上海交通大学医学院附属仁济医院消化内科、上海市消化疾病研究所是国内消化内科主要的医疗、科研和教学基地之一。本学科是首批国家博士学位授予点；1984年,由江绍基教授和萧树东教授创建了上海市消化疾病研究所；1990年被批准为国家教委内科消化重点学科，且2002年又以同类一级学科和二级学科皆总分第一的成绩继续成为国家重点学科；1991年被确立为临床医学博士后流动站；1994年经卫生部评审成立卫生部内科消化重点实验室；1996年又再次被评为上海市高教局重点发展学科；1997年确立为“211工程”重点学科；1998年被卫生部批准为部属消化内科临床药理基地（现改名为“上海市消化疾病研究所国家药品临床研究基地”）；1998年设立特聘教授岗位（长江计划）。近五年来本学科建设取得成绩的重要标志如下：
1.2001年上海市内科消化重点学科
2.2002年教育部“211工程”重点学科（II期“十五”规划）
3.2002年教育部消化内科重点学科
4.2002年成为上海市消化内科临床医学中心
5.2003年“胃肠病学”杂志成为核心期刊、统计源期刊
6.2003年成立上海市脂肪性肝病诊治研究中心
本学科目前共有教授或主任医师9位，副教授或副主任医师13名。其中包括教育部“长江学者”特聘教授、国家杰出青年科学基金获得者、人事部/教育部等七部委“新世纪百千万人才工程国家级人选”和上海市“领军人才”等。医教研队伍中有博士学位的人员比例达65%，拥有国外学历和进修经历的人员比例75%。8位教授在全国和上海市专业学会中任正、副主任委员和委员。
（一）临床业务开展情况：
1、临床基础
率先对上海地区丙型肝炎的流行病学情况作了调查，首创用脂质体包埋冬虫夏草多糖治疗慢性肝炎。在国内首次进行了大样本机关职员肥胖及其系列病的流行病学研究，并对脂肪肝的病因分布及其临床特点进行了较为全面的描述，同时探讨了脂肪肝与肝纤维化的关系及其可能机制。
本学科还开展了内镜下食管狭窄扩张术及支架放置术、幽门狭窄扩张术、食管胃底静脉曲张硬化剂治疗、组织粘合剂和皮圈结扎治疗、各种消化道异物取出术、内镜下各种激光治疗技术、非静脉曲张性上消化道出血的内镜治疗（如金属夹止血法）、消化道息肉切除术（激光、电凝电切和微波等）、十二指肠乳头括约肌切开取石术、内镜下胆管引流术等。本学科配备有专业的消化病理室，保证了内镜诊治的高质量。
2、近五年来新建诊疗技术
（1）胶囊内镜：国内率先引进此项技术，对不明原因的消化道出血（诊断阳性率82％）以及小肠克隆氏病（诊断阳性率65％）的诊断有极大的优越性，共完成300余例临床检查。
（2）气囊小肠镜：克服小肠疾病诊断的临床难点，与胶囊内镜形成互补。国外仅开展1年，我院已完成100余例的检查诊断。
（3）离子凝固术：内镜下治疗消化道出血、血管畸形、息肉、早期癌肿、良恶性狭窄、Barrett食管，以及内科治疗小肝癌等。
3、五年来消化内科临床和科研特色
（1）幽门螺杆菌的研究
国内首次报道在蒙古沙鼠中，单纯用幽门螺杆菌诱导出胃癌。在国内首先研制成功H.pylori基因组DNA芯片，并进行应用研究。进行幽门螺杆菌疫苗的研制和开发，首次将一种新型的高效无毒粘膜佐剂寡核苷酸CpG-ODN用于Hp疫苗研制，已进入动物实验阶段。
（2）幽门螺杆菌根治性治疗失败后的补救治疗
近年来，由于推荐的根除H.pylori的治疗方案因H.pylori对大环内酯类和硝基咪唑类抗生素的耐药性快速增加而不能令人满意。我学科经过持续的随访研究，建立了幽门螺杆菌三联疗法根除治疗失败后的多种补救治疗方案。
（3）消化系肿瘤的研究
（4）肝纤维化无创伤性检测指标及有效干预措施
（5）脂肪性肝病系列研究
脂肪性肝病发病机制以及与肝纤维化的关系的研究已经获得2002年上海市科技进步三等奖以及2002年中国高校自然科学科技进步二等奖，并成立了上海市脂肪性肝病诊治研究中心。
（6）病毒性和非病毒性肝炎的治疗
已鉴定“氧化苦参碱治疗病毒性肝炎及抗纤维化的基础及临床研究”。贺普丁及阿德福韦等抗乙肝病毒药物大型临床研究正在进行。
自身免疫性肝病特色门诊吸引了全国各地患者前来就诊，目前随访病例达250余例（包括自身免疫性肝炎、原发性胆汁性肝硬化、硬化性胆管炎、重叠综合征），居国内首位；优化了诊治标准，取得较满意的疗效；深入研究发病机制，并探索新治疗方法；已发表核心期刊论文10余篇，其中SCI收录论文2篇；出版国内首部《自身免疫性肝病》专著（60万字）。
“鼠胚胎干细胞向肝细胞分化的研究”的部分论文发表在“LiverTransplantation”上（影响因子3.8），该杂志述评称该文为其领域的另一基石“anotherstone”。
4、临床业务
（2）消化病区的工作目前东、西两部开放床位数为85张。近五年来，消化病区的出院人次显著增加，平均住院天数逐年缩短，2006年床位使用率达到107.8％。
（3）消化内镜检查和治疗内镜检查数量逐年上升，胃镜检查数量为上海市第一。新开展的胶囊内镜、超声内镜和双气囊小肠镜检查发展迅速。
（二）科研成就
1.课题
2.临床医疗及科技成果
近五年学科获得10余项科技奖进步奖，包括中国高校自然科学科技进步二等奖3项，上海市科技进步一等奖1项、二等奖2项、三等奖4项，上海市临床医学成果二等奖1项，上海医学科技三等奖2项。
3.论文和专著
近五年发表中文论文300余篇，累计发表SCI收录论文50余篇，多篇论著发表于国际一流专业杂志（Gastroenterology、Hepatology、Gut）。主编、副主编并出版专著20余部。我学科主办的《胃肠病学》期刊成为国内核心期刊源杂志，国内杂志的影响因子逐年提高。
4.专利
（三）教学方面
已举办国家级继续教育项目17期，以及函授教育（授予国家认可的I类学分）。近五年已毕业博士研究生30名、硕士研究生28名，还培养3名博士后、4名访问学者。
学科主办了2005上海国际胃肠病学会议（萧树东教授为大会主席），有500余位国内学者和50余位外宾参加，邀请20余位国际著名专家作专题报告。7篇论文入选2003年的亚太地区消化病学术会议，其中1篇为大会发言、4篇为分会场发言（我国只有6篇论文发言）。3篇论著参加了2003年国际表遗传学术研讨会，其中1篇为大会发言。萧树东教授为2004年亚太消化疾病周会议主席。