上海市精神卫生中心是全国规模最大、业务种类最全、领衔学科最多的精神卫生机构。担负着全市精神卫生的医疗、教学、科研、预防、康复、心理咨询/治疗和对外学术交流等任务。主要诊治精神分裂症、心境障碍、器质性精神障碍、儿童青少年及老年期精神障碍、神经症性障碍等各类精神障碍患者及药物依赖患者。目前上海市医学重点学科有：上海市精神疾病临床医学中心、老年精神医学、预防精神医学。该医院在复旦版《2021年度中国医院综合排行榜》中排名第90。
上海交通大学医学院附属瑞金医院心理科，是上海市综合性医院最早的心理门诊之一。开展各类人群的精神心理疾病诊疗及临床联络会诊工作，在患者中享有一定的知名度。对综合医院常见的精神心理疾病如抑郁症、焦虑障碍、强迫障碍、睡眠障碍的诊疗水平位居国内前列。目前已开展近红外脑功能成像辅助诊断精神疾病的新技术，为广大患者提供更精准的诊断方法对青少年常见的学习困难、适应障碍、冲动控制障碍、抑郁、焦虑等精神心理问题进行生物-心理-社会多维度综合干预。
复旦大学附属华山医院精神医学科集医疗、教学和科研为一体，主要从事各种精神障碍的诊断和治疗，心理咨询。主要业务包括心理咨询和各种精神障碍/心理障碍的诊断和治疗，同时在上海市精神卫生中心参加临床医疗和教学工作，从事精神疾病的临床诊断治疗、司法鉴定和心理咨询工作。
复旦大学附属肿瘤医院是我国成立最早的，集医、教、研、防为一体的三级甲等肿瘤专科医院，在最新的“中国最佳医院综合排行榜”中位列第26位，连续三年蝉联全国专科医院之首，病理科连续第11年蝉联全国第一。并且在最新的国家三级公立医院绩效考核中，考核成绩为A，位列全国肿瘤专科第一，行业认可度和社会影响力与日俱增。该医院在复旦版《2021年度中国医院综合排行榜》中排名第28。
上海交通大学医学院附属新华医院临床心理学科医、教、研工作涉及从青少年到成人各年龄段人群，含纳从学校、社区到医院等多水平多层次的专业工作，是上海交通大学医学院心境障碍诊治中心、注意缺陷多动障碍诊治中心成员。同时科室不断开展新的检查和治疗项目，多项为国内率先开展项目。
上海市第一人民医院医学心理科在上海最早开展了在创伤、肿瘤科嵌入精神卫生服务的探索，与上海市精神卫生中心共建医学心理科，设心身医学与儿童精神卫生二个亚专科，在市内均属于特色亚专科。目前特色服务包括肿瘤与创伤后患者心理问题与障碍的预防干预、儿少心理问题与疾病的综合评估与诊治等。