(1)痛经主要症状，为继发性且逐年加重，但也有少数病人无明显的痛经。异位的子宫内膜受卵巢激素的作用，与正常子宫内膜有同样的周期性变化，月经后半期，异位的内膜高度增厚充血，子宫内膜异位瘤内压力逐渐增加，行经时经血聚积囊内，使囊壁承受的压力骤然增加而引起疼痛。因此，子宫内膜异位症痛经的特点多从月经前甚至周期后半期开始，持续整个月经期至月经后数日消失。疼痛部位多在下腹正中，或偏于一侧，病变浸及子宫直肠。月经过多，月经血量多，也是临床常见症状之一，一般月经周期规律表现为经血过多或带经日久。
(2)性交痛宫直肠窝阴道后穹隆，宫骶韧带等部位的子宫内膜异位症均可发生性交痛，而且常于月经前较为明显。
(3)不孕30-70%子宫内膜异位症患者伴有不孕症，在原因不明的不孕症患者中约70-80%的患者伴有子宫内膜异位症，患者常因盆腔器官粘连，使输卵管蠕动受阻或输卵管堵塞等机械因素导致不孕，亦可能为卵巢功能不全，自身免疫反映增强，前列腺素增加，泌乳素增高等因素有关。
(4)卵巢子宫内膜囊肿壁较脆缺乏弹性，经血逐渐聚积，囊内压力不断增高，内容物可自囊壁的薄弱部位溃破，溢入腹腔刺激腹膜，引起腹膜炎，出现急腹症。
中药治疗此病是从整体的观念入手，疏肝理气，扶正固本，活血化瘀，软坚散结，清热解毒等全面调节内分泌。使气行血活，脏腑通顺。经络为本，气血为用，气血是机体的物质基础，脏腑是气血生化之源，起着分管气血的生成统摄与运行，及调节气血的平衡作用。气是血液的原动力，就女性而言，血是月经的物质基础，如果脏腑功能失调，气血流通就会受到影响，累及血海功能，则可导致各种妇科病的发生。
巧克力囊肿在中医上没有明确的记载，但据其症状、体征归属于“痛经”、“不孕”、“症瘕”、“积聚”、“月经失调”等病症的范畴。中医认为形成本病的主要原因是“淤血”，因肝气滞或寒湿滞或素体脾肾气虚，运血无力或热郁引起的运行不畅，淤血停滞，日久生变，成症、成瘕等。因此要针对运行不畅，淤血，滞留，寒湿来甄别对待，辩证施治，系统治疗。中医治疗巧克力囊肿最明显的优势就是不开刀，治愈后复发率低。
1、注意调整自己的情绪，保持乐观开朗的心态，使机体免疫系统的功能正常。
2、要注意自身保暖，避免感寒着凉。
4、如已查出患有子宫内膜异位症，卵巢巧克力囊肿大于6cm以上者，在月经期或月经中期一定要注意保持情绪稳定，避免过度劳累，一旦囊腔内张力突然升高时，囊壁破裂，会形成急腹症。
5、尽量少做人工流产和刮宫，做好计划生育。
6、女性月经期一定要禁止性生活。
7、女孩子青春期要避免受惊吓，以免导致闭经可形成溢流。
8、预防卵巢巧克力囊肿要注意月经期要做好自身的保健，注意控制自己的情绪，不要生闷气，否则会导致内分泌的改变。