金沙岛沙漠博物馆位于以前秀水大酒店内。该馆是一个集沙漠博物馆、多媒体体验、科普宣传及研学于一体的综合性自然类博物馆。它展示了70年来中国沙漠研究的成果，是我国沙漠研究的缩影和对外名片，也展示了中国沙漠治理的成就，是我国沙漠治理对外宣传的窗口。同时它也成为了我们对外沟通、交流及青少年研学的平台。
多媒体体验区主要可以体验环幕裸眼3D电影和VR体验。环幕裸眼3D影院采用包裹式巨幕，160度体验覆盖人眼70%以上的视觉感受范围，具有浸入式裸眼3D效果。影像内容构建的三维视觉空间和真实环境一致，如同身临其境。影片播放时电筒座椅配合做出俯冲、摇晃等动作，提供真实刺激的飞行体验。除了裸眼3D电影，这里还有十二项VR设备，给游客提供虚拟魔幻的意境体验。
环幕裸眼3D
VR体验
视觉与感觉碰撞出的火花
品读中卫展示区主要向游客展现中卫的建制沿革和地域特征，中卫行政区划、腾格里沙漠、治沙让中卫名扬世界……
科普阅览中心面积共计506平米，馆藏图书主要以环保科普类图书为主，设置休闲阅读区，面向大众进行服务。
动植物标本长廊展示区,植物标本长廊共计展示10大类144种植物标本，植物标本长廊为沙漠壁画和植物模型展示。植物标本采用玻璃展柜的形式将各类植物标本进行展示。而动物标本长廊共计展示各类沙漠化地区食草类、食肉类、啮齿类、鸟类、两栖类及昆虫类动物共计137种，动物标本长廊设置小型动物标本展柜，利用置物架为标本展柜，对墙体进行沙漠伴景画，衬托沙漠氛围。并且在动物标本长廊尽头设置了大型沙漠湿地沙盘，展示沙漠湿地生态环境和部分水禽和两栖类动物。
植物标本长廊
动物标本长廊
中国沙漠展示区该馆占地面积303平方米，主要展示中国沙漠的形成、演化、类型以及沙漠自然资源等。
沙漠危害及治理成果展示区面积共计243平米，主要展示从古至今，沙漠迁移及沙尘暴对人们生产生活造成的危害，以及人们对沙漠的治理。
科普教育体验分为一、二区，一区为双面墙体走廊，主要以区域内科普项目的宣传和展示为主；二区为单面墙体走廊，主要以区域内科普项目的宣传和展示为主，采用一些科普元素进行装饰，主要服务于走廊区域内的体验项目。