如果发现肛门内有尖锐湿疣，需要及时到医院就诊。对于比较小的尖锐湿疣，可以采用药物治疗、激光治疗等方法进行处理；而对于较大的尖锐湿疣，则可能需手术切除。
一、药物治疗
1.局部外用：常用咪喹莫特乳膏或鬼臼毒素酊等涂抹在患处，也可以使用三氯醋酸溶液外涂或浸泡患处。但需要注意的是，在用药前要先清洗干净局部皮肤，并擦干后再行用药，且在用药期间应避免吃辛辣刺激性食物，以免影响疗效。
2.全身抗病毒治疗：可遵医嘱应用口服药物，如盐酸伐昔洛韦片、阿昔洛韦片等，以抑制水痘-带状疱疹病毒和人乳头瘤病毒复制，从而起到较好的治疗效果。
二、物理治疗
1.激光治疗：临床上常用的激光包括二氧化碳激光及脉冲激光，通过激光的热效应将病变组织气化去除，一般创面较小，愈合较快，但也存在一定的复发率。
2.电灼治疗：是利用高频电源对尖锐湿疣损害位置进行烧灼，破坏其病灶而达到目的的一种治疗方法。但是，由于其操作不当可能会导致深部烫伤，因此患者一定要由专业医生进行操作。
3.冷冻疗法：是一种利用低温液体氮使尖锐湿疣组织冻结、坏死并自行脱落的治疗方法。该法操作简单，见效快，但部分患者容易出现出血、水肿、糜烂等症状。
4.微波治疗：是利用高频发射器产生的高频磁场作用于尖锐湿疣部位，使其产生高热而达到治疗目的的方法。此法止痛效果好，但若未清除病灶易复发。
5.光动力学疗法（PDT）：是一种联合应用光敏剂和特定波长光线杀死尖锐湿疣的新方法。该法无不良反应，安全性较高，但目前尚缺乏统一的标准方案。
三、手术治疗
对于一些孤立较大或多发性的尖锐湿疣，可考虑手术切除。术中应注意完整地剜除全部病灶，以防残留再发。术后应配合其他辅助治疗，以减少复发机会。
此外，中医中药也可用于尖锐湿疣的治疗，如白鲜皮汤、犀角化毒丸等，具有清热解毒的功效，有助于病情恢复。同时，在日常生活中也要注意个人卫生，勤换洗内衣裤，保持肛周清洁干燥，避免搔抓等，都有助于预防尖锐湿疣的发生。