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1、牡丹江医学院附属第二医院
牡丹江医学院附属第二医院始建于1946年，是一所集医疗、教学、科研、预防保健于一体三级甲等综合医院，前身是牡丹江铁路中心医院，现隶属于牡丹江医学院。医院占地面积30025.23平方米，建筑面积67593.27平方米，床位数800张，开放床位710张，下设33个临床科室，13个医技科室，一个门诊部、1个社区卫生服务中心和1个卫生服务站，现有职工720人，专业技术人员682人，其中高级职称174人，硕士研究生34人，博士研究生1人。拥有硕士生导师16人，市级学科带头人7人，牡丹江市医学重点专科6个，牡丹江市医学知名专家、重点人才9人。
2、牡丹江市第二人民医院
医院（总院）现有职工1565人，拥有专业技术人员1311人，其中副高职以上人员507人，医学博士4人，医学硕士105人，硕士研究生导师6人；国家医学会专业委员会委员14人；省级医学会专业委员会副主任委员7人、委员84人；市医学会专业委员会主任委员17人、副主任委员65人、委员126人；市级学科带头11人、后备学科带头人4人；市知名专家17人，市重点人才19人。
3、牡丹江市肿瘤医院
医院拥有国内外的大中型诊疗设备60余台件。西门子电子直线加速器、国产电子直线加速器、多叶光栅、X—刀、超声刀、模拟定位机、热疗机；美国产ECT、CT机、CR、乳腺钼靶X线机、数字化多功能X线机；德国产全自动免疫分析仪、全自动生化分析仪、酶标仪、血球仪、血凝仪；飞利浦彩超4台；日立二郎神彩超1台；奥林帕斯电子胃镜、气管镜、喉镜、肠镜、胸腔镜、腹腔镜、宫腔镜、阴道镜；芬兰产多功能麻醉机、多功能监护仪、呼吸机、病理切片机、小C臂等。
4、黑龙江省牡丹江林业中心医院
医院坚持科技兴院，近几年开展科研项目2项，省级科研项目25项，有些项目填补了省级空白。蜱媒病科是牡丹江市重点学科，其疾病诊治水平和影响力在国内处于地位，是全省唯一治疗该类疾病的专科。科室系中国军事医学科学院病毒研究所临床科研基地，是军事医学科学院蜱媒病防治哨所医院，每年都有大量省内外重症患者前来就医。骨科是牡丹江市重点学科，也是黑龙江省东南部地区规模大、的骨科疾病治疗中心。是省医学会骨科专业委员会副主任委员单位、牡丹江市医学会骨科专业委员会主任委员单位，是医院重要的品牌支柱。眼科是牡丹江市重点学科，是省眼科专业委员会副主任委员单位、牡丹江市医学会眼科专业委员会主任委员单位。科内拥有各类眼科诊治设备30余台，其中德国进口海德堡眼前节、后节OCT,德国进口海德堡眼底广角视网膜脉络膜造影机系国际设备。介入科是在全市率先开展介入治疗的科室，是牡丹江市医保局指定的介入病人向上级医院转诊唯一的审批科室。疼痛科是牡丹江市医学会疼痛专业委员会主任委员单位，科室的多项技术在市内处于水平。
5、牡丹江市中医医院
医院总院占地面积0.8万平方米，建筑面积4.2万平方米，编制床位500张。******分院占地面积2.3万平方米，建筑面积0.5万平方米，编制床位100张。中西医各临床科室门类齐全，总院开设专科专病门诊14个，名中医工作室6个，综合ICU设置完善，急诊急救体系完备。******分院开设门诊16个，名中医工作室1个。
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