北京天坛医院神经外科，现已成为国内规模最大、亚专科最齐全的神经外科临床诊疗、教学和科学研究中心，是国家教育部重点学科，国家卫生部重点专科，教育部神经外科医师培训基地，国家卫生部继续教育基地。科室拥有复合手术间及磁共振手术间等整合当前最先进设备和仪器的手术室，择期手术死亡率为0.16%，达到国际先进水平。
复旦大学附属华山医院神经外科是国家重点学科、国家临床重点专科、上海市领先学科、国家WHO神经科学研究与培训中心等。我国第一例脑肿瘤手术、第一例脑动脉瘤夹闭术、第一例脑干内生型血管母细胞瘤切除术、第一例自体干细胞脑内移植治疗开放性颅脑外伤等多个第一均在此开展；迄今为止共施行了逾10万例脑外科手术，在神经外科的临床医疗、科研和教学等方面始终处于国内外先进水平。
首都医科大学宣武医院神经外科是中国神经外科的发祥地之一和培养神经外科人才的摇篮，现已经发展成为国内外享有盛誉的医疗、教学、科研中心，是国家神经疾病医学中心、国家首批临床重点专科、首批神经外科专科医师培训基地和中国神经外科援外培训基地，是中华护理学会重症专科护士、康复和营养专科护士资格认证培训基地，北京护理学会儿科专科护士与护理管理专科护士培训基地。
天津医科大学总医院神经外科是中国神外发祥地，医教研水平位居神外专科榜排行第五，拥有八个神外亚专业（颅底外科、神经外科重症监护、脑创伤、脑血管病、脊柱脊髓疾病、功能神经外科、脑胶质瘤、小儿神外），是“国家级重点学科”和“国家级重点专科”。是天津地区最大、最全面的脊髓脊柱疾病综合诊治中心。其中脑血管病外科和介入治疗病区已发展成为国内最好的脑血管病诊疗中心之一，部分病种的治疗技术达到国际先进水平。
浙江大学医学院附属第二医院神经外科是浙江省成立最早的神经外科，也是国内成立神经外科专科较早的单位之一，是浙江省神经外科发源地和神经外科医师的摇篮，浙江省神经外科毫无争议的医疗、教学和科研中心。科室拥有复合手术室及术中磁共振、手术机器人、神经导航、高清3-D荧光手术显微镜、神经电生理监测仪、长程视频脑电监测和癫痫手术定位系统、高清神经内镜、超声削骨刀等一大批高端手术设备和器械。
解放军总医院第一医学中心神经外科医学部下设颅脑创伤外科、神经肿瘤外科、脑血管病外科、脊髓脊柱外科、功能神经外科和重症医学科共6个亚专科和神经外科医学部研究所，是国家临床重点专科、全军神经外科研究所，全军规模最大、国内著名的神经外科中心，拥有亚洲首台立体定向放射外科设备Zap-X等一系列先进设备，平均年手术量近2万台次。完成国际首例5G远程手术及遥操作立体定向手术，“烟雾病”研究处国际先进水平。
唐都医院神经外科是国家“双一流”建设学科、国家重点学科、国家“211工程”重点建设学科、国家临床重点专科军队建设中心、全军功能神经外科研究所、首批“长江学者奖励计划”特聘教授设岗学科，是国家高级卒中中心、陕西省神经外科疾病临床医学研究中心、中国神经外科专科医师规范化培训基地、全国三大神经介入培训中心之一和全军神经外科临床护理示范基地。连续入选复旦大学“中国最佳神经外科排行榜”全国十佳及“西北最佳神经外科排行榜”第一名。
中南大学湘雅医院神经外科，是国内最早建立的神经外科单位之一，是湖南省重点学科。神经外科目前已经形成了颅底脑干肿瘤、脑血管病、颅脑创伤、功能神经外科、儿童神经外科、神经肿瘤综合治疗、脊柱脊髓神经外科以及伽马刀治疗中心等8个特色鲜明、种类齐全、优势明显的亚专业学科和研究方向。医院综合收治病例数与各类手术的复杂程度及手术疗效居国内前列，成为国内、国际大型神经外科中心之一。2019年复旦大学中国医院专科声誉排行榜全国第8，科研学术榜全国第3。
中日友好医院神经外科为国内最早开展显微神经外科手术的专科之一，目前为国家卫健委特色医学学科、首都特色临床科室。科室以功能神经外科为专长、微侵袭神经外科为主要发展方向的特色，在颅底外科、颅神经及周围神经外科、痉挛外科、神经调控和围手术期电生理监测等方面具有优势。