首都儿科研究所附属儿童医院为进一步优化服务流程，切实改善人民群众看病就医感受，我院开设特色专病门诊。专病门诊即根据特定疾病或症状划分的门诊，是一种以患者疾病需求为中心的新就诊服务模式。这种就医方式改变了过去“病人围着科室转”的状态，“对症挂号”、“按病索医”，给患者提供方便、精准的诊疗服务，更具针对性和专业性。
呼吸内科
反复呼吸道感染门诊
诊治疾病范围：反复呼吸道感染，如反复扁桃体炎、反复支气管炎、反复肺炎等
出诊号别：副主任医师、主任医师
出诊地点：周二上午新门诊楼二层；周五上午门诊楼一层南侧
呼吸睡眠门诊
出诊号别：主任医师、知名专家
出诊地点：新门诊楼二层
难治性肺炎
诊治疾病范围：肺炎治疗效果不佳，迁延不愈
出诊号别：副主任医师、普通门诊
出诊地点：门诊楼一层南侧
消化内科
炎症性肠病门诊
诊治疾病范围：儿童炎症性肠病包含溃疡性结肠炎、克罗恩病、极早发炎症性肠病的诊断、治疗及随诊
出诊号别：知名专家、主任医师
出诊地点：门诊楼二层北侧
肝病门诊
诊治疾病范围：肝损害、胆汁淤积性肝炎等消化系统常见疾病，以及希特林蛋白缺乏症、肝豆状核变性、肝糖原累积症、进行性家族性肝内胆汁淤积症等罕见疾病的诊断、治疗及随访
便秘门诊
疾病范围：婴幼儿及儿童排便困难，排便延迟、排便次数减少以及不自主漏便等的治疗及长期管理
出诊号别：副主任医师门诊、普通门诊
幽门螺旋杆菌感染门诊
疾病范围：儿童幽门螺旋杆菌感染的诊断及治疗，家庭管理、后期随访等
神经内科
肌无力专病
诊治疾病范围：各种出现无力症状的神经肌肉疾病。常见病种包括脊髓型肌萎缩（SMA），Duchenne/Becker型肌营养不良，重症肌无力，先天性肌无力综合征，吉兰-巴雷综合征谱系疾病，慢性炎性脱髓鞘性多发性神经根神经病（CIDP），先天性肌病，其他肌营养不良，强直性肌病、遗传性周围神经病，代谢性肌病，线粒体肌病，弛缓性脊髓炎，其他运动神经元病等
出诊号别：知名专家
智力运动发育迟缓和孤独症专病
诊治疾病范围：各种神经系统发育障碍性疾病，如全面发育迟缓、智力低下、语言落后及倒退、儿童孤独症、认知障碍、遗传性智力障碍、脑性瘫痪、Rett综合征、Angelman综合征、脆性X综合征等
出诊号别：副主任医师
脑炎和脑膜炎专病
癫痫中心
代谢病专病
诊治疾病范围：神经系统代谢性疾病，如甲基丙二酸血症、戊二酸血症等有机酸、氨基酸代谢性疾病、线粒体疾病等
出诊号别：普通门诊
抽动症专病
诊治疾病范围：儿童抽动障碍、抽动秽语综合征等
癫痫门诊
诊治疾病范围：儿童癫痫、难治性癫痫、癫痫术前评估
出诊号别：知名专家、副主任医师
肾脏内科
泌尿系感染专病门诊
诊治疾病范围：泌尿系感染是儿科常见的感染性疾病之一，部分患儿病情反复发作，早期诊断及干预对后期治疗相当重要，出诊医师对复杂性泌尿系感染和泌尿系畸形具有突出的临床诊治水平
过敏性紫癜专病门诊
诊治疾病范围：过敏性紫癜、过敏性紫癜性肾炎
遗尿门诊
诊治疾病范围：儿童遗尿、盆底肌功能障碍
新生儿内科
新生儿黄疸专病门诊
诊治疾病范围：新生儿高胆红素血症、新生儿溶血病、新生儿胆红素脑病、新生儿母乳性黄疸、新生儿胆汁淤积症以及其他不明原因新生儿和小婴儿黄疸
出诊号别：特需门诊
出诊地点：儿保楼八层儿保中心
新生儿发育营养门诊
诊治疾病范围：特殊疾病新生儿（早产儿、小于胎龄儿、肠道手术、代谢性骨病、炎症性肠病、乳糖不耐受、发育迟缓及遗传代谢病等）的营养评估、监测、管理及喂养指导
出诊地点：儿保楼一层
早产儿随访门诊
诊治疾病范围：早产儿慢性病管理、生长发育评估指导、喂养评估指导及神经运动发育评估等
新生儿保健门诊
诊治疾病范围：定期体检、生长发育评估、神经发育评估、预防接种疫苗指导、育儿指导和咨询服务等
内分泌科
性腺门诊
诊治疾病范围：儿童性腺发育不良性疾病，如特纳综合征，克氏综合征，卡尔曼综合征，CHARGE综合征，雄激素不敏感，5a还原酶缺乏症，46，XX性腺发育不良，46，XY性腺发育不良。性早熟性疾病，如McCuneAlbright综合征等
出诊号别：主任医师
糖尿病门诊
诊治疾病范围：儿童糖代谢异常性疾病，如空腹血糖受损，糖耐量异常，高胰岛素血症，应激性高血糖、1型糖尿病、2型糖尿病、青少年发病的成人型糖尿病(MODY)，新生儿糖尿病、糖尿病酮症酸中毒(DKA)、高渗性高血糖状态等
肾上腺门诊
诊治疾病范围：儿童肾上腺功能亢进/减退性疾病，如异位ACTH综合征、肾上腺皮质腺瘤/腺癌、肾上腺功能早现、先天性肾上腺皮质功能增生症(CAH)、先天性肾上腺发育不良、肾上腺脑白质营养不良等
矮小门诊
诊治疾病范围：儿童生长缓慢、矮身材性疾病，如生长激素缺乏症、特纳综合征，小于胎龄儿、特发性矮小、Prader-Willi综合征(PWS)、Silver-Russell综合征(SRS)、Noonan综合征等
性早熟门诊
诊治疾病范围：儿童性发育提前性疾病，如CAH、McCuneAlbright综合征、孤立性卵巢囊肿、卵巢肿瘤、睾丸肿瘤、下丘脑错构瘤、生殖细胞肿瘤、家族性男性限性早熟等
出诊号别：主治医师
心血管内科
心律失常介入治疗专病门诊
出诊号别：主任医师、特需门诊
出诊地点：周三下午门诊楼二层北侧；周五上午门诊楼二层南侧