上海交通大学医学院附属瑞金医院是一所集医疗、教学、科研为一体的三级甲等综合性医院，有着百年的深厚底蕴。医院学科齐全、技术力量雄厚、特色专科突出，尤其在血液内科、心血管内科、肾脏内科和生殖医学等学科方面颇具特色。连续四次获全国文明单位称号，并获得全国五一劳动奖状、全国卫生系统先进集体等诸多荣誉。该医院在复旦版《2021年度中国医院综合排行榜》中排名第四。
复旦大学附属中山医院是中国人创建和管理的最早的大型综合性医院之一，是上海市第一批三级甲等医院。在全国三级公立医院绩效考核中，医院位列2020年度全国第一，2021年度全国第二，连续4年获得最高评级“A++”。医院学科综合实力出众，在心脏、肝脏、肾脏等领域的临床能力处于国内顶尖、世界先进水平。该医院在复旦版《2021年度中国医院综合排行榜》中排名第五。
复旦大学附属华山医院首批通过国家三级甲等医院评审，是国内最著名、最具国际化特色的医、教、研中心之一。在专科声誉排行榜中，医院有6个学科位于全国前三名，10个学科位于前十名。医院医疗技术力量雄厚，声誉辐射全国，蜚声海外，是上海首家提供涉外医疗服务的单位，现为10国领事馆指定医疗机构。该医院在复旦版《2021年度中国医院综合排行榜》中排名第八。
上海交通大学医学院附属仁济医院是上海开埠后第一所西医医院，是一个学科门类齐全，集医疗、教学、科研于一体的综合性三级甲等医院。医院在2019年度医院综合实力排名榜（复旦版）中位列全国第十五名，在全国医院专科声誉排名中，医院消化内科排第二，风湿免疫科排第三，其余多学科均获提名，处于国内领先地位，部分领域达国际先进水平。该医院在复旦版《2021年度中国医院综合排行榜》中排名第17。
上海交通大学医学院附属第九人民医院承担该市区域基本医疗服务，主要从事急危重症和疑难疾病的救治，是上海市120的定点医院、上海市口腔干部保健医疗定点医院，拥有5位中国工程院院士，现已成为一所学科特色鲜明、具备一定临床科技创新核心竞争力、国内知名的三级甲等综合性医院。该医院在复旦版《2021年度中国医院综合排行榜》中排名第23。
复旦大学附属肿瘤医院是我国成立最早的，集医、教、研、防为一体的三级甲等肿瘤专科医院，在最新的“中国最佳医院综合排行榜”中位列第26位，连续三年蝉联全国专科医院之首，病理科连续第11年蝉联全国第一。并且在最新的国家三级公立医院绩效考核中，考核成绩为A，位列全国肿瘤专科第一，行业认可度和社会影响力与日俱增。该医院在复旦版《2021年度中国医院综合排行榜》中排名第28。
上海市第六人民医院是一家历经百余年积淀的大型三级甲等综合医院，连续六届17年蝉联“全国文明单位”荣誉称号，连续15年上海市级医院绩效考核全A。在复旦大学医院管理研究所发布的最佳医院排行榜中，医院综合排名最高25名。在中国医学科学院发布的中国医院科技影响力排行榜中，医院综合排名最高26名。该医院在复旦版《2021年度中国医院综合排行榜》中排名第32。
上海长海医院已经成为一所学科门类齐全医疗特色鲜明、综合实力强劲的现代化大型综合性医院，连续第16届被评为“上海市文明单位”，在上海市医疗行业“万人问卷调查”中连续6年位居上海市第一。现有国家临床医学研究中心1个，国家级重点学科15个，国家卫生部临床重点专科5个，全军医学专科研究所（中心）18个等，人才积淀丰厚。该医院在复旦版《2021年度中国医院综合排行榜》中排名第39。
复旦大学附属儿科医院是集医、教、研、防、管为一体的综合性儿童专科医院，是全国儿科学重点学科、国家“211”、“985”和“双一流”工程建设单位。在中国医学科学院发布的中国医院科技量值排行榜、复旦大学发布的中国医院最佳专科声誉排行榜和北京大学发布的中国医院最佳临床学科排行榜，医院儿科学均位居前列。荣获上海市文明单位、全国文明单位称号。该医院在复旦版《2021年度中国医院综合排行榜》中排名第47。