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第一：深圳市人民医院
医院拥有国家临床重点医学专科——呼吸内科，拥有呼吸与危重症医学科、肾内科、消化内科、感染内科、内分泌科、胸外科、口腔科、麻醉科、妇科、产科、新生儿科、急诊科、病理科、检验科、临床护理及医学影像科(含CT、放射、超声、介入、核医学)等16个广东省临床重点学科，拥有16个深圳市重点医学专科及7个市优秀学科群。2003年率先引进中国大陆第一台“宙斯ZEUS”手术机器人，并于2004年4月完成了中国大陆第一例机器人腹腔镜胆囊切除术。2013年介入微创诊疗中心被评为亚洲冷冻治疗培训基地。2014年胸外科完成了世界首例单孔全胸腔镜肺段袖式切除术，该项技术在SCI的发表标志着肺癌根治术，早期肺癌根治手术跻身国际水平。2015年9月获批“中国胸痛中心”医院。2015年10月获批人类辅助生殖中心。2017年1月被认定为“广东省产前诊断专项技术指导中心”、“广东省重症孕产妇救治中心”和“广东省重症新生儿救治中心单位”。2019年成功引进TOMO螺旋断层放射治疗系统和第四代达芬奇手术机器人(均为深圳首台)。
第二：深圳市第二人民医院
第三：深圳市第三人民医院
医院设有深圳市肝病研究所，建设有BSL-3实验室和全市医院所独有的SPF级动物室，购置的科研设备总价值超过2亿。医院拥有深圳市首个顶级复合手术室，配备第四代达芬奇机器人;拥有中国第一家智能化整合实验室;配置有全流程高度自动化的“医院火眼”系统。放射科配备最先进的256排CT，3.0T高场强核磁共振，大平板数字减影血管造影机(DSA)及C臂血管机，乳腺机，数字化双板X线摄影系统和数字化胃肠机等一系列现代化影像检查。医院设有医疗医技科室56个，完成“强专科，大综合”的战略布局，形成综合学科反哺传染病学科的局面，逐步由三级甲等专科医院向三级甲等综合医院转变。
第四：中山大学附属第八医院
中山大学按照“双一流”建设部署，“举全学校之力、聚各附院之贤”重磅打造附属第八医院，将医院作为中山大学深圳校区重要组成部分，成为中山大学第八临床学院，是医学院建设重要支撑和高水平、高层次医学人才培养重要基地。医院现由院本部、28家社区健康服务中心组成，职工2400余人。2019年，医院新大楼正式启用，建筑面积21万平方米，床位数1600余张，垂直绿化、空中花园、一床一窗等全新设计。
医院立足中山大学“双一流”战略布局，以需求为导向，确定优先发展以骨科、心血管内科两大重点学科，以点带面协同康复医学、影像学等多学科错位发展，加强建设以28家社康中心构成的基层医疗服务体系为支撑的全科医学中心，持续建设院本部公共实验平台和各学科特色发展的科研平台。此外，位于福田保税区近8000平方米的实验室正在装修筹备中。
第五：深圳市中医院
重视中医内涵建设，已形成国家、省、市重点专科梯队现有卫健委国家临床重点专科2个(肝病科、肾病科);国家中医药重点学科2个(中医肝胆病学、中医肾病学);国家中医重点专科3个(肝病科、肾病科、针灸科)，国家中医重点专科建设单位3个(脾胃专科、内分泌专科、神志专科);省高水平临床重点专科5个;省中医名科4个;省中医重点专科19个;深圳市医学重点学科1个;市中医重点专科25个。
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