良渚文化的玉器出土遗址,并非均衡分布于良渚文化的分布区域内,而是呈现为若干的地域性的集合。举出被视为当时最高重器的玉琮为据，在地图上点出其出土地点，至少可以抽出以下8个单位的群。
①良渚遗址群、②桐乡-海宁遗址群、③临平遗址群、④德清遗址群、
⑤海盐-平湖遗址群、⑥吴县-昆山遗址群、⑦青浦遗址群、⑧常州遗址群
与这些遗址群形成对比，作为出土玉器的质、量和遗址的分布密度上较差的遗址，一个遗址仅出土一件玉琮，而且其周边无类似遗址的实例，包括湖州杨家埠遗址、金山亭林遗址、吴江王焰遗址、常熟嘉陵荡遗址等等。但是，嘉陵荡遗址与同属于常熟的罗墩、黄土山、三条桥等玉器出土遗址,一起构成群的可能性较大。另外，有的地域相对密集着虽然尚未确认有玉琮出土却有其他玉器出土的遗址，其中可以举出的是，海盐西北部的横港周边以及嘉兴东部的步云到风桥一带。
2.中心土台的存在
这些遗址群中，有的包含着具有不能看做单纯是一般聚落/墓地遗址的规模的岗地状遗址。良渚遗址群的莫角山即是其中的代表。此外，还可举出的是，桐乡-海宁遗址群的杨家车遗址(200×80m)、吴县-昆山遗址群的草鞋山遗址(170×260m)、常州遗址群的寺墩遗址等等。就寺墩遗址而言，车广锦先生推想其原貌为两重壕沟环绕一座直径100m、高20m的祭坛。草鞋山遗址,从航空照片来看,在其遗址中心也环绕着边长约500m的不规则正方形的水道。
3.良渚遗址群的结构
毋庸赘言，诸遗址群中最为突出的是良渚遗址群。在其34k㎡范围内，至今超过100处遗址已经被确认。但是，遗址分布疏密有差，或可细分为莫角山周边遗址群、荀山周边遗址群、天目山南麓遗址群。
莫角山周边遗址群，由作为祭祀中心的莫角山和其北侧作为政治中心的土台群(姚家墩等)组成。如果将延伸于土台群西侧的土垒作为「防洪堤」的话，那么它应该防御什么设施据此,可以推想其南侧或许分布着上级阶层的居住区。其家族墓地则是汇观山遗址、吴家埠遗址等等。荀山周边遗址群，从庙前遗址的发掘认识来看，似乎分布着地位略下的上级阶层和一般平民的住居。这里还存在长坟遗址(可能是黑陶窑址)那样的手工业作坊。以瑶山为代表的天目山南麓遗址群，基本上可以定位为墓葬区。
4.良渚遗址群的年代
关于良渚文化的分期，目前以玉器和陶器为资料，详细的分期逐渐变得可能，在此为了使讨论单纯化，依早、中、晚三期区分法进行论述。
毫无疑问，良渚遗址群中存在着从早期到晚期所有时期的遗址。问题在于随葬大量玉器的所谓大墓自什么时期出现。省略详细的论证，从型式和纹饰来看，笔者认为至少一部分瑶山遗址出土玉器应该上溯至早期。瑶山遗址无一件随葬玉璧，恐怕也与所属时期有关。而且，莫角山其他中心土台群的建造，也可能在同一时期
另外，关于晚期，反山(21号墓)、苏家村、吴家埠等遗址出土有晚期玉琮长的玉琮芯和发现于安溪百亩山的刻符玉璧也属同一时期。良渚镇一带将玉琮俗称做「玉塔」，与塔的含义相称的应该是多节长尺寸的遗物。可以想像，晚期的玉琮，可能在良渚遗址群内也曾大量出土。如果如此，大墓早期至晚期始终持续存在。总之，将反山、瑶山视为中期遗址,并认为其后良渚文化的中心向其他地域移动这样的观点难以成立。
5.良渚遗址群的都市性
在良渚遗址群，不存在良渚文化前的崧泽文化遗址。本来，在太湖地区，可以看到这样的一般倾向：随着马家浜-崧泽-良渚的时期递进，遗址数量也大幅增加。其最显著的例子就是良渚遗址群。在此，已知有4处马家浜文化的遗址，崧泽文化无一处，至良渚文化期却有100余处。
就这一现象的背景来说，必须连带考虑气候最宜期以后海平面的下降以及与其伴随的冲积的进行。良渚文化前期，良渚遗址群出现之始，这里应该是刚刚辟引水源成为适合人类居住之所的无人荒野。无法将其看做是自崧泽期开始的自然人口增长导致的聚落的扩大，而且，从拥有规则配列的大规模建筑物大量发现这一点来看，应该将良渚遗址群考虑为，良渚文化早期的某一时期有意识地规划建设的结果。如果考量仅莫角山周边遗址群就拥有广及东西2km、南北3km的范围的规模,将其称为都市并不过言。
6.玉器的分配
在良渚玉器中，有将原本为一件的玉器切为两段的实例。就玉琮而言，福泉山40号墓、横山2号墓、普安桥11号墓的发掘品,以及吴江王焰村、海宁佘墩庙的采集品和桐乡博物馆藏品中,均有如此实例。应该注意的是，它们均为良渚遗址群以外的地方的中心遗址。在反山、瑶山等等拥有大量玉器的良渚遗址群内遗址中,却无如此发现,这一现象是具有启示性的。此外，地方的良渚文化墓地中出土的玉器还有一个特徵是，利用了制作其他制品时产生的残余物的制成品很多。在这一现象的背景之下，应该推想，获得玉器，尤其诸如玉琮之类的重器的可能性是极为有限的。笔者所持的观点是，玉器恐怕是在某种政治关系下，由高等级者分配给低等级者。从瑶山遗址的出土品和江阴高城墩的出土品的关系来看，从相当早的阶段(可能是早期)起，以良渚遗址群为中心的分配就已开始，而且一直持续到晚期。良渚遗址群内的塘山遗址、位于天目山脉北侧的德清市杨墩村遗址等玉器制作遗址,可能是其候补制作地。