中华文明探源工程是迄今规模最大、参与学科最多、科技含量最高的有关古代文明的大型综合研究项目，经过几代学者的努力，成果丰硕，实证了百万年人类史、一万年文化史和五千年文明史。遗址博物馆的建设发展与中国百年考古发展紧密联系，是阐释和展示中国百年考古、中华文明探源成果、实证中华文明“多元一体”的重要载体。
回顾遗址博物馆的发展，可以分为三个时期。
第一，开创期，20世纪50年代至80年代。半坡遗址是新中国成立后的第一个明确考古发掘的史前遗址，半坡遗址以前，1953年的时候，中国社科院曾经拨款给周口店遗址，遗址曾经挂牌过中国猿人陈列馆，当时未挂遗址博物馆之名，所以共识的第一个国内史前遗址博物馆是半坡。半坡之后，1959年定陵博物馆开放，再之后还有乾陵、茂陵等。1978年，广西桂林甑皮岩遗址也成立了博物馆。
第二，发展期，1979年至2004年。党的十一届三中全会后，各项事业包括文博事业的发展都回归正轨。当时有一个重大事件——1979年秦始皇兵马俑开始边发掘边展示，1989年、1994年、1998年前后三个阶段的发展，陕西省政府决定整合博物馆和兵马俑，设立统一的机构，也就是秦始皇兵马俑博物馆，即现在的秦始皇帝陵博物院。之后，西汉南越王博物馆、余姚河姆渡博物馆、广汉三星堆博物馆陆续挂牌开放。
第三，飞跃期，2005年至今。2005年是中国博物馆发展史上的重要年份，是博物馆百年诞辰，也是稳步迈向第二个百年的起始。到目前为止，博物馆总数已有6000多家，整个遗址类博物馆的总数和占比还很难统计，因为遗址博物馆名称很不一致，有墓葬、馆、所等，有些遗址博物馆没有“遗址”两个字。2005年以后，国家文物局、财政部对大遗址保护专项经费进行投入，国家大遗址保护的申报和建设对遗址博物馆发展注入了强心剂。到去年年底，全国一共有建设批复的国家考古遗址公园55处。遗址公园和博物馆逐渐成为考古遗址博物馆的升级形式和模式。同时，考古遗址公园建设让遗址博物馆和考古学的关系更加紧密。
众所周知，遗址博物馆是与遗址有着密切关联、以全面保护、管理、展示和诠释遗址文化面貌和内涵为目的、具有博物馆主要功能的非营利社会教育机构。除了要反映该遗址的历史、现状和考古成果，展示该遗址出土的可移动文物外，还应该保护和管理该遗址，研究和阐释所保存的遗址，并向公众全面地展示、诠释这个遗址。
首先，考古先行，各地区遗址博物馆对中国百年考古、中华文明探源成果的吸收和展示，已取得了十分骄人的成绩：
第一，史前遗址博物馆或遗址保护单位，展现了距今10000-4000年前后区域文化的连续性发展和早期社会生活样态。以贾湖、仰韶、庙底沟、半坡、大河村、平粮台、石峁等为代表，展示了中原地区距今9000-4000年前后的文化面貌。其中，贾湖骨笛将人类音乐史向前推进了3000多年，甲骨契刻符号则为探索中国文字的起源提供了实物资料。平粮台、石峁古城的发现，开中国史前城址之先河，具有里程碑式意义。以凌家滩遗址为代表，大量精美的玉器，显示出距今5000年左右淮河流域的繁荣之态。以上山、跨湖桥、河姆渡遗址为代表，展现了环杭州湾地区距今10000-5000年前后的文化面貌。上山遗址发现距今万年的水稻遗存、世界上最早的彩陶等，证实以金衢盆地为中心的钱塘江地区应是世界稻作定居农业的重要起源地。跨湖桥遗址发现距今8000年的独木舟，是萧山八千年“勇立潮头”的记忆。河姆渡遗址带榫卯的干栏式建筑，是中国现已发现的古代木构建筑中最早的榫卯之一。屈家岭，上承油子岭，下启石家河，实现了长江中游史前文化的空前统一和繁荣。以甑皮岩、昙石山等为代表，展现了华南地区、闽江流域距今12000-4000年左右的文化面貌。
第二，夏商周三代遗址博物馆或遗址保护单位，展现了中华早期文明和国家的形态特征。距今3800年左右，中原龙山社会在剧烈动荡中完成了一系列重组整合，并在广泛吸收周围文明先进因素的基础上，诞生了一个新的文化，即二里头文化，如今已经证实就是夏文化。二里头文化立足中原，辐射四方，改变了中国文明进程的格局，开启了以中原为主导的、整合其他区域文明的政治和历史进程，中华文明进入新的阶段——王朝时代。夏都二里头，堪称“最早的中国”。河南安阳殷墟出土的甲骨文等考古遗存与文献记载相互印证，又使商代历史成为信史。郑州商城，对认识和研究商代早期都城有重要意义。
第三，以湖北黄陂盘龙城、四川广汉三星堆、四川成都金沙为代表的遗址博物馆或保护单位，揭示了以夏商王朝为中心的中原与周边地域的政治、文化关系，深刻证明了自古以来中国文化的“多元一体”。盘龙城的发现，揭示了夏商文化在长江流域的传播与分布，明确了夏商王朝的政治版图到达了长江流域。三星堆、金沙遗址，揭示了中原王朝政治疆域以外另一个高度发达的文明实体——古蜀国。三星堆、金沙遗址改变和重绘了中华文明的知识图谱，古蜀先民们采用夸张的艺术形式，为中国青铜时代增添了丰富的内容，也为中华文明和世界文明作出了独特的贡献。
其次，各地区遗址博物馆对遗址保护和管理的认识也愈加深刻：
一是遗址博物馆对自身的认识更加全面、立意更高——不仅仅局限于收藏、展示的功能，更是考古工作的重要支撑和落脚点，还应在研究挖掘遗址内涵价值并进行解读阐释上下功夫。
二是馆舍规划与建设方面更具系统性、科学性。很多博物馆对其与遗址环境（遗址公园）的关系定位非常明确，对自身的馆舍、道路、公共服务等方面有了明确的规划与设计，体现了遗址保护管理和遗址博物馆整体水平的提升。
三是兼顾室内陈列和露天展示，将两者有机融合，更好地展示可移动的“遗物”和不可移动的“遗迹”“堆积”，讲好遗址故事。
四是开展院、校、所的科研合作，重视遗址和文物的科技保护，避免暴露在外的土构遗迹被暴雨冲刷、冰冻冻融、植物滋生等情况。诸如半坡、金沙等遗址博物馆已经走在前列。这既是遗址博物馆自身朝着更高水平发展的表现，更是在中国百年考古、中华文明探源成果转化与诠释中发挥出更大作用的表现。
五是重视科普宣传，拓展更多形式的成果转化，如讲解服务、研学、讲座、宣传片、文创、跨界艺术活动等。比如屈家岭博物馆打造“龙魂屈家岭”的品牌，在全球征集屈家岭文化文创，积极建设文创研究院，更好地将屈家岭文化宣传出去。再如三星堆博物馆，以讲座、新媒体等形式不断跟进最新考古成果，实时更新讲解词，开辟文物修复馆，让观众近距离了解最新成果。这些尝试具有十分重大的意义。
从我国第一座遗址博物馆正式对外开放，到今天全国范围内遗址博物馆百花齐放，这65年所取得的成绩，是所有从业人员的努力和奋斗的结果。未来，在“建设中国特色、中国风格、中国气派的考古学”重要指示精神指引下，遗址博物馆也必将站上新的历史起点，为中华文明探源和中华民族的伟大复兴做出更大的贡献。