耳鼻咽喉头颈外科是首都医科大学附属北京同仁医院传统的重点学科，与北京市耳鼻咽喉科研究所结合形成了国内具有代表性的专科特色，现为卫生部国家临床重点专科、教育部国家重点学科。2002年，耳鼻咽喉头颈外科与北京市耳鼻咽喉科研究所共同组建成立北京市耳鼻咽喉头颈外科研究中心，耳鼻咽喉头颈科学教育部重点实验室、WHO防聋合作中心、北京市人工听觉技术生物工程中心、国家生命科学与技术人才培养基地—北京市耳鼻喉科学院等均落户本中心。耳鼻咽喉头颈外科下设耳科、鼻科、咽喉科和头颈外科四个亚学科。
中国人民解放军总医院耳鼻咽喉头颈外科医学部先后被国家和军队评定为全军耳鼻咽喉专科中心、全军耳鼻咽喉研究所、全国首批国家重点学科、军队重点实验室、教育部国家重点学科、全军声损伤防护重点实验室、聋病教育部重点实验室、聋病防治国际合作研究基地、聋病防治北京市重点实验室、国家耳鼻咽喉疾病临床研究中心，是硕士、博士学位授予单位和博士后流动站，是国家973项目首席科学家单位。
北京协和医院耳鼻咽喉科为国家临床重点专科，已连续4年进入复旦大学医院管理研究所中国医院最佳专科声誉排行榜四强。分设耳科学组、鼻科学组、咽喉头颈学组。耳科学组全面开展了耳显微外科学、耳神经外科学和临床听力学等工作，开展了大量镫骨手术、面神经手术、人工耳蜗等手术，取得了很好的疗效。鼻科学组在嗅觉基础与临床研究方面处于国内领先地位，鼻科手术器械的研制获得了多项专利。咽喉头颈学组系统性地开展了头颈部恶性肿瘤、阻塞性睡眠呼吸暂停低通气综合征（OSAHS）及咽喉气管食管狭窄的综合治疗。
北京大学第一医院耳鼻喉科业务涵盖耳科学、鼻科学、咽喉科学、头颈肿瘤科学及听力学等专业学科，并以头颈肿瘤的规范化为主要特色，在全国范围内具有较高的学术影响力，整体水平位居全国一流水平。同时在咽喉肿瘤微创外科手术和晚期肿瘤术后重建，睡眠呼吸暂停低通气综合征等方面的治疗均处于国内前列，是中华耳鼻咽喉头颈外科学会咽喉嗓音专业组组长单位。该科室目前配备了最为现代化的手术显微镜，激光系统，电子导航，神经监测等设备。
北京大学第三医院耳鼻咽喉科是卫生部“临床重点专科建设项目”、北京市内镜培训基地、北京市儿童听力诊断中心、中国医师协会住院医师规范化培训耳鼻咽喉科依托单位。在全国耳鼻咽喉科学界具有非常重要的地位。科室分为鼻科、耳科及咽喉头颈三个亚专科。科室连续多年在复旦版排名中名列前13-17位，2016年排名第16位。国家数据中心基于病例首页数据排名位列全国第13名。中国医学科学院科研排名连续2年在国内名列第25位。
北京大学人民医院耳鼻喉科分为耳科组，鼻科组，以及咽喉头颈组三个专业组。耳科专业组，能够开展听神经瘤、颈静脉球体瘤等侧颅底肿瘤切除等疑难手术，是国内最早开展人工耳蜗植入手术这项技术的单位之一，眩晕的外科治疗水平位于国内领先水平。鼻科专业组于国内率先开展了鼻内窥镜手术技术，并一直居于国内领先水平。头颈咽喉组每年完成的咽喉手术例数位于北京市各级综合性医院的前列。
北京天坛医院耳鼻喉科设有听力功能室、面神经功能室、前庭功能室、鼻内镜室、纤维喉镜室等，可以开展各种常规检查。除了诊治耳鼻咽喉科常见病、多发病（中耳炎、鼻窦炎、咽喉炎、耳聋）外，充分利用天坛医院神经科学优势，与神经外科、神经内科等学科开展广泛交流、合作，以眩晕、耳聋等多学科交界性疾病为突破点，打造天坛神经耳科学品牌。
首都医科大学宣武医院耳鼻咽喉头颈外科是以鼻科和颅底外科闻名，在国内具有较高影响力的学科。几乎各个区域的内镜颅底手术均由该学科在国内率先开展并报道，部分为国际首次报道，整体技术水平受到美国及欧洲两家世界知名颅底外科中心的肯定。现已形成了团队整体实力强大、技术成熟可靠，深受国内外同行广泛认可的专科。
中日友好医院变态反应门诊，在变态反应性疾病（即过敏性疾病）方面诊疗特色鲜明，如哮喘、过敏性鼻炎、食物过敏等进行针对性的辅助检查（肺功能检查、过敏原检测（皮肤点刺过敏原检测、血液特异性IgE抗体检测等）），并根据最新的变态反应理论，采用中西医结合的方式，治疗反复咳嗽、反复呼吸道感染、哮喘、过敏性鼻炎、腺样体肥大（打呼噜）、慢性腹泻等。对可能发展为哮喘的高危人群进行早期干预及个体化的防治指导。