胚胎发育/细胞分化-调控图谱绘制/细胞发育路线拟合等
致病机理/调控网络/转录因子研究中细胞位置与功能关系研究等
产品优势
研究流程
1）预实验阶段：
a.将样本进行冷冻后，使用OptimalCuttingTemperature(OCT)化合物进行组织包埋，且需要进行位置信息标记；
b.其次根据研究目的，进行冷冻切片制备后，选取部分切片进行RNA质检；
2）正式实验：
a.将继续完成正式冷冻切片制备，进行甲醛固定，组织透化，HE染色，显微镜拍照成像；
b.再将组织切片贴合在含有与RNA结合捕获探针的载玻片上捕获区域，并进行固定和透化，使细胞中的mRNA得到释放，结合到相应的捕获探针上；
c.将捕获的RNA为模板，进行cDNA合成和文库构建；
d.对制备好的文库进行DNBSEQ平台测序。
图1基于10xVisium空间转录组工作流程图
测序平台：DNBSEQ平台
测序读长：PE100
数据量推荐：测定芯片上5000spot点，测序1lane-约300Mreads（数据上下浮动20%）
信息分析条款
信息分析内容
标准信息分析
（需要基于良好的参考序列，且每个样本拆分出的细胞数目上下浮动在20%或以内的误差皆属于正常范围）
基本分析
1.测序结果统计;
2.比对结果统计;
3.定量分析;
标准分析
4.质控（细胞周期因素去除，双胞去除等）;
5.spot聚类分析;
6.样本间差异基因鉴定;
7.spot类别鉴定;
8.sopt点位置信息分析
9.差异表达基因GO功能分析;
10.差异表达基因Pathway功能分析;
11.差异表达基因TF编码能力预测;
12.差异表达基因蛋白互作分析;
14.Reactome富集;
15.GSEA富集（选做，需2个样本以上）；
16.GSVA富集；
个性化分析
17.RNA速率;
18.细胞通讯iTALK;（需要确定终版细胞类群）；
19.细胞通讯cellphoneDB;（需要确定终版细胞类群）；
20.细胞轨迹分析;（需要指定细胞类群）；
21.CNV分析（选做，肿瘤和对照-需2个样本以上）;
定制化信息分析
可结合客户的需求，协商确定定制化信息分析内容。
空间转录组应用-肿瘤研究方向（多组学联合分析）
MultimodalAnalysisofCompositionandSpatialArchitectureinHumanSquamousCellCarcinoma
发表杂志：Cell
肿瘤类型：人皮肤鳞状细胞癌
研究内容：
为了定义皮肤鳞状细胞癌（cSCC）的细胞组成和结构，本文结合空间转录组学和一系列离子束成像的单细胞RNA测序等技术，研究皮肤鳞状细胞癌和正常皮肤的差异，cSCC表现出四个肿瘤亚群，三个概括正常的表皮状态，以及癌症特有的肿瘤特异性角质形成细胞（TSK）群体，单细胞和空间数据映射的配体-受体网络的整合针对特定的细胞类型，揭示了TSK细胞是细胞间通讯的枢纽。这些数据定义了cSCC肿瘤和基质细胞亚群，通过空间转录组研究，进一步研究目的细胞群互做关系，以及他们参与癌症的交流基因网络。
方案设计：
图1实验方案设计整体流程图
主要研究结果展示：
1.通过scRNA-Seq发现特异性的细胞亚群——癌症所特有的肿瘤特异性角化细胞（TSK）
图2细胞类群对比结果图
2.将scRNA-Seq目的研究细胞群-肿瘤角质细胞（TSK）与肿瘤空间结果进行联合分析，展现TSK细胞在空间位置上基因表达情况，以及TSK标记marker基因MMP10
图3联合注释分析及TSK细胞空间定位与marker基因鉴定
参考文献：
[1]JiAL,RubinAJ,ThraneK,etal.Multimodalanalysisofcompositionandspatialarchitectureinhumansquamouscellcarcinoma[J].Cell,2020,182(2):497-514.e22
结果展示
图1单细胞类群二维聚类图图2单细胞类群在映射到样品原空间位置
图3单细胞类群在空间位置上注释信息
图4联合scRNA-Seq数据进行联合注释
1.OCT冷冻包埋送样；
2.组织切块大小建议0.65cm^3。
*详细方法请见送样建议以及OCT包埋方法
Q1.可以邮寄速冻组织吗？
答:不可以，建议新鲜样本使用OCT包埋好，进行邮寄；如有切片设备，可以切到目的区域后，再进行邮寄。
Q2.实验方案设计中一般需要切片多少片？
答：建议根据实验目的和研究方向进行考虑，根据目前现有发表文献进行总结和建议如下，供参考：
Q3.信息分析可以关联高通量单细胞RNA-Seq测序吗？
Q4：哪类组织样品执行空间转录组的风险较大？
答：对于皮肤、骨组织、正常胰腺、血管、脂肪等样本类型，由于皮肤质地过于柔软、骨组织太坚硬且RNA含量低、胰腺内消化酶过多不能保持完整形态、血管大部分rin值较低、脂肪易脱片且HE染色效果不好，会有油脂残留，需慎重送样。