上海华山医院共设40个临床医技科室，是一个特色学科很多的医院，尤以心血管科、肾病科、神经外科、手外科、神经病学、传染病学、中西医结合临床、泌尿外科、普外科、影像医学和核医学为特长。
上海华山医院现有浦东、虹桥、北院等多个院区，共有核定床位2092张。医院共有教育部国家重点学科10个，卫生部国家临床重点专科20个，上海市重中之重临床医学中心4个，上海市重中之重临床重点学科1个，上海市高峰学科1个，上海市临床质控中心8个，设有1个WHO研究与培训合作中心，3个卫生部及上海市重点实验室，各类研究所、研究中心20个。在专科声誉排行榜中，医院有6个学科位于全国前三名，10个学科位于前十名。
上海华山医院国家临床重点专科有内分泌科、神经内科、肾病科、消化科、肿瘤科、感染科、骨科、神经外科、手外科、中医专业（肺病）、皮肤科、泌尿外科、外科、康复医学科、运动医学科、医学影像科、护理专科、检验科、重点实验室（手外科）、重点实验室（抗生素）。
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