牛痘术自1805年传入我国(邱浩川《引痘略》)后，已开始广泛传播。当时许多地方还成立了牛痘局推广接种。此期关于天花的论述，从理论上没有太多的发展，主要是记载种痘方法，如1847年王锡鑫的《痘科切要》，1847年王伯伟的《天花八阵编》，1865年郭昆山的《痘证慈航》，1885年武荣纶的《牛痘新书》等。
4、与传统温病理论持不同观点的论述
在近代的100多年中，温病学从颠峰时期到开始有人对它提出怀疑，医学家们对温病学从多方面、多角度进行争论，这在学术上是值得称道的。只有这样一门学科才能真正有所发展。遗憾的是近代只是有一些不同看法，并未形成一门学说，这种状况值得我们深思。
二、经方学说的发展及其学术思想
明清以来，由于温病学派的兴起，外感热病的诊治研究打破了以《伤寒论》一统天下的局面，并逐步蔚为主流。但是伤寒学派的发展并没有停滞。相反，由于对立面的存在，更促进了学术间的争鸣。此期的经方学家，其言行论著多具论争色彩，更加重视临床疗效的提高与理论的探索，并尝试沟通中西医学为其时代特色。
陈伯坛(字英畦1863～1938)，广东新会人，行医于广州、香港。临证之余主要致力于仲景学术的研究，曾主办中医夜学馆，专授《伤寒论》。暮年复设伯坛中医专校，传授长沙之学。撰有《读过伤寒论》(1929年)、《读过金匮》(1938年)、《麻痘蠡言》(1933年)等。
包识生，（约1874～1934年）名一虚，字德逮，福建上杭人。祖父辈精医，幼承庭训，宗尚经方。著有《包氏医宗》三集，所论多为仲景学说。
对于伤寒的治疗，祝氏不以祛邪为首务，而强调匡扶之法：“疾病为正邪格斗之行动。医之任务，协正以祛邪也”。在匡扶正气方面，祝氏尤其重视对于阳气的维护与扶持，“阳衰一分则病进一分，正旺一分别邪却一分”。祝氏对《伤寒论》的研究突破了传统的理论模式，许多观点未经人言，使人耳目一新。
谭次仲(1897～1955)，字星缘，广东南海人，通过自学对中西医都有涉猎，曾在香港任广东保元中医学校校长。撰有《伤寒论评志》(1935年)。
余无言(1900～1963)，字择明，江苏阜宁人。幼随父奉仙学医，喜钻研仲景学说。后问学于西医俞凤宾。余氏治西医较深。有关仲景学说的著作有《(图表注释)伤寒论新义》(1939年)，《(图表注释）金匮要略新义》(1952年)等。近代较有影响的经方学家尚有四川吴显宗（棹仙），陕西黄谦(竹斋)等。
三、寒温融合学派的兴起
伤寒学说是温病学说的基础，温病学说是伤寒学说的发展，二者有着密切的联系，所以寒温两说发展到清代后期，又在寒温分立的局面中逐渐派生出寒温融合的医学流派。
所谓寒温融合，是二者从病因、病理变化、诊断、治疗等各方面融合成为一个体系。这种过程是逐渐形成的。
陆九芝是有名的维护《伤寒论》的医家，但他并不否定温病的存在。他承认伤寒自伤寒，温病自温病，但认为温热有发自阳明和伤寒传入阳明之分，伤寒入阳明赤即为温病。在治疗方面，陆氏控治温热，善用经方。批评温病学家对阳明证不敢用承气、白虎等方，主张惟寒凉之撤热力始足以救阴，重视胃系温病，反对治胃用肺、撤热不力。总之陆九芝融合寒温主要在于治疗，认为伤寒方即足以治温病，伤寒温清两法分治寒温两疫亦甚合。
柳宝诒主张外感应以六经为辨证的总纲。他对叶吴学派废六经的做法曾有批评。
在上述基础上，俞氏提出治外感病的六经总诀；“以六经铃百病为确定之总诀；以三焦概疫证为变通之捷诀”，将六经与三焦联系起来作为热病知常达变的诀窍。何秀山复予阐发：“病变无常，不出六经之外，《伤寒论》之六经乃百病之六经，非伤寒所独也，惟疫邪分布充斥无复六经可辨，故喻嘉言创立三焦以施治。上焦升逐，中焦疏逐，下焦决逐，而无不法重解毒，确得治疫之要”。指出在疫证治疗上三角辨证对六经体系的补充作用。何廉臣由此总结出：“定六经以治百病，乃古来历圣相传之治法；从王焦以治时证，为后贤别开生面之治法”，（何廉臣，通俗伤寒论·上海科技出版社铅印本，1959），可谓不薄今人厚古人。综观绍派伤寒，其辨析诸证颜为明晰，条列治法，温寒互用，补泻兼施，实有将伤寒、温病以及重要内科杂病专妇儿分科病证融于一炉之慨，而无偏主一格之弊。
同时有傅懒园(1861～1931)，字菎笙，亦绍兴人。其学术思想大抵体现在两方面，一为用六经辨时病，二为辨证重视湿，施治主张化，用药朴实稳健，注意邪有出路，亦为绍派伤寒的骨干。
丁甘仁在治疗外感病方面，不以经方和时方划分界限。辨证论治中采取伤寒辨六经与温病辨卫气营血及其主治方药的综合运用（黄文东：丁氏学派的形成和学术上的成就，见：近代中医流派经验经选集，上海科技出版社，l962）。
恽铁樵反对温病病因为温热的说法，认为伤寒为温病之原。“温病者，热病也；热病者，伤寒也。”“冬之热病是伤寒，春之热病是伤寒，夏之热病，秋之热病，依然是伤寒。”他说伤寒而病热之所以有风温、暑温、湿温等不同名称，“是因时令之异而兼六气之化，故命名如此。”“凡热之而热，寒之而寒，惟死体为然，生物则否。”人体惟受寒而病热，“谓受热而病热无有是处，须知受热竟不病热。”（恽铁樵：药庵医学丛书·温病明理，上海：新中国医学出版社铅印本，1949）。
时逸人(1896～1996)，江苏仪征人，后迁居镇江，从师汪允恭习医，以擅治温病时疫著称。著《中国时令病学》（1930年），将因时令气候变迁所发生的病证，如春之春温、风温，夏之暑温、湿温，秋之秋燥、伏暑，冬之伤寒、冬温等四时发生而无传染性的疾病列为时令病。对于各病分定名、原因、病理诊断、治法等予以科学整理与论述。对新感伏邪、六经三焦、营卫气血与太阳的关系以及兼病、夹病、并病等都有自己的辨析见解。如他认为吴鞠通三焦为病证深浅界限的符号，上焦代表病证初期，中焦代表病证续进期，下焦代表病退身弱期等。书中汇集伤寒与温病学说，并汲取俞根初、石芾南、何秀山、何廉臣之论。
从寒温一统到寒温分立，又到寒温融合，这并非历史的重复，而是在新的基础上达到新的统一。它标志着学说的发展，学术的进步，透过这一至今末衰的寒温融合过程，反映出近代中医在外感热病的辨证论治方面取得很大的进步。
四、杂病治疗的进步
近代医家在杂病论治方面承袭了一份十分丰厚的财产，得以在比前人更高的层次上进行新的探索与研究，因而立论更为公允、全面、准确。
综上所述，近代医家对中风病的研究不再屑屑于真中类中之争，在病因发病方面倾向于内外因结合而以机体内在病理变化为主。对中风与脑的关系受到西医知识和近代科研方法的启发，从识病角度对疾病本质有较前更为深刻的认识，具有承前启后的作用。
血证
肝病
一、外科名家与医著
此期外科名家辈出，较著名的有马培之、余景和、高思敬、张山雷等。
近代时期中医痔瘘逐步发展晚为专科，如江苏痔科专家丁泽民，从高祖丁锦楠，祖父三祝，父辅廷，几代行医。（1914～1974），丁择民悬壶扬州、南京，秉承家技，治疗痔瘘，疗效显著。后又对传统的外用含砒枯痔激进行改进。痔科名医林墨园（1898～1974）浙江平湖世医，少随父习痔科，先悬壶于乡邑，后转至沪上开业。精于痔科，医治痔瘘以传统或线疗当为主，早年即采用西药局麻醉，改进手术方法，缩短疗程，提高疗效，名噪一时。认为根治肛瘘，关键在于找到内口，并加以正确处理。以上诸家的研究，均为所论各病的进一步专科化，打下了一定基础。
二、外治法与外科手术法的丰富
这一时期外治法有重在发展，对内病外治作了大胆尝试。吴师机《理瀹骈文》(1864年）对清以前处治法作了一次系统总结，是中国医学史上的第一部外治专著敷贴膏药广泛应用，使得膏药研制更为精良，从而促进外科诊疗水平提高。
外科手术疗法较前也有进步，从有关施行手术案例记述来看，近代中医外科手术已经有了良好的开端。余听鸿氏《诊余集·外科医案》“截臂”节详细记载了手术截肢一案。随着手术进步，手术器械亦有发展。
在诸多医家努力下，这一时期外科有长足进步。虽面临医外科挑战，但其丰富的内外治法，显示出顽强的生命力和竞争力。
近代骨伤学的发展，受近代西方医学传入的影响，除在其原有体系中不断进步，产生一批著名医家与医著外，同时开始吸收西方医学长处，融于传统骨伤科医学体系之中。临证也取得了一定的成就。
一、传统中医骨伤科的进步
二、中西医学在骨伤科的融合
合信氏的《全体新论》就受到中医骨伤科医师的重视，尤其是其中关于肌肉、韧带等知识，更直接为一些开明医生所吸牧。如王子平就很重视西医的骨骼解剖及其肌肉、韧带的有关知识，他所倡导的手法治疗要重视点、面、线的结合，就包括了肌肉群、肌肉起止点及韧带的有关知识。他认为，只有广泛吸取新的知识，才能发展中医伤科学。
进入20世纪，诸如X线等物理诊断技术的传入，引起医学界的广泛重视，当时在上海等大城市里有条件的中医骨伤医生，都尽可能的吸取X线诊断知识，利用X光拍片来诊断疾病，大大提高了骨伤病诊断的准确性。同时传统的诊断技术仍有着广泛的实用性；正如20年代即悬壶上海的十五世伤科传人魏指薪（1894～1984）所言“X线摄片是重要的，必须的，但不能完全依赖它。有的骨裂或骨错缝，在X线片上由于摄片时的体位关系或其他因素等，往往不能得到正确的反映。”而魏指薪则能结合丰富的临证经验用触摸的方法予以诊断。可见，中西医在骨伤学内的碰撞是和缓的，中医既注意吸取西医之长，同时也注重发挥中医骨伤学几千年丰富经验之优势，这样和缓而理智的碰撞，为以后骨伤料中西医结合的发展提供了一个良好的开端。
三、伤科名医与名著
一、晚清医家有关妇科病的论述
包岩(字蘅村)，浙江湖州人，于1903年著《妇科一百十七症发明》。包氏对当时妇女所受形体之苦深表同情以经脉循行营运的原理说明缠足对女子的戕害，提倡天足，并从强国强种的意义与高度呼吁对妇女进行保护。他所编撰的《女科一百十七症发明》原书是竹林寺女科著作系统的一个刊本。竹林寺女科是浙江萧山县竹林寺僧撰写的女科著作，自清初以来流传甚广，形成近代一大女科著作系统，并和绍兴钱氏女科、嘉兴陈氏女科、宁波宋氏女科合称“浙江女科四大家”。包氏在本书中详细阐明妇科辨证用药的机理，凡有心得，则在症下列“发明”一节以作论述，多能曲畅旁通。1909年陈莲舫（秉钧）纂《女科秘诀大全》，一名《女科实验秘本》，共分经脉（包括经带病）、胎前、临产、产后、杂证五卷。每病先引经典或前人论说，备述妇女病原，继参按语，殿以方药，次序井然，理法方药咸备。此书虽述而不作，但作即在述中。搜罗全面而又精萃，且贯穿着莲舫本人的学术见解，有益于后学。
二、民国妇科医家与著作
清末民初医家陈稚泉(约1860～l930)对于妇科疾病因根据不同性格、体格类型予以不同治疗方面较前人更为重视。如他在所著《妇科心得》(1924年)调经门“不及期而经先期”项下，将该证按“赋性温和”、“性急躁多怒多妒”等不同心理类型，“形瘦”、“形胖”等不同体格类型予以不同治疗，并兼顾既往近代西医书刊的出版和医药学术团体病证用药情况。
单以产科鸣世者以下几家。
近代时期妇产科有名医家及有影响的著作尚有寄湘渔父《达生保赤编》(1886年)、程门雪《妇科学讲义》、恽铁樵《妇科大略》、秦伯未《妇科学》、时逸人《中国妇科病学》等。