四川大学华西第二医院源于1896年成立的仁济女医院，开设妇产科和儿科。
1987年原卫生部批准华西妇产科和儿科从原华西医科大学附属医院迁出单独建院，成立华西医科大学附属第二医院，又名华西妇产儿童医院。
2000年医院更名为“四川大学华西第二医院/华西妇产儿童医院”，是国家卫生健康委员会委预算管理医院和全国首批“三级甲等”妇女儿童专科医院，是国家儿童区域医疗中心(西南)、四川省首家互联网医院，是集医疗、教学、科研、预防保健和人才培养为一体的大学附属医院。
1993年被国家卫生计生委、联合国儿童基金会和世界卫生组织授予“爱婴医院”称号，1998年被评为国家“三级甲等妇产儿童专科医院”，2003年被全国总工会授予“全国女职工先进集体”称号，2008年被全国总工会授予“抗震救灾，重建家园工人先锋号”旗帜，2009年被全国总工会授予“全国五一劳动奖状”，2012年获“全国三八红旗集体”称号，2015年获“全国五一巾帼标兵岗”称号，2018年获“进一步改善医疗服务行动计划全国擂台赛”西南赛区“创新推进‘互联网+医疗健康’”第二名并入选十大价值案例，获2018年度全国改善医疗服务最具示范案例。
医院在2018年度全国三级公立医院绩效考核中位列妇产医院（含妇幼保健院）专科系列第一名。
医院现开放编制床位1580张，其中华西院区730张，锦江院区850张，有24个临床科室和6个医技科室。
妇产科学和儿科学均为国家重点学科，儿科学为国家精品课程，妇科、产科、儿科新生儿专业为国家临床重点专科建设项目。
妇科恶性肿瘤诊治、小儿血液病及小儿肿瘤诊治、早产儿支气管肺发育不良防治体系的建设与完善为国家卫生健康委临床学科重点项目。
全国救治农村儿童白血病、先天性心脏病区域协作中心、中国出生缺陷监测中心、全国妇幼卫生监测办公室、国家药物临床试验机构、国家卫生健康委住院医师规范化培训基地、妇科内镜诊疗技术培训基地、临床药师培训基地、产前诊断培训基地、先心病介入诊疗技术培训基地、四川省妇产科质量控制中心、四川省儿科质量控制中心、四川省妇幼检验质量控制中心、四川省危重孕产妇和新生儿救治中心、四川省女性盆底功能障碍性疾病质量控制中心、四川省产前诊断中心、四川省人类精子库、四川省生育力保存质量管理中心、四川省NICU专科护士培训基地和四川省产科母婴护理专科护士培训基地等均设在我院。
2008年医院西部妇幼医学研究院正式挂牌。
医院承办《中华妇幼临床医学杂志》（电子版）（中国科技核心期刊）、《国际输血与血液学杂志》两本国家级杂志医院现有职工3705名，其中正高级师资124名，副高级师资197名，博士生导师76名，硕士生导师109名。
教育部重大人才计划特聘教授1人，教育部重大人才计划青年学者2人，海外高层次人才计划青年学者6人，，国家杰出青年科学基金获得者2人，国家自然科学基金重点项目获得者1人，教育部新世纪人才7名，四川省学术和技术带头人38人，四川省卫生计生委学术和技术带头人93人，享受国家级政府津贴和部、省级有突出贡献的中青年专家44人。
我院在全国学术团体中，在中华医学会、中国医师协会、中国医药教育协会、中国妇幼保健协会、中国老年学和老年医学学会、中华预防医学会、中国优生科学协会等国家级学会/协会下设委员会和学组中担任主任委员、候任主任委员、副主任委员等学术任职30余人次；还有四川省和成都市医学会妇产科、儿科、生殖医学、遗传、药事管理专委会主任委员及副主任委员多名。
医院承担成都市、四川省乃至西南地区的妇女儿童危重疾病病人的救治、转诊、会诊等大量临床工作。
2019年医院门、急诊286.2万人次，出院7.57万人次，手术和操作7.30万人次，分娩1.6万人次，平均住院日为5.47天。
医院开设妇产科、儿科多种亚专业普通门诊、特需门诊、名老专家和知名专家门诊，以及专科专病的特色门诊，许多妇产科、儿科疾病的诊治水平已达到国内领先水平。
医院检验科是全国唯一一家同时通过ISO15189和美国病理学家协会认可的专科医院实验室，检测结果在全球47个国家互认。
医院建设了完整的危重症监护体系，使危重病的抢救成功率达95%以上。
产科中央监护网络系统、全程家庭胎儿监护系统等通过在医院或在家中对胎儿进行监护，确保孕妇和胎儿的安全，每年产科收治的孕妇中，70%以上为高危孕妇。
体外授精胚胎移植及其各项衍生技术在西南地区处于领先地位，每年完成各项治疗3000余周期，成功率接近40%，四川省首例试管婴儿、首例第三代试管婴儿均在我院诞生。
2000年小儿血液肿瘤科在西南地区率先开展小儿脐血干细胞移植治疗白血病，小儿白血病完全缓解率达95%以上，5年生存率达70%，达到国内先进水平，造血干细胞移植技术开展顺利。
新生儿科是四川省新生儿危急重症救治和转诊中心，每年收治各类早产儿及危重新生儿超过3000例。
小儿心血管科是首批在国内开展小儿先天性心脏病介入治疗单位之一，年均完成各类先天性心脏病介入手术500多例，在胎儿期心律失常和心力衰竭诊断和治疗方面居国内领先地位。
我院拥有独立分设的儿童传染性疾病病房，在SARS、甲型H1N1流感、儿童手足口病等流行病的诊疗和防治中做出了突出贡献。
我院以中国出生缺陷监测中心/全国妇幼卫生监测办公室为核心，确立了以妇幼健康信息采集、加工、整理、利用和实现共享的发展重点，形成覆盖全国31个省（区、市）、334个监测区县、1.4亿人口、监测医院达783所的监测网络，在出生缺陷监测、遗传家系库建设等方面争取到了包括科技部973项目为代表的一大批重大科研项目。
设在我院的四川省产前诊断中心除完成本院医疗保健任务外，还承担大量产前诊断与遗传病诊断会诊工作，基本涵盖了目前国内所能进行的产前诊断与遗传病诊断项目。
2019年，医院到获批研经费共计8043.64万元，获准各类科研课题210项，其中国家自然科学基金26项，国家重点研发计划21项，国家科技重大专项1项。
发表SCI论文289篇。
近5年分别在《THELANCET》《Cell》《naturemedicine》《thebmj》《JAMAOncology》《THELANCETGlobalHealth》《ScienceTranslationalMedicine》《CellResearch》《CirculationResearch》《naturecommunications》等重要影响力杂志上发表数篇论文。
近5年获得的国家级及部省级科技成果有：国家科技进步二等奖1项（第二完成单位），高等学校科学研究优秀成果一等奖1项，四川省科技进步奖一等奖3项、二等奖1项、三等奖2项；全国妇幼健康科学技术奖一等奖1项、二等奖1项，中华医学科技奖二等奖2项，中华预防医学会科学技术奖二等奖1项、华夏医学科技奖三等奖1项、四川省医学科技奖二等奖1项、四川省医学科技奖（青年奖）二等奖1项。
长期以来，我院以高度的社会责任感，服务社会、关爱社会。
医院与华西医院共同组建远程医疗协作网，覆盖全国334家网络医院。
2016年启动四川省百家妇幼保健院医联体项目，现已与省内外98家医院签订了医联体战略合作协议（其中7家为紧密型医联体医院），跨出了区域医疗资源和中心医疗资源互补汇流的崭新一步，华西妇幼品牌正在向广度和深度纵深发展。
区域联盟医院结合“线上”及“在位”两种模式帮助基层医院提高医疗、科研、教学及管理水平。
与成都市10个区市县、9家区级妇幼保健院、120家基层医疗机构共同构建“一干多支”的四川首个区域性儿科专科联盟—“华西妇儿联盟”，已有136名基层医生经考核认证被授予“华西妇儿联盟医生”称号，截止至2020年6月，已有近五万名患儿通过“华西妇儿联盟”尝试基层首诊，并有77%在基层复诊，转诊率为0.098%，家庭就诊次均费用下降35%，就诊满意度达95%，该模式让分级诊疗得到真正落地。
自2003年起开设妇女儿童健康教育公益讲座700余期，医院自筹资金编辑出版《妇幼之家杂志》，免费向病员群众发放。
在重大突发公共卫生事件中，全院员工上下一心，为人民健康保驾护航，在公共卫生事件中发挥了重要作用。
特别在“5·12”汶川特大地震发生后，医院实施了10余个灾后重建项目。
在再生育工程中，设计再生育医疗技术服务方案、流程，加强对基层医务人员的培训，建立了再生育诊治绿色通道。
自2009年至今，累计为1338对再生育夫妇免费就诊，提供优生优育咨询和产前诊断服务7000余人次。
2020年新冠疫情发生后，我院派出26名医护人员赴武汉支援救治新冠感染患者。
四川大学华西第二医院将继续秉承“患者至上、员工至尊、医德至善、技术至精”的核心价值观和“博爱、精业、创新、奉献”的院训，以精湛的技术、优质的服务、良好的医德、优秀的管理倾力构建和谐医院，为广大妇女儿童的健康事业做出新的贡献。