大学附属眼耳鼻喉科医院。
1999年上海医科大学与复旦大学合并后，医院更名为复旦大学附属眼耳鼻喉科医院。
坐落于汾阳路的眼耳鼻喉科医院是一所集医疗、教学、科研为一体的上海市三级甲等专科医院,并于2004年成为复旦大学首家通过ISO9001认证的医院。
医院占地面积33亩，设有眼、耳鼻喉、放疗、麻醉、口腔、激光、急救、整形八个临床科室和放射、病理、药剂、检验、营养等五个医技科室；眼科和耳鼻喉科是国家教育部重点学科，也是国家教委批准的首批硕士、博士生培养点，博士后流动站，并建有上海市听觉医学临床中心、上海市眼科临床质量控制中心；是国家临床药物研究机构，也是上海市红十字会眼库常设机构，医院设有卫生部听觉医学重点实验室和近视眼重点实验室，近年来头颈肿瘤外科又被评为上海市重点学科。
医院耳-颅底显微外科、玻璃体视网膜疾病的手术治疗已达国际先进水平；眼视光学、青光眼、白内障人工晶体、角膜移植、头颈肿瘤外科、临床听力学和听觉、嗓音康复等均达国内先进水平。
医院还开设鼾症、中医肿瘤、过敏性鼻炎以及眼肿瘤整形、干眼症、角膜病、糖尿病性眼病以及集放疗、放射和头颈外科于一体的肿瘤会诊等十八个专科门诊。
随着医院的不断发展，2002年和2003年医院开设了以汾阳路总院为核心的宝庆路分部和浦东分院，并建立了眼视光学中心、听觉言语康复中心、多导睡眠监测室和高压氧舱治疗室等。
2005年医院门急诊量达131万人次，年住院病人数1.93万人次，年手术数量为3.1万人次。
为实现立足上海辐射全国的目标，医院分别在浙江绍兴和永康两地建立了眼耳鼻喉科咸亨分院和眼科永康分院，在上海首家“民办国营”的曲阳医院设立了曲阳耳鼻喉科诊疗中心，所有分院运用与总院统一的标识系统，打医院品牌。
现有675名职工的眼耳鼻喉科医院，有中国科学院院士1名，博士生导师14名，硕士生导师27名，高级职称者99人。
每年承担复旦大学医学系、预防医学、高级护理系和卫生管理等临床教学和实习任务及多项国家继续教育项目，培养了大批的医学人才。
具有雄厚医、教、研力量的眼耳鼻喉科医院，自1977年至今已获得各科研奖项126项，其中国家级5项，省部级23项；获得各类课题268项，其中国家自然科学基金面上项目20项，重点项目1项，杰出青年1项，国家十五攻关项目2项；在十五期间发表论文682篇，其中被SCI收录的有22篇。
同时医院还与国内外同行保持着广泛的联系和交往，足迹遍及美国、意大利、以色列、德国、澳大利亚、韩国、加拿大、英国等，多次承办全国和国际性学术交流活动，承担多项国际科研合作项目，并和多家国外大学、医院建立了姐妹医院和联合研究室。
经我院自己研制成功的多道程控人工电子耳蜗于2005年进行了技术转让，即将投产造福更多的聋人患者。
复旦大学附属眼耳鼻喉科医院将努力创建国内领先、亚洲一流的专科医院，成为中国乃至亚洲的眼耳鼻喉科的学术中心和人才培养基地。