南京医科大学附属儿童医院耳鼻咽喉科为江苏省省级临床重点专科，科室辐射范围广泛，病员来自全国各地（包括西藏、新疆、内蒙、广东等20多省市自治区），年门急诊人次达20余万人次，出入院人8600人次，年手术8000余人次。科室现编制床位34张，临床医师23人，听力中心人员5人，喉镜室2人，人才梯队合理。医疗特色为儿童耳鼻咽喉科疾病诊治，科室重视亚专科建设，近年来逐渐发展为小儿耳科学、小儿鼻科学、小儿头颈外科、小儿咽喉及气道，小儿嗓音医学，以及睡眠医学等亚专业方向，耳科学在人工耳蜗植入和小耳畸形耳廓再造方面享有盛誉，是国家人工耳蜗植入定点医院，是国内规模较大的人工耳蜗植入中心之一，省内率先完成骨导助听器BAHAAttract植入。科室的其他关键技术小包括儿急症呼吸道疾病气管支气管异物、食管异物，小儿睡眠障碍疾病扁桃体腺样体肥大，儿童听力障碍诊断及干预，鼻内窥镜下鼻息肉切除、鼻窦开放、翼管神经（蝶腭神经、鼻后神经）阻断术治疗儿童过敏性鼻炎等鼻科手术，儿童喉气道狭窄、头颈手术如甲状舌骨囊肿、梨状窝瘘、鳃裂囊肿（瘘）手术等。
1、微创人工耳蜗植入术：
现为国家和江苏省人工耳蜗植入定点医院，目前已经累计微创人工耳蜗植入手术1000余例，术后效果极佳。微创人工耳蜗手术是一种先进精准的耳蜗手术和电极植入方式，具有切口反应小，出院即开机的优点。包括适合各型耳蜗植入的最小切口，以及许多精巧的设计和特点：小的皮肤切口、肌筋膜瓣的乳突轮廓切口、乳突骨檐的设计、圆窗膜入路和圆窗膜下耳蜗开窗入路。微创人工耳蜗植入带给患者是尽可能小的创伤尽可能完整的耳蜗结构和功能、良好的外观，更重要的是更好的康复效果。微创手术不再是只要将电极放进耳蜗就行的常规手术，而是注重减少创伤、出血及术后瘢痕，尽量保留残余听力和耳蜗内正常结构形态的精细化手术。人工耳蜗植入团队在李琦主任带领下，已经做了大量的工作改善听障小儿的生活质量。我们的优势：安全的婴幼儿全麻，给需要人工耳蜗植入的家庭提供最先进的人工耳蜗手术技术和全面准确的咨询、评估小儿的语言能力和人工耳蜗的潜在效益、长期的随访和专业的支持。
2、儿童中外耳畸形的综合治疗：
先天性外耳道闭锁小耳畸形是由于胚胎时期第一鳃沟及其邻近的第一、二鳃弓的发育异常引起的一组畸形，临床上常表现为：小耳畸形、外耳道闭锁和中耳畸形，我们根据小儿耳廓大小及畸形程度，采用多种耳廓再造技术，包括全包、半包、Nagata技术以及全耳廓再造及部分耳廓再造等，并对合适病例同期植入骨导装置，在恢复耳廓形态的同时最大限度的保留听力功能。同时开展先天性耳廓畸形（隐耳、招风耳、杯状耳等）耳廓矫形器早期矫治和手术治疗。
3、小儿急症呼吸道疾病、食管异物：
南京儿童医院耳鼻咽喉科近40年来共成功治愈20000余例气管支气管异物患儿，无一例死亡病例,这其中不乏因长期不明原因咳喘、肺不张、肺气肿、肺炎就诊的儿童，很多喉、气管、支气管、肺发育畸形的儿童也在我科得到确诊。我科在历年的临床工作中成功地抢救了数百名各种病因致呼吸道梗阻的危急重症儿童，积累了丰富的临床经验。每年成功治愈300余例食道异物患儿，其中有六个月以下低年龄患儿，年龄最小者为一个月内的新生儿，均无严重并发症出现。
4、儿童睡眠呼吸障碍的临床诊断和治疗：
5、喉气道及嗓音疾病
6、小儿鼻科疾病
7、小儿头颈外科
第三鳃裂瘘管(梨状窝瘘)是胚胎期鳃裂发育异常所致。传统方法需要颈外径路完整切除瘘管，难度和创伤均较大，南京儿童医院耳鼻喉科近几年来开展喉镜下梨状窝内瘘口等离子烧灼术，该方式有创伤小，恢复快，避免颈部瘢痕，术后复发率低的特点，现已基本取代传统颈外切开方式。甲状舌管囊肿为儿童最常见颈部无痛性肿块，亦为儿童头颈最多见手术，耳鼻喉科常规开展经典的Sisitrunk手术，罕见的舌根型囊肿可结合支撑喉镜下等离子囊肿切除，治疗效果较好，术后随访复发病例少见。对于其他的颈部肿物如第二鳃裂囊肿（瘘）、神经纤维瘤、囊性水瘤、儿童甲状腺占位也可以手术治疗。
辅助技术优势和特色：
南京儿童医院按照儿童生理特点长期形成的安全成熟的小儿麻醉学科、符合儿童需求的各种先进检查设备已成为支撑小儿耳鼻咽喉科发展的强大特色优势。