生物标记物的发现工作通常集中于单个生物分子，但在临床上的接受率很低。基于MS的蛋白质组学使临床样品中存在的数百至数千种蛋白质的鉴定和定量具有特异性，使其原则上适合于疾病机制的研究和生物标志物的鉴定，将重点转移到生物标志物组，而不是单个蛋白质。
“
队列设计
研究人群由三个队列的参与者组成:
(1)GALA–ALD模型开发队列（ALDderivationcohort）:n=459,有随访数据的前瞻性队列;其中79例患者提供肝活检组织;
(2)GALA–HP:与GALA–ALD相匹配的健康对照组的横断面队列,n=137;
(3)ALD验证队列:n=63。
实验技术
DIA蛋白质组学技术
实验流程
实验结果
1.肝脏病变对肝脏和血浆蛋白质组的影响
（1）肝脏
（2）血浆
225种蛋白质在纤维化（206种蛋白质）、炎症活性（163种蛋白质）和脂肪变性（48种蛋白质）显著变化。其中，随着纤维化阶段的增加，134种蛋白上调，91种蛋白下调。在那些被标注为肝脏特异性或分泌性的失调蛋白中，分别有83%和64%被发现下调。
2.整合肝脏和血浆蛋白质组学
总共有420种蛋白质在肝脏和血浆中被定量，其中46种共调节蛋白质在肝脏和血浆蛋白质组中变化显著。它们可能是由于免疫细胞浸润和全身炎症增加、ECM重塑和肝纤维化中瘢痕组织形成以及组织渗漏所致。从纤维化阶段F0到F4，肝脏和血浆中的大多数共调节蛋白都大量增加，包括PIGR、LGALS3BP、TGFBI和C7，这些都是以前报道过的肝脏疾病的有潜力的标记物。少数蛋白在组织和血浆中表达不一致，推测可能是因为血浆水平是反映组织渗漏和肝脏合成受损的综合结果。
3.模型开发队列筛选ALD早期病理学的生物标志物
三组生物标志物组合的22种独特蛋白质中，八种在血浆和肝脏中共调节，包括C7、LGALS3BP、TGFBI、ALDOB、CLEC3B、FBLN1、ATRN和SERPINF1。炎症组的共调节蛋白比例最高，达到67%（纤维化组和脂肪变性组分别为33%和42%）。mRMR算法还检测到ALDOB、AFM和LGALS3BP，这是研究团队之前确定为NAFLD候选标记物的六种蛋白质中的三种。当与15项公认的临床试验进行比较时，所有蛋白质组学模型都具有最高的F1分数和平衡的准确度。
4.独立队列中验证模型性能
在独立ALD验证队列（n=63）中，F2和I2蛋白质组学模型产生的ROC–AUC值高于其他模型，ROC–AUC分别为0.87和0.81。仅脂肪变性，CAP表现优于我们的S1模型，ROC–AUC为0.88。
研究结论
吉凯基因拥有“组学+生物标志物筛”整套解决方案，现阶段针对4D-DIA新签项目，除享受机制挖掘生信分析外，还可获赠生物标志物分析算法（区别于常规做法，吉凯同时提供单变量模型和多变量模型结果，助力筛选最佳生物标志物模型），详情请咨询吉凯当地销售工程师。
往期推荐
1
超值性价比|20例样本的生物标志物也能发3~5分期刊？
2
6个样本发7分杂志？吉凯尿液蛋白组学发现罕见病新型无创诊断标志物
3
血液蛋白标志物还能发高分？25分的JHepatology实验竟一点不复杂！
4
不做实验，纯临床样本数据发16分？180例脑脊液样本的蛋白质组学揭示AD亚型特征
5
蛋白生物标志物新进展！JACC:基于蛋白质组学的深度学习机器算法预测死亡
6
吉凯基因凭借多年在靶标筛选及验证服务领域的技术积累，建立的标准化、工程化、系统化的GRP平台，为中国研究型医生提供科研服务，加快科研成果转化。其中，多组学平台包含蛋白质组学平台和高通量测序平台：
·蛋白质组学平台拥有多台timsTOFPro、Exploris480高精度质谱仪，专业领先的SpectronautPlusar、Mascot等分析软件，提供专业的4D、DIA、TMT、PRM、磷酸化修饰组、olink蛋白质组等检测服务，强大的机器学习算法、IPA分析、蛋白基因组分析服务，系统的生物标志物、分子分型、药物靶点、基因功能研究等解决方案，真正让广大研究型医生的科研工作更省心、更省力、更高效；
·高通量测序平台分为常规测序服务和单细胞测序服务：单细胞测序拥有10x和BD两个平台，提供单细胞RNA-seq、单细胞核测序、单细胞混样RNA-seq、单细胞TCR/BCR、单细胞（RNA+ATAC）、空间转录组测序等服务；常规测序服务提供meRIP-seq（m6A/m1A/m7G/m5C等RNA甲基化修饰测序）、acRIP-seq（ac4CRNA乙酰化修饰测序）、ATAC-seq、Ribo-seq（翻译组测序）、mRNA/miRNA/LncRNA/circRNA-seq、全转录组测序（两文库/三文库）、外泌体miRNA/LncRNA-seq、WGS/WES、WGBS、RRBS、BSAS等服务。