广州市胸科医院是公立三级专科医院，医院现有各类专业技术人员800余人，其中中高级职称人员占50%以上。
医院可开放病床700余张,设有重症结核科、ICU、肺结核科、肺外结核科、呼吸内科、肿瘤科、儿科、胸外科、骨科、乳腺外科、急诊科等临床科室以及药剂科、医学检验科、放射科、病理科、影像检查科、内镜中心等医技科室。
在门诊开设有普通内科、呼吸内科、神经内科、儿科、中医科、普通外科、胸外科、骨科、乳腺外科、肿瘤科、妇科、口腔科、耳鼻喉科、结核内科、结核外科、结核儿科、皮肤科等专科门诊。
结核内科为广州市医疗卫生机构重点专科（专项），在结核专科各病种的诊断治疗方面积累了丰富的临床经验。
擅长于利用纤维支气管镜对支气管结核及肺部其他疾病进行诊疗，尤其对肺空洞内继发曲菌球感染的治疗，效果明显；擅长于采用血管介入栓塞及支气管局部治疗顽固性咯血及经肺细针穿刺行胸膜、肺的组织活检诊断胸膜、肺疾病；对结核性脑膜炎等神经系统结核形成了一套独特的诊疗方法，治疗效果显著；特别是对合并糖尿病或肝损的结核病治疗有丰富的经验。
呼吸内科以慢性咳嗽、哮喘、急慢性支气管炎、肺部感染、慢性阻塞性肺病、肺心病、支气管扩张等呼吸系统常见病、多发病及各种呼吸急重症的诊治见长。
内窥镜诊治中心规模大、实力强，每年经支气管镜诊治患者达4000多人次，诊治例数和效果均位居全省医院前列。
肿瘤科在支气管肺癌、乳腺癌、恶性淋巴瘤、胸膜间皮瘤等胸部恶性肿瘤的治疗方面有独特的经验，尤其对晚期非小细胞肺癌的综合治疗，以及对恶性胸腔积液的诊治形成了一套完整而规范的措施和方法，肿瘤治疗的有效率和生存率均达到较高水平。
胸外科在肺癌、乳腺癌、结核性毁损肺、结核球、结核空洞并曲菌球感染、脓胸纤维板剥脱、淋巴结结核、难治性气胸、复杂性支气管胸膜瘘等疾病的外科诊治上属该领域的全国前列水平；在难治性结核性毁损肺外科治疗，胸部肿瘤（包括肺、食管、乳腺）的外科手术及综合治疗，各类气管、支气管疾患的手术治疗及支架介入治疗，胸腔镜微创外科手术治疗方面疗效显著。
骨科擅长于对骨、关节结核的诊治。
应用“病变切除、自体骨或钛网（人工椎体）重建缺损椎体加内固定”技术治疗脊柱结核效果显著，是国内较早开展该项技术的医院之一。