南京军区福州总医院（原九三医院）又称东方医院，建于1949年8月，是一家具有光荣历史的医院。经过半个多世纪的建设和发展，已成为学科齐全，技术力量雄厚，设备先进，诊疗环境优良，集预防、医疗、保健、教学、科研为一体的大型综合性"三级甲等医院"。医院是国家卫生部国际紧急救援网络医院、福建省"120"医疗急救网络医院、省交通事故救治定点单位以及省、市医保首批定点医疗机构。
医院由院本部、第二住院部、莆田95临床部、宁德442临床部、福州476临床部组成。医院院本部位于福州市西侧，毗邻西湖、左海公园，交通便捷，依山傍水、绿树成荫、空气新鲜、鸟语花香，是全军"文明卫生营院"和"园林式营院"以及福建省"福建省花园式单位"、"福建省卫生先进单位"、“福建省绿化环保先进单位”。医院是全国和全军数字化医院建设试点示范单位之一，医院已连续四次被总部评为“全军为部队服务先进医院”，并被总部表彰为“全军先进医院”和“全军医院建设工作先进单位”等。
医院院本部占地面积38万平方米（570亩），医疗用房面积10多万平方米。医院院本部展开床位2100张，年门诊量近170万人次、年住院量6.2万余人次，年手术量2.6万多台次。医院技术力量雄厚，拥有高级技术职称专家近300名，具有博士、硕士学位者近300多名，在国家、军队及省级担任学术职务350多人次，其中领军人才3人，国家级学科带头人3人，全军级学科带头人9人，军区级、省级学科带头人50人。
医院拥有国内领先的医疗、教学、科研设备，设备总值近7亿元，主要有检验自动化流水线系统、PET-CT、磁共振仪4台、高速CT2台、全身γ-刀、ECT、DSA、数字胃肠机（DR）、数字拍片机（CR）、头颅X-刀、直线加速器、流式细胞仪、电子显微镜、大型彩色多普勒仪、电子胃肠镜、自动麻醉机、体外震波碎石机、高压氧舱群、全层流净化手术室等。
医院科研能力较强、研究水平较高。目前，医院承担了国家、军队和福建省科研项目370余项，其中重大项目10余项。多个研究项目有望取得重大突破。"十五"以来，医院获国家、军队科技进步、医疗成果奖和福建省科学技术奖209项，其中国家科技进步二等奖3项，军队科技进步一等奖3项，军队医疗成果一等奖1项，福建省科学技术一等奖5项、二等奖31项。在国内外期刊上发表学术论文7000余篇，出版专著80余部。
医院本部设有53个专业学科，医院拥有1个国家级重点学科，1个国家重点专科在建项目，1个国家科技部示范型国际科技合作基地，是国家药物临床试验机构，下设16个专业，全军重点学科、基地10个：全军临床检验医学研究所、全军器官移植研究所、全军儿科疾病诊治中心、全军妇产科中心、全军微创神经外科中心、全军计划生育优生优育研究所、全军临床药理基地、全军医院信息化研究与技术支持基地、全军卫生音像制作基地、全军器官移植临床护理示范基地，南京军区重点学科13个：南京军区肝胆外科研究所、南京军区普通外科研究所、南京军区骨科研究所、南京军区肿瘤中心、南京军区药学中心、南京军区肾脏病中心、南京军区病理中心、南京军区呼吸病中心、南京军区中医中心、南京军区消化内科中心、南京军区医学影像中心、南京军区糖尿病诊疗中心，95临床部南京军区烧伤医学中心，福建省创新平台2个：福建省干细胞应用工程技术研究中心、福建省盆底医学工程技术研究中心，拥有重点实验室2个：福建省移植生物学重点实验室、中国人民解放军组织修复与器官重建重点实验室，是国家教育部本科教学工程校外实习基地、福建省住院医师规范化培训基地、福建省外科学研究生教育创新基地。
器官移植是医院的主要特色，已先后开展肾脏、肝脏、肝-胰-肾、肝-肾、胰-肾、心脏、心肺、肺脏、角膜、骨髓、胰岛细胞、干细胞等移植，手术的种类、数量和质量居国内领先水平，成为国内重要的大型器官移植中心之一。同时，医院在肾脏病、肝胆疾病、女性尿失禁、脊柱疾病、颅脑疾病、老年病、心脑血管病、消化病、肿瘤等疾病诊治方面处于国内先进水平。医院开展的临床检验技术、血液净化技术、放射介入技术、病理诊断技术、微创技术、超声诊治技术等处于军内外、省内外先进水平。
放疗科：拥有最先进的美国瓦里安2100C型直线加速器一台、数字化600C/D直线加速器一台；美国CMS立体三维治疗计划系统和德国头部X-刀等治疗计划系统三套；具有国内先进水平的双螺旋CT模拟定位机一台和世界先进国内领先水平的PET（派特）/CT模拟定位机一台（华东地区第一台）；同时还拥有日本东芝普通模拟定位机一台；国际先进水平的荷兰核通新型18通道近距离治疗机及计划系统各一台；微波热疗机一台；放射肿瘤治疗中心还有华东地区第一台全身肿瘤伽玛刀治疗机。
医学影像中心：拥有2.0T、GE1.5T双梯度16通道、SIEMENS1.5T和3.0T32通道MR以及小关节MR；2台64排CT、256层CT、PET／CT(16层螺旋CT)、东芝8000V血管造影机、全兼容型平板数字减影血管造影机(DSA)、双平板DDR、多功能平板数字X线机、全数字化平板乳腺钼靶X线机数10台以及与全院联网的影像中心PACS系统。
高压氧科：拥有动静态平衡功能测试训练仪、神经网络重建仪、脑电仿生电刺激、吞咽障碍治疗仪、骨创伤治疗仪、超声治疗仪、氧舱外高流量氧等先进设备70余台件。
实验科：拥有开展高水平医学研究的完备实验设施，近年又相继引进具有国际先进水平的3100-AVANT自动分析仪、DHPLC突变检测系统、定量PCR仪、激光共聚焦扫描显微镜等仪器，仪器设备总值达800多万元。
肿瘤科：科室拥有国内一流的大型肿瘤诊疗设备，PET-CT、64排螺旋CT、高场强核磁共振、全身伽玛刀、调强适型放疗、肿瘤深部热疗、电子胸腹腔镜、胶囊内镜等大大支撑了肿瘤诊疗的基础。
眼科：拥有现代先进的手术显微镜，超声乳化仪，玻璃体切割机，准分子激光仪，角膜地形图，综合验光仪，眼科A/B超，全自动视野计，眼前段、眼底照相系统，眼底造影，眼底激光仪，以及三维OCT、YAG激光机等一系列具有国际先进水准的高科技眼科设备。
侨宾科：配有24小时动态血压仪、脑血流动力监测仪和体脂肪测定仪，拥有各式套房96间，床位191张。有三级甲等医院——南京军区福州总医院价值愈亿元的先进医疗设备如世界上最新一代的西门子全身CT扫描仪,1000MA多功能X光机、数字减影血管成像、核磁共振、ECT、彩色多普勒、彩色电子胃镜、全自动生化分析仪、进口血透机及高压氧舱等高、精、尖医疗设备。
耳鼻咽喉头颈外科：拥有进口耳科显微镜，耳科电钻，纯音测听仪，声导抗仪，听觉脑干诱发电位仪，眼震电图，进口鼻内窥镜，射频治疗仪，进口电子鼻咽喉镜，喉显微镜，多导睡眠呼吸监测仪，等离子鼾症治疗仪等一批先进仪器设备。
妇产科：引进最新一代高清数字阴道镜、宫腔镜、腹腔镜、等离子双极电切抽吸泵等手术设备。
儿科：配备有呼吸机、床边血液净化机、过敏原检测仪、远红外线抢救台、电子保暖箱、蓝光治疗箱等医疗设备及自动照相显微镜、PCR仪等实验设备。
肿瘤科：是国家中西医结合肿瘤重点学科，构建了肿瘤化放疗与中医药治疗结合、全身治疗与局部治疗结合、传统治疗与分子靶向治疗结合、中药介入、微创治疗等多学科交叉的中西医结合肿瘤综合治疗模式，确立了以肺癌、大肠癌、胃癌、肝癌、乳腺癌为主攻方向，制定完善了30多项中西医结合肿瘤诊治规范。特色诊疗：DC+CIK联合免疫治疗；分子靶向治疗；微创诊治肿瘤；时辰给药提高化疗疗效；深部热疗增加放化疗疗效；肝癌特色治疗；弹性镇痛泵治疗癌性疼痛；全营养肿瘤支持疗法；中西医结合治疗肿瘤。
肿瘤科：欧阳学农、陈曦、解方为、张霞、余宗阳
整形.烧伤外科：整形外科主要进行各类先天、后天畸形的整复；各类瘢痕的治疗及预防；对颅面部、眼、鼻、耳、口部、躯干、四肢由于外伤、体表肿瘤、感染等原因引起的畸形、功能障碍、组织缺损等进行修复与重建；其中包括美容整形外科等，现在我科开展：各类植皮、皮瓣转移、游离皮瓣转移、组织移植（粘膜、肌肉、软骨、脂肪等）、隆乳术、乳房悬吊、乳头整形术、除皱术、吸脂减肥术、重睑术、眼袋整形、各种鼻畸形整复及隆鼻术、招风耳矫正术、耳垂穿孔美容术、唇裂一期与二期修复、隆颏术、面部局部凹陷充填、体表瘢痕、血管瘤、色素痣的综合治疗、头发移植治疗秃发、眉毛再造术、阴茎再造术，阴道紧缩、处女膜修补术、面部磨削术等；烧伤外科在省内有较高的声誉。主要治疗各类烧伤、电击伤、爆炸伤、火器伤。有丰富的临床经验，抢救危重大面积烧伤、复合伤、成批烧伤成功率高，可以开展异体皮移植、微粒皮移植等手术，自行研制的烧伤外用药物在临床应用中取得显著疗效。
整形.烧伤外科：孙建忠、杨苓山
眼科：陈梅珠、张春侠、高朋芬、陈国苍、马传勇、张佩伟、郑金树
侨宾科：姜洪、倪晋明
耳鼻咽喉头颈外科：以头颈肿瘤为重点的有一定影响的特色专科。传统诊治范围包括各种急慢性中耳炎、感音神经性耳聋等耳科疾病；鼻炎鼻窦炎、鼻息肉、过敏性鼻炎等鼻科疾病；扁桃体炎、咽炎、各种喉部和声带疾病；气管食管异物；颈部肿瘤、耳鼻咽喉口腔颌面部肿瘤等。经过多年努力，我科已形成多项特色诊疗技术。如全耳廓再造，外耳道成形治疗外耳中耳畸形；内淋巴囊减压治疗梅尼埃病，镫骨底板钻孔人工镫骨植入治疗耳硬化症手术；各种中耳炎保听根治手术；内窥镜下鼻息肉、鼻窦炎手术，脑脊液鼻漏修补术；喉显微手术等；开展睡眠呼吸监测，多种方法治疗睡眠呼吸障碍（打鼾）；成立了省内规模最大最先进的听力筛查检测中心和助听器选配中心，开展新生儿听力筛查。在头颈部肿瘤诊治方面积累了丰富的经验，形成了科室特色，创新设计了多种手术方法治疗耳鼻咽喉、颅底、口腔颌面、甲状腺和颈部肿瘤，总体技术水平已居于国内先进行列。在根治肿瘤的同时注重保护面部外形和功能，不仅提高了生存率，而且保护了器官功能，提高了生活质量。
耳鼻咽喉头颈外科：赵敏、陈贤明、陈辉、张贤、杨甫文、李建忠
妇产科：宋岩峰、何晓宇、黄惠娟、许波、刘芸、何春妮、张群芳
儿科：分设儿童病房、儿童重症监护室(PICU)、新生儿病房和新生儿重症监护室(NICU)四个病区。中心设有儿科研究室、检查室和资料室；中心在儿童肾脏、儿童心血管、儿童消化、儿童神经、新生儿、儿童急救和儿童保健方面优势突出，每年收治住院患儿3500名左右，其中不少是从省内外医院转诊来的危重、疑难患儿。近年来，中心在国家或地区发生重大公共卫生突发事件（如手足口病爆发流行、三聚氰胺毒奶粉事件、甲型H1N1流感病毒爆发流行和儿童群体性蓖麻子中毒）时发挥了重要作用，及时地控制了疾病流行和挽救了患儿生命，为军事儿科学做出了贡献。
儿科：余自华、任榕娜、陈新民、林运团、林云鹏、叶礼燕、陈光明、夏桂枝、王承峰
生殖医学中心：拥有辅助生殖技术所需要的一流仪器设备和场地，开展宫腔内人工授精技术（IUI）、常规试管婴儿技术（IVF-ET）(第一代试管婴儿))、卵胞浆内单精子显微注射（ICSI）（第二代）、胚胎植入前遗传学诊断（PGD）（第三代）、胚胎冷冻技术、囊胚培养和玻璃化冷冻技术、冻融胚胎解冻移植、辅助孵化等一系列辅助生殖技术。年开展试管婴儿2200余周期，新鲜周期妊娠率45~50％，囊胚培养和玻璃化冷冻技术有较大突破，使囊胚冻融移植妊娠率达到65%以上。开展的项目：1.宫腔内人工授精（IUI）；2.体外受精-胚胎移植（IVF-ET）；3.卵细胞浆内单精子显微授精（ICSI）；4.辅助孵化（AH）；5.冷冻胚胎；6.种植前基因诊断（PGD）。
生殖医学中心：宋岩峰、刘芸、洪新如、戴西湖、任榕娜、张群芳