由于目前没有特效的抗病毒药物，尖锐湿疣的治疗必须采用综合治疗。
(一)治疗诱因：白带过多，包皮过长、淋病。
(二)提高机体免疫力。
(三)应用抗病药物。
一般只要坚持规则的综合治疗都可治愈。
1.手术疗法
对于单发、面积小的湿疣，可手术切除;对巨大尖锐湿疣，可用Mohs氏手术切除，手术时用冷冻切片检查损害是否切除干净。
2.冷冻疗法
3.激光治疗
4.电灼治疗
采用高频电针或电刀切除湿疣。方法：局部麻醉，然后电灼，本疗法适应数量少，面积小的湿疣。
5.微波治疗
采用微波手术治疗机，利多卡因局麻，将杆状辐射探头尖端插入尖锐湿直达疣体基底，当看到就体变小、颜色变暗、由软变硬时，则热辐射凝固完成，即可抽出探头。凝固的病灶可以用镊子挟除。为防止复发，可对残存的基底部重复凝固一次。
6.β-射线治疗
我们应用β-射线治疗尖锐湿疣取得了较为满意的效果，该方法疗效高，无痛苦、无损伤、副作用少，复发率低，在临床上有推广价值。
7.药物疗法
(1)足叶草脂：本疗法适用湿润区域的湿疣，例如发生于包皮过长而未曾作包皮环切除手术的龟头及会阴部的湿疣。但对宫颈尖锐湿疣不能用足叶草脂治疗。用20%足叶草脂酊剂涂到皮损处或用药前，先有油质抗菌药膏保护皮损周围的正常皮肤或粘膜，然后涂药，用后4-6小时，用30%硼酸水或肥皂水清洗，必要时3天后重复用药，该药是国外用于本病治疗的首先药，一般用一次可愈。但有很多缺点，如对组织破坏性大，使用不当可引起局部溃疡。毒性大，主要表现为恶心、肠梗阻、白细胞及血小板减少，心动过速、尿闭或少尿，故使用时必须谨慎，发现上述反应时，应立即停药。
(2)抗病毒药：可用5%酞丁胺霜剂，或用0.25%疱疹净软膏，每日2次，外涂。无环鸟苷口服，每日5次，每次200mg，或用其软膏外用，α-干扰素每日注射300万单位,每周用药五天。或干扰素300万单位注入疣体基部，每周2次。连用2-3周，主要副作用为流感样综合症，局部用药副作用较少且轻微。
(3)腐蚀剂或消毒剂：常用有30%-50%三氯醋酸或饱和二氯醋酸，或18%过氧乙酸。用10%水杨酸冰醋酸或40%甲醛、2%液化酚、75%乙醇蒸馏水100ml混合溶液，点涂局部，用于龟头、肛周湿疣，每日或隔日一次，效果甚好。消毒剂可用20%碘酊外涂，或2.5-5%碘酊注射于疣体基部，每次0.1-1.5ml，或用新洁尔灭外涂或以0.1-0.2%外敷，后者需配合全身疗法。
(4)抗癌药
①5-氟脲嘧啶(5-Fu)：一般外用5%软膏或霜剂，每日2次，3周为一疗程。2.5%~5%氟脲嘧啶湿敷治疗阴茎、肛周尖锐湿疣，每次敷20分钟，每日一次，6次为一疗程。也可用聚乙二醇作基质，加入占其干质5%的5-Fu粉剂制成栓剂，治疗男女尿道内尖锐湿疣，也可用5-Fu基底注射，多者可分批注射。
③秋水仙硷：可用2-8%的生理盐水溶液外涂，涂两次，间隔72小时治疗阴茎湿疣，涂后可出现表浅糜烂。
④争光霉素或平阳霉素：用0.1%的生理盐水溶液作皮损内注射，每次总量限制在1毫升(1mg)，大多一次可愈。平阳霉素为争光霉素换代品，用法基本相同，亦有用平阳霉素10mg溶于10%普鲁卡因20ml内注射。
8.免疫疗法
①自体疫苗法:用病人自己的疣体组织匀浆(融冷灭活病毒)，并进行加热处理(56℃一小时)收集上清液注射，可用于顽固性肛周湿疣。
②干扰素诱导剂：可用聚肌胞及梯洛龙。聚肌胞每日注射2ml，连用10天，停药1-2月后，再继续用药。梯洛龙每日3次，每次300mg，停药4天，或隔日口服600mg。
③干扰素、白介Ⅱ，灵杆菌素，利百多联合应用，疗效较佳。
疗法一湿疣外洗方：虎杖，龙胆草，大黄，赤芍，石榴皮，枯矾，莪术，紫草，水煎成2000ml微湿擦洗疣体15-20分钟，每天2次。
疗法二水晶膏、石灰水、糯米各适量。将糯米放于石灰水中浸泡24-36小时，取糯米捣烂成膏备用，使用时将膏直接涂在疣体上，每天1次，直至疣体脱落。
疗法三灸法：局麻后，将艾炷放在疣体上点燃任其烧尽，视疣体大小每次1-3炷，每天1次，至疣体脱落。
疗法四火针：局麻下用火针从疣体顶部直刺至疣体基底部，视疣体大小每个疣体1-3次，直至脱落。
疗法五鸦胆子制剂：常用单味鸦胆子或鸦胆子的复方制成油剂、糊剂、软膏直接点涂疣体使之枯萎脱落。有一定的刺激性，要注意掌握鸦胆子的分量和使用方法。
治疗方法的选择：
①男女两性外生殖器部位可见的中等以下大小的疣体(单个疣体直径<0.5cm，疣体团块直径<1cm，疣体数目<15个)，一般外用药物治疗。
②男性的尿道内和肛周，女性的前庭、尿道口、阴道壁和宫颈口的疣体;或男女两性的疣体大小和数量均超过上述标准者，建议用物理方法治疗。
③对于物理疗法治疗后，尚有少量疣体残存时，可再用外用药物治疗。
④无论是药物治疗或物理治疗，必须做醋酸白试验，尽量清除包括亚临床感染在内的损害，以减少复发。
⑤孕妇尖锐湿疣的治疗：在妊娠早期应尽早治疗;在临近分娩仍有皮损者，如阻塞产道，或阴道分娩会导致严重出血，则应考虑剖宫产;鬼臼毒素(足叶草毒素)、足叶草酯、氟尿嘧啶有致畸作用，孕妇禁用;咪喹莫特对孕妇的安全性尚未确定。孕妇可选用50%三氯醋酸溶液外用、激光治疗、冷冻治疗或外科手术治疗。尖锐湿疣不是终止妊娠的指征，当疣体较大，阻塞产道或导致严重出血时，需考虑剖宫产。看了“尖锐湿疣最好的治疗方法是什么”的人还看：