氮素，sci-hub的各种域名纷纷挂了啊，没挂也可能用着用着就挂了，想说爱它不容易。这时候要祭出神器，洋葱，相信很多人是不知道的。
TheTorsoftwareprotectsyoubybouncingyourcommunicationsaroundadistributednetworkofrelaysrunbyvolunteersallaroundtheworld:itpreventssomebodywatchingyourInternetconnectionfromlearningwhatsitesyouvisit,itpreventsthesitesyouvisitfromlearningyourphysicallocation,anditletsyouaccesssiteswhichareblocked.
TorBrowserletsyouuseToronMicrosoftWindows,AppleMacOS,orGNU/Linuxwithoutneedingtoinstallanysoftware.ItcanrunoffaUSBflashdrive,comeswithapre-configuredwebbrowsertoprotectyouranonymity,andisself-contained(portable).
中国R语言大会，我到目前为止，只参加过2016年那一次，也就是第9届，那也是首次有Bioconductor分会，并且还邀请了bioconductor的老大martinmorgan，我当时也是受邀请去参会的，虽然会议在人民大学举行，虽然主会场和其它分会场都是讲中文，但bioconductor分会场是要求讲英文的。因为主讲人一半是歪果仁，一半是中国人，而3个中国人之中又有两个是美帝来的，只有我一土鳖。本来邀请人跟我提了一下ChIPseeker，暗示可以讲这个包，但我强行去讲ggtree，然后会后，很多听众问我clusterProfiler的问题，也是挺尬聊的。
当年我准备考博的时候，健康院某PI（本来的意向导师）找我帮他在iMac上安装盗版的Papers（文献管理器）和Illustrator（PS的兄弟），安装后，跟我说：“我们做科研的，最重要的软件就是Papers和Illustrator。”，当然后来感觉挺坑我，就放弃了。
这么多年过去了，至今这两个软件我都没用过！我画图，追求的是全部由代码产生，至今还没有修图的需求，也就没有试过Illustrator了。
Illustrator必须有些门槛，而且关键是Adobe绑死在PDF上，实际上如果80%的问题都可以用PowerPoint解决，剩下那20%，反正也不常用。而PowerPoint的优点是没有门槛，傻瓜式操作，像我这种怀疑自己智商的人，都会用啊！
要是R画的图，能够在PowerPoint里面编辑就好了！
biobabble作者群有一个小伙伴提出来的问题。
没错，凡是给biobabble投稿的小伙伴都会被拉入作者群。
话说有一个矩阵，我们让它某个值缺失，算出来的距离和原来的竟然是一样的：
>dat=matrix(1:10,2)>dist(dat)122.236068>dat[1,1]=NA>dist(dat)122.236068这有点反直觉，实际上你再搞个缺失值，它算出来还是一样的：
>dat[1,3]=NA>dist(dat)122.236068但以我的经验，我通常不敢轻易说人家有bug，我们得确认一下。
这包已经在CRAN上，所以可以用最简单的方式安装：
今天讲另外一个R包，它做下面的事情：
当然前面的事情是goseq干的，它的功能就是衔接了goseq的输出，让我们还看看它每一步都在做什么。
现在我们有一种你一定能记得住的方法了，以后再也不用问pheatmap怎么拼图了，首先pheatmap产生的是一个对象，然后这个对象我们可以用ggplot2给画出来，然后自然而然你能够用cowplot去拼，再熟悉不过了，如果这都不能理解记住，那我也没办法了。
有一些软件做了检验之后，是不告诉你那些基因在某个富集的通路中，显然做为生物学家，是对此有兴趣的。clusterProfiler系列，全部函数都会输出，但看基因ID，比如ENTREZID或ENSEMBLE，这些都对人类不友好，看了你也不知道是什么，为了让大家看结果的时候，还能有点感觉，我们需要把基因翻译成symbol，有那么一批函数比如DO、GO、Reactome的分析都是有readable参数的，但有一些是没有这个参数的，我被问得最多的是KEGG的分析为什么没有！
首先GO为什么有？因为enrichGO和gseGO都是使用OrgDb，而OrgDb本身带有ID转换的注释，而KEGG是在线去检索KEGG数据库的，KEGG并没有提供这些信息，当然对于少量大家比较熟悉的模式生物，要支持还是很容易的，然而有些物种支持，有些不支持，大家又会问了，凭什么我做的物种被BS了。所以啊，大家都不支持，挺公平。其实KEGG数据库里那么多的生物，很多物种是没有基因名的，有很多生物的注释还停留在基因座，你让我帮你转ID，臣妾做不到啊。
但起码对能支持的物种支持一下呗，以我一贯的作风，能帮小白解决的小问题，我都会去解决。于是我们有setReadable函数。但凡你能找到一个OrgDb，你就能用来转ID，就这样。