毛囊炎主要是由细菌、真菌等病原体感染毛囊引起的炎症。
一些全身性的因素也会促使毛囊炎的发生。例如，患有糖尿病的患者，由于血糖水平较高，皮肤组织中的含糖量也相应增加，这为细菌和真菌提供了良好的营养环境，使得感染更容易发生，而且感染后也较难治愈。长期使用糖皮质激素或者免疫抑制剂的人群，身体的免疫功能受到抑制，机体抵御病原体的能力下降，毛囊更容易被细菌或真菌侵袭。另外，肥胖者皮肤褶皱处容易出汗且不易透气，这种温热潮湿的环境有利于微生物生长，也容易引发毛囊炎。
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