建科初期科室现代化医疗设备十分匮乏，给医疗科研工作的开展带来极大的困难。鉴于当时的实际状况，首任科主任王忠植教授凭借其所具有的前瞻性的学术思想和对医疗设备特有的专业知识，经过两年的努力，科室先后购进了4台永岛牌耳鼻喉科综合治疗台、Olympus和Zeiss手术显微镜、多功能纤维鼻咽喉镜、硬性耳鼻喉内镜，Stryker手术电钻，并建立了设备完善的听力功能检测室，逐步达到国内八十年代先进水平。在王忠植主任领导下医疗工作迅速达到北京三甲医院的水平。
同时为尽快建立自己科室的特色，在杨继生、张小伯医师的共同努力下，先后开展了翼管神经切断术治疗常年变应性鼻炎、大剂量硬化剂注射治疗咽喉及鼻咽部血管瘤及内镜、显微镜下鼻窦外科手术及喉显微外科手术等一系列先进技术。又进一步扩大了科室在国内外的影响。在科室初期的创业阶段，我们同时得到了国内外前辈及同道的无私的帮助和指导，包括协和医院邹路德教授、301医院姜泗长教授、杨伟炎教授、方耀云教授等以及日本饭沼寿孝教授、山下公一教授等，对此我们始终铭刻在心。
2003年张秋航教授担任第四任主任。在他的带领下，科室的发展步入了更新、更高的发展时期。科室普通病房床位由原来的24张扩展到38张，引进了先进的医疗设备。并在国内较早开展了内镜经鼻颅底肿瘤切除术，包括前颅底、鞍内、岩斜坡、颞下窝、岩尖等各颅底区域的肿瘤切除，并使耳鼻喉头颈外科在鼻颅底外科领域步入国内先进水平。
2006年中日友好医院成为“听力重建启聪行动”全国首批十家定点医院之一，2009年成为国家贫困聋儿康复救助首批定点医院，在人工听觉植入领域处于国内领先水平。
2012年，吕秋萍主任医师作为人才引进加入耳鼻喉头颈外科，成为科室副主任，她在咽喉激光微创手术以及咽喉反流的诊治方面做出了贡献。
2018年伊始刘剑锋主任医师作为科室副主任开始主持工作，王成元作为副主任。科室在临床、教学和科研方面快速发展。2021年耳鼻喉科更名为耳鼻喉头颈外科。同年刘剑锋成为第六任科主任，刘洋副主任医师作为科室副主任。他们在秉承耳鼻喉科的优良传统基础上，进一步树文化，建学科，促发展。大力推进鼻颅底外科、咽喉头颈肿瘤、耳神经外科、甲状腺和甲状旁腺外科治疗等亚学科的持续发展。为首都以及全国人民耳鼻咽喉头颈外科的健康大事业贡献力量。
目前科室主任为刘剑锋，副主任为刘洋。护士长为张洋。科室共有主任医师7人，副主任医师4人、主治医师5人、住院医师2人，技师2人，主管护师8人、护师7人、护士1人。医师中具有博士学位者10人、硕士学位者7人、本科1人。
门诊、病房设置：
1.科室开设本部普通门诊、专家门诊(本部、北区)、特需门诊(本部)和国际部门诊(国际部)。
2.住院病床包括本部普通病房38张，国际部特需病房数张。
3.设有听觉功能检查室3间，内镜检查治疗室4间，治疗室3间，人工耳蜗植入后调机室1间，嗅觉测试和前庭功能检查室1间。
拥有的诊疗设备：
STORZ鼻内镜高清、超高清和4K摄录像系统4台；OLYMPUS电子纤维鼻咽喉镜2台；PANTAX电子纤维鼻咽喉镜1台；LEICA手术显微镜2台；DEKACO2激光治疗仪1台；BIENAIR高速手术电钻2套；MEDTRONIC耳鼻喉动力系统3套；MEDTRONIC术中面神经监护仪2台；ARTHOCARE低温等离子治疗仪2台；耳鼻喉科综合治疗台9台。颅底血管超声探测仪1台；OLYMPUS电子频闪喉镜2台；美国GSI格雷森斯塔德勒纯音听力检测仪3台；美国GSI格雷森斯塔德勒中耳检测仪3台；美国GSI格雷森斯塔德勒听性脑干诱发电位检测仪1台；美国GSI格雷森斯塔德勒耳声发射检测仪1台；丹麦国际听力前庭功能检查系统1套；美国咽喉反流酸碱度检测系统1套；日本嗅觉测试仪2套。
科室诊疗特色：
1、鼻科学-鼻颅底外科学
1)鼻-前颅底肿瘤、颞下窝肿瘤、鞍区和鞍区周围肿瘤、岩尖胆固醇肉芽肿、颅鼻沟通肿瘤、斜坡肿瘤。肿瘤病理包括：鼻咽癌(复发)、嗅神经母细胞瘤、鳞癌、腺癌、腺样囊性癌、神经鞘瘤、垂体瘤、脑膜瘤、脊索瘤、软骨肉瘤、颅咽管瘤、蛛网膜囊肿等；
3)鼻窦炎颅内眼眶并发症、鼻鼻窦颅底侵袭性霉菌病；
4)先天性疾病如脑膜脑膨出、颅鼻沟通窦道囊肿、先天性畸形；
6)脑脊液鼻漏、颅底骨折外伤、眶额筛复合伤等；
7)鼻中隔偏曲矫正术；
8)过敏性鼻炎和血管运动性鼻炎的微创鼻内神经切断手术；
9)嗅觉和味觉障碍。
2、耳神经科学
2)耳内科疾病：眩晕的诊治，如良性阵发性位置性眩晕的复位治疗，前庭性偏头痛和梅尼埃病的治疗；突发性耳聋及其他听力障碍的诊治；耳鸣的诊治；
3)耳聋临床遗传学检测和遗传咨询。
3、咽喉头颈科学
头颈外科专业组，开展了上至颅底，下达上纵隔范围内的各种头颈部肿瘤开放性手术；游离血管化组织瓣修复头颈肿瘤缺损。
开展的具体手术：嗓音显微外科手术，如声带息肉、声带小结、声带任克水肿、喉注射成形术等；CO2激光咽喉微创手术，如喉癌前病变及早期喉癌切除，杓状软骨切除术治疗双侧声带麻痹；喉部分切除术和全喉切除术；颈淋巴结清扫术；治疗晚期下咽癌侵犯颈段食道或原发性颈段食道癌的全喉下咽及食道切除；美容小切口微创甲状腺手术；内镜辅助下颈部无创甲状腺肿物切除术。
科室该可以进行甲状癌侵及邻近器官的根治性手术；颞下窝肿瘤切除术；咽旁间隙肿瘤切除术；颈动脉体瘤切除术；颈静脉孔区肿瘤切除术；涎腺肿瘤切除术；口腔、口咽、扁桃体及舌根恶性肿瘤切除术；颈根部手术；上颈段气管肿瘤，颈胸交界肿瘤的手术治疗；喉返神经修复重建手术；各类游离组织瓣移植手术如：前臂组织瓣、股前外侧组织瓣、股薄肌瓣、腹股沟瓣、腓骨瓣、胸背动脉穿支瓣、背阔肌瓣等。
4、睡眠呼吸暂停综合症(鼾症)的手术
开展儿童鼾症治疗，如离子射频消融治疗扁桃体肥大，腺样体肥大等；成人的鼻中隔偏曲矫正术；腭咽悬雍垂成形术；舌根等离子减容术等。
5、内分泌外科手术
开展甲状腺和甲状旁腺良恶性肿瘤手术；原发、继发和三发性甲状旁腺功能亢进的外科治疗(200例/年)。
现有专病门诊：
嗅觉障碍专病门诊。
甲状腺、甲旁腺头颈肿瘤专病门诊。
咽喉嗓音专病。
耳鸣耳聋专病门诊。
眩晕专病门诊。
中耳炎专病门诊。
科室科研成果：
1.科研课题：
1)、国家自然科学基金面上项目一项。
2)、国家自然科学青年基金项目二项。
3)、人社部留学人员科技活动择优资助5项。
4)、北京市科委首都特色医疗一项。
5)、北京中医药大学教学重点课题。
6)、北大医学部教学研究课题。
7)、中日友好医院青年英才计划2项。
8)、中日友好医院院内课题6项。
9)、吴阶平基金会资助一项。
10)中日友好医院教学课题2项。
2.参与制定国内耳鼻咽喉头颈外科疾病诊疗指南9项：
1)、嗅觉障碍诊断和治疗专家共识(2018年)。
2)、鼻出血诊断和治疗指南(2014年)。
3)、慢性鼻-鼻窦炎诊断和治疗指南(2012年，2015年，2018年)。
4)、儿童变应性鼻炎诊断和治疗指南(2010年)。
5)、变应性鼻炎诊断和治疗指南(2009年，2015年)。
6)、咽喉反流性疾病的诊断和治疗专家共识(2015年)。
3.学术著作9部：
1)《耳鼻咽喉科治疗学》(主编，1997，中国协和医科大学北京医科大学联合出版社)。
2)《耳鼻咽喉-头颈外科主治医生500问》(主编，2000，中国协和医科大学出版社)。
3)《英语查房与讨论-耳鼻咽喉头颈外科》(主编，2000，人民军医出版社)。
4)《耳鼻咽喉-头颈外科诊断与鉴别诊断》(副主编，2001，中国协和医科大学出版社)。
5)《嗓音显微手术学》(主编，2005，中国协和医科大学出版社)。
6)《嗅觉基础与临床》(副主编，2010，人民卫生出版社)。
7)《耳鼻咽喉头颈外科手术学(上、下卷)》(主译，2017，天津科技翻译出版公司)。
8)《耳鼻咽喉头颈外科手术关键技术-鼻外科学》(副主译，2019，科学出版社)。
9)《耳鼻咽喉头颈外科手术关键技术-颅底外科学》(副主译，2019，科学出版社)。
4.发表学术论文：共计260余篇。
科室教学情况：
北京大学医学部教学基地。
北京中医药大学教学基地。
北京市住院医师耳鼻喉科培训基地。
北京市全科医师培训基地。
首都医科大学耳鼻咽喉头颈外科学硕士培养点。
北京中医药大学耳鼻喉科学硕士招生点。
协和医学院耳鼻喉头颈外科硕士招生点。
科室获得荣誉：
2019年中华医学科技奖励二等奖，项目名称是嗅觉障碍性疾病的创新诊疗技术的建立及推广和应用；
2012年获得北京市科学技术奖三等奖，项目名称是嗅觉障碍机制、评估和治疗体系的建立和应用；
2013年度中日医院医疗奖三等奖显微外科器官修复与重建；
2013年中日医院医疗三等奖人工耳蜗植入；
2014年度中日医院医疗奖一等奖—自体组织移植换脸手术；
其他重要事项：
承担对口支援：共计8院次，包括：新疆、西藏、赤峰、榆林等当地医院。