医院现有中国工程院院士1名（肝胆中心王学浩教授），美国医学科学院国际院士1名（康复医学中心励建安教授）；拥有各类国家重点人才项目专家17名；有国际外科学院执行委员会委员1人，听力国际副主席1人；有中华医学会等专科分会常务委员及以上38人，江苏省医学会各专科分会主委、副主委107人；常年在站博士后105名。医院在2019年度全国三级医院绩效考核中，居全国第21位；在复旦大学医院管理研究所发布的2020年度《中国佳医院综合排行榜》中，列全国第22位，有4个专科进入全国排名前10，有13个专科获得声誉提名。在2020年度中国医学科学院“中国医院科技量值（STEM）”排行榜中，我院科技影响力综合排名位列全国医院第19位，有4个学科进入全国排名前10，有15个学科位列全国前20；临床医学进入ESI全球排名前1‰，位列内地高校第8位。
2、南京鼓楼医院
深化科研体制改革，建立健全科技成果转化的政策体系。一是科研平台提供强大支撑。医院建立了江苏省肿瘤新技术医学中心、江苏省医学分子技术重点实验室、符合国际质控认证的多中心生物样本库、国内的临床GMP级中心和18个临床专科实验室，以及国际水准的I期临床试验研究中心等高端技术平台，拥有南京大学及南京市研究所和研究中心24个，并加快建设南京大学-鼓楼临床医学研究院和南京市转化医学研究院。二是科研项目攻关取得突破。近5年，医院获得各类重点重大项目资助21项；全院立项科研课题1437项，其中国自然项目348项，基金总数位列全省第2位。2020年获得国家自然科学基金资助项目77项，含重点项目2项，优秀青年基金1项，居省内医疗机构。三是科技成果再创佳绩。近5年，荣获国家技术发明奖二等奖1项，教育部二等奖3项，中华医学科技二等奖2项，中华医学科技三等奖2项，省科技进步一等奖6项，省新技术引进奖一等奖28项，共计各类科技成果200余项。SCI论文发表数位列全国第28位，以第一作者发表国际合著论文数位列全国第20位，在中国医院科技量值（STEM）综合榜中位列全国第39位。
3、东南大学附属中大医院
医院拥有国家临床重点专科：重症医学科、医学影像学；江苏省优势学科：医学技术学；江苏省重点学科：临床医学；江苏省临床医学研究中心：医学影像与介入放射、肾脏病；江苏省专科(病)诊疗中心：重症医学中心、介入放射诊疗中心；江苏省临床医学中心:医学影像与介入放射诊疗临床医学中心;江苏省医学重点学科:重症医学、肾脏病学、心血管病学、血液病学；江苏省临床重点专科（27个）：介入放射科、普通外科、心血管内科、骨科、血液内科、急诊医学科、消化内科、肾脏内科、神经内科、内分泌科、麻醉科、肿瘤科、重症医学科、整形外科、病理科、儿科、妇产科、医学影像科、泌尿外科、呼吸内科、老年医学科、药学、超声诊断科、医学检验科、心理精神科、康复医学科、神经外科；博士后科研流动站：临床医学；Ⅰ级学科博士学位授予点：临床医学；13个校级研究所，形成了一个较为合理的学科梯队。
4、南京大学医学院附属金陵医院（东部战区总医院）
东部战区总医院组建于2018年11月，以原南京军区南京总医院、原第八十一医院（含八十六临床部）、原第八十二医院（含一四九临床部）、原第三五九医院为基础，纳入驻宁及周边地区机关院校15家门诊部。医院现拥有国家、军队、军区和江苏省重点学科34个。拥有2名中国工程院院士、1名长江学者、4名百千万人才工程人选。先后有49人获得政府特殊津贴，17人次获得"何梁何利奖""国家突出贡献中青年专家""国家杰出青年基金"等重大奖项。
5、江苏省中医院
江苏省中医院（南京中医药大学附属医院）创建于1954年10月，为全国首批成立的省级中医医院之一，首任院长叶橘泉为中科院学部委员。建院60多年来，经过几代人的励精图治，辛苦耕耘，坚持以中医为本，突出中医药特色优势，国医大师、名医群体荟萃。为适应社会需求，医院不断提高重危及疑难病症的诊治能力，加强中西医结合工作，综合实力显著增强，学术水平和诊疗能力不断提升，持续保持在全国中医系统的地位，现已成为全国著名具有浓厚文化底蕴的大型综合性三级甲等中医院。医院先后荣获“全国省级示范中医院”、“全国卫生系统集体”、“全国百佳医院”、“全国医院文化建设单位”、“江苏省文明单位标兵”、“全国文明单位”、“全国人文爱心医院”、“全国敬老文明号”、“全国卫生健康系统新冠肺炎疫情防控工作集体”等光荣称号。
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