医院拥有国家临床重点医学专科——呼吸内科，拥有呼吸与危重症医学科、肾内科、消化内科、感染内科、内分泌科、胸外科、口腔科、麻醉科、妇科、产科、新生儿科、急诊科、病理科、检验科、临床护理及医学影像科(含CT、放射、超声、介入、核医学)等16个广东省临床重点学科，拥有16个深圳市重点医学专科及7个市优秀学科群。2003年率先引进中国大陆第一台“宙斯ZEUS”手术机器人，并于2004年4月完成了中国大陆第一例机器人腹腔镜胆囊切除术。2013年介入微创诊疗中心被评为亚洲冷冻治疗培训基地。2014年胸外科完成了世界首例单孔全胸腔镜肺段袖式切除术，该项技术在SCI的发表标志着肺癌根治术，早期肺癌根治手术跻身国际水平。2015年9月获批“中国胸痛中心”医院。2015年10月获批人类辅助生殖中心。2017年1月被认定为“广东省产前诊断专项技术指导中心”、“广东省重症孕产妇救治中心”和“广东省重症新生儿救治中心单位”。2019年成功引进TOMO螺旋断层放射治疗系统和第四代达芬奇手术机器人(均为深圳首台)。
2、深圳市第二人民医院
医院有员工3344人，其中医生995人，护士1333人，药师127人，技师240人，专职科研人员205人，高级职称专业技术人才724人，占比21.65%，博士(含博士后)318人，占比9.51%，硕士575人，占比17.2%，各类高层次人才87人，享受国务院政府特殊津贴专家7人，在站博士后81人。医院占地面积3.7万平方米，建筑面积13.6万平方米，开放床位1934张。医院改扩建已纳入深圳市“十四五”规划，并争取到市政府约4.8万㎡新增建设用地的支持。2021年，医院年门急诊量达到259万人次，出院病人达8.41万人次，住院手术达7.16万人次。
3、深圳市第三人民医院
医院占地面积19.84万平方米，现有建筑面积21.1万平方米，总床位达2608张(含应急院区负压病床1008张)。现有员工1928人，其中高级职称351人，博士(后)143人，硕士410人，研究生导师55人，先后自主培养了两位深圳市卫生系统国家自然科学基金杰出青年基金学者。医院设有深圳市肝病研究所，建设有BSL-3实验室和全市医院所独有的SPF级动物室，购置的科研设备总价值超过2亿。医院拥有深圳市首个顶级复合手术室，配备第四代达芬奇机器人;拥有中国第一家智能化整合实验室;配置有全流程高度自动化的“医院火眼”系统。放射科配备最先进的256排CT，3.0T高场强核磁共振，大平板数字减影血管造影机(DSA)及C臂血管机，乳腺机，数字化双板X线摄影系统和数字化胃肠机等一系列现代化影像检查。医院设有医疗医技科室56个，完成“强专科，大综合”的战略布局，形成综合学科反哺传染病学科的局面，逐步由三级甲等专科医院向三级甲等综合医院转变。
4、中山大学附属第八医院
中山大学按照“双一流”建设部署，“举全学校之力、聚各附院之贤”重磅打造附属第八医院，将医院作为中山大学深圳校区重要组成部分，成为中山大学第八临床学院，是医学院建设重要支撑和高水平、高层次医学人才培养重要基地。医院现由院本部、28家社区健康服务中心组成，职工2400余人。2019年，医院新大楼正式启用，建筑面积21万平方米，床位数1600余张，垂直绿化、空中花园、一床一窗等全新设计。
5、深圳市中医院
医院现有职工2327人，其中卫生技术人员2135人，高级职称600余人，国家、省、市名优中医近60人。医院医疗设备总值超过6亿元，拥有多台科研型MRI和CT机、数字一体化手术室、3D腹腔镜、四维高端彩超等高精尖医疗设备。目前，医院年门急诊量200万余人次，开放床位近1000张，年出院病人近4万人次，已成为集医疗、教学、科研、预防、保健、康复为一体的大型综合性三级甲等中医医院。
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