江苏省人民医院，暨南京医科大学第一附属医院、江苏省临床医学研究院、江苏省红十字医院。江苏省妇幼保健院作为江苏省人民医院妇幼分院，实行一体化管理。江苏省人民医院前身为1936年成立的江苏省立医政学院附设诊疗所,医院是江苏省属三级甲等综合性医院，占地面积245亩，现有建筑面积41万平方米，固定资产总额（净值）26.7亿元，实际开放床位5200张，职工约7000人。
2、南京鼓楼医院
医院高度重视人才队伍建设，涌现出一批在全国有影响力的领军人才和专家学者，其中海外院士1人、柔性引进院士1人、长江学者3人、杰青2人、优青4人、国家百千万人才工程3人、国家有突出贡献中青年专家7人、享受国务院政府特殊津贴49人。担任中华医学会分会主委1人、候任主委和副主委5人，担任江苏省医学会分会主委、候任主委和副主委41人，担任南京医学会分会主委、候任主委和副主委48人。
3、东南大学附属中大医院
东南大学附属中大医院始建于1935年，其前身为中央大学医学院附设医院，历经第五军医大学附属医院，解放军84医院及南京铁道医学院附属医院等几个重要历史阶段。历史上名家辈出，戚寿南、姜泗长、张涤生、牟善初、阴毓璋、王士雯、贺林、杨焕明等众多院士和专家学者曾在此校园求学或执教，奠定了丰厚的文化底蕴和笃学重研的传统。经过87年的发展，现已成为集医疗、教学、科研为一体的大型综合性教学医院，是教育部直属的国家“双一流”A类、“985工程”、“211工程”重点建设大学附属医院，也是江苏省首批通过卫生部评审的综合性三级甲等医院。
4、南京大学医学院附属金陵医院（东部战区总医院）
医院医疗设备国际一流，拥有术中放疗机、"达芬奇"手术机器人、双源CT、射波刀、PET/CT等现代化医疗设备。推行"医院管理智能化、医疗信息数字化、机关办公自动化、卫勤保障精确化"，信息化水平全国一流，是全军首批数字化示范医院。处于国际领先的技术有：肾脏疾病一体化诊断治疗技术；肝肠脾多脏器联合移植（亚洲首例）；复杂性肾脏病的中西医结合治疗；脑垂体移植（国际首例）；小肠移植（亚洲首例）；肠外瘘的治疗等。
5、南京市中医院
医院拥有院内自制制剂122种。拥有国家级非物质文化遗产代表性项目：丁氏痔科医术；江苏省非物质文化遗产项目：“洪氏眼科”“金陵中医推拿术”；与多名国医大师、国医名师达成合作协议；融入“一带一路”战略部署，与美国、比利时等多所大学开展院校间科研、教学、人才培养全面合作；与白俄罗斯莫吉廖夫市中心医院合作设立“中国—白俄罗斯（莫吉廖夫市）传统医学中心”，提供中医诊疗服务，传播中医文化；在全国率先创立多专业一体化诊疗平台，并作为典范向全国推广建设经验。
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