本文是基于现有公开信息所做的理论探讨分析，观点仅供同行业务交流。作者对双方争议不持立场，不排除今后随着更多信息的披露会导致观点调整。
2021年
长沙税务局立案稽查
5月19日
湖南省教育厅《关于请求协调对长沙医学院学费收入免征企业所得税的函》——“目前公办学校的学费收入是免征企业所得税的，根据法律规定，结合长沙医学院的法人属性、办学章程及办学实际，我们认为长沙医学院应当与公办学校一样，享受免征学费收入企业所得税的优惠政策。”[2]
7月18日
教育部函——“非营利民办学校是在民政部门登记的民办非企业单位，其有关收入应为免税收入。”
2022年
1月13日
《税务处理决定书》（长税三稽处【2022】7号）——要求长沙医学院补缴2016年1月1日至2020年9月30日期间税款及相应滞纳金。
2月18日
湖南省税务局回复长沙医学院——学费、住宿费收入等不在政策规定免税收入范围里。
3月24日
长沙医学院提出行政复议。
3月31日
长沙市税务局作出不予受理决定——长沙医学院未按照税务机关的纳税决定缴纳或者解缴税款及滞纳金，也未按照《税收征收管理法实施细则》第六十一条、第六十二条之规定提供有效的纳税担保。
长沙医学院向长沙铁路运输法院起诉，该案4月11日开庭。
4月1日
稽查局下达强制执行通知书。
长沙医学院官网发布《关于请求长沙市税务局第三稽查局依法履行税务职责的申请》，后附师生签名。
4月2日
长沙医学院与税务局双方的观点集中为：
稽查局长回应——长沙医学院的文件属于断章取义，长沙医学院是民办高校但没有办理“非营利组织”的证明，不管是否为非营利组织，没有上缴财政的收入部分，就要交税。医学院开除了三波财务，财务懂税法他们不懂。税务局也鼓励支持该校进行行政复议或诉讼。
校长回应——学费和住宿费应为企业所得税免税收入，现在我们想做纳税担保也不让。若学校被加征25%的企业所得税，只能提高学生的住宿费。公开发文是学校老师和学生公开，本人对此事并不知情。
事件的焦点，前期主要集中在民营非营利组织是否应当缴纳企业所得税上，但深入观察该事件，发现不论是长沙医学院的网文，还是稽查局长的回复中，都有诸多焦点，试分析如下：
一、主体
（1）长沙医学院是否为非营利组织？非营利组织谁来认定？
教育部在2021年7月18日函中明确，非营利民办学校是在民政部门登记的民办非企业单位，非营利性民办学校属于享受税收优惠的“符合条件的非营利组织”。依据教育部的函，是不是“非营利组织”，要看民政部登记。查询全国社会组织信用信息公示平台，长沙医学院成立于2002年，目前确实是“民办非企业单位”，应是“非营利组织”，结果如下：
而税务机关认为，长沙医学院未在税务机关办理“非营利组织”证明。
笔者认为，单看主体，从现有查到的资料看，长沙医学院应属于“非营利组织”，不论其是否办理了税务机关要求的证明。只是是否具有免税资格，可能另有说法。
（2）非营利组织一定免税么？在免税待遇上增值税和所得税有区别么？免税资格是否需要认定？
税务机关说长沙医学院未办理“非营利组织”证明，应当是指其未办理免税资格。在免税待遇上，对于学校，增值税和所得税还真是区别很大的。
先说增值税。对于从事学历教育的学校，经有关部门审核批准并按规定标准收取的学费、住宿费、课本费、作业本费、考试报名费收入，以及学校食堂提供餐饮服务取得的伙食费收入都是免增值税的。具体可参见财政部国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知（财税〔2016〕36号）附件：营业税改征增值税试点过渡政策的规定第一条第八款。因此，即便是本次事件的长沙医学院，其符合上述条件的收入增值税也是免的，有争议的是企业所得税。
再说企业所得税，这个对于非营利民办学校而言，免税资格是需要审批的。
《企业所得税法实施条例》第八十四条，规定了非营利组织的条件。配套的财税〔2018〕13号规定，“非营利组织”的免税资格是需要由财政、税务部门审核认定的，而长沙医学院未办理。
财税〔2018〕13号的前身是财税〔2013〕13号，再之前是[2009]123号。
关于《资格认定通知》的三个版本，法律圈广有垢病的声音，认为“资格认定主体缺乏合法性”。原因在其法律渊源《企业所得税法实施条例》第八十四条最后一款“前款规定的非营利组织的认定管理办法由国务院财政、税务主管部门会同国务院有关部门制定”。但2009年财政、税务两家自己就直接发出财税[2009]123号文了，没带“有关部门”一起，出现了“抢跑”现象，其后两个更替文件财税[2014]13号、财税[2018]13号同样如此[3]。但“有关部门”，本身也是含糊的概念，如果带上民政部可能争议会小许多，但单从这一点否定《资格认定通知》的合法性，是站不住脚的。
从权责匹配角度看，由财政、税务部门审核认定非营利组织的“免税资格”，应当是没有太大问题的。而且，通过“资格认定通知”，税务系统也相应加强了对这些非营利组织的税务管控和财务监督：一则有严格的流程，二则资金要受到税务机关的监管，再则有5年的有效期。公共层面的财税管控本身就是财政、税务部门的职责，教育部对于这一领域应当说可以行使建议权的。
（3）公立学校、非营利性民办学校在税收政策上应否差别对待？
《中华人民共和国民办教育促进法实施条例》第五十四条明确规定“民办学校享受国家规定的税收优惠政策；其中，非营利性民办学校享受与公办学校同等的税收优惠政策。”长沙医学院声称的《教育部函》中有类似表述“非营利性民办学校学费和住宿费与公办学校上述费用性质相同、用途相同、结余管理方式相同，应享受同样的税收优惠政策”。教育部观点可以概括为：既然是税收优惠，就应当一视同仁。公立教育机构能享受，民办教育机构一样应当享受。
在此点上，教育部的观点确实更有共鸣，非营利性民办学校与公立教育在税收上应当一视同仁。但是税收优惠这个点，又涉及到部门分工了，财政、税务部门有更强的话语权。
二、学费、住宿费的收入性质
（1）非营利组织收入如何分类？是否都免税？
依据《企业所得税法》第五条看，一家企业可能取得的收入大致会有：不征税收入、应税收入、免税收入。应纳税所得额为企业每一纳税年度的收入总额，减除不征税收入、免税收入、各项扣除以及允许弥补的以前年度亏损后的余额。
一般企业收入分类
提到非营利组织，自然而然想到的是免税收入。《企业所得税法》第二十六条第（四）款规定“符合条件的非营利组织的收入”为企业的免税收入。《企业所得税法实施条例》第八十五条，对其加以解释为“企业所得税法第二十六条第（四）项所称符合条件的非营利组织的收入，不包括非营利组织从事营利性活动取得的收入，但国务院财政、税务主管部门另有规定的除外”。通过这几个条款，可以看出，非营利组织的收入并非都免税，取得的是符合条件的免税收入才免，从事营利活动的是要征税的。
在忽略了不征税收入的情况下，会把非营利组织的收入分成：
A符合条件的免税收入；
B从事营利性活动取得的收入通常应税；
C一般不免税的营利性活动取得的收入中，国务院财政、税务主管部门另有规定的可免税。
应该说质疑的声音不无道理，从这个角度看，对于非营利组织免税收入，是否像财税〔2009〕123号说的，未在其中的都不免税，是值得商榷的。但相对确定的是，非营利组织从事营利性活动取得的收入是应税的。
（2）学费、住宿费是营利性收入么？
从上面法规分析的情况看，营利性收入的概念更为模糊。但依据财税〔2009〕122号，列举范围之外的收入都是应税收入。这种相对模糊的情况下，大多数人都认为可以参考对比，巧了，事件中的双方也都是这样认为的。
教育部和长沙医学院认为其他公立学校的学费、住宿费不缴税，那么非营利性民营学校的学费、住宿费也不应征税。
谈到这，大家应该可以看出双方的争议确实不在一个频道上。
在教育部及长沙医学院眼中，公立学校和非营利民办学校的收入组成对比应是这样的：
而在税务系统眼中，公立学校和非营利民办学校的收入组成对比是这样的：
此外，公立学校，应税收入和免税收入、不征税收入也要是分开核算的。正常来讲，办理了免税资格的非营利组织应税收入和免税收入分开核算也是必要条件，这样才能保证一直享有免税资格。这也是税务系统指出长沙医学院不太懂的地方。
另一方面，有人诟病长沙医学院学费标准过高，其中，医学类年学费高达4万元，其他类学费也达到了近3万元。同样开设医学专业的公立大学——中南大学临床专业2022年学费7800元。或者也是税务局调查原因之一[4]。
在笔者看来，从税收技术角度看，非营利性民营学校无不征税政策的收入确属应税收入，税务局在税收技术层面最有发言权，也最具权威。但如果从更宏大的叙事角度看，教育部及长沙医学院的公平论更有市场。公立学校由财政拨款，收入上缴财政是理所应当的，上缴财政的收入当然不征税。而非营利性民营学校很少能受到财政扶持，它的师资成本、办学成本等需要从学费、住宿费中来。虽然学费、住宿费等的标准，学校的资金流转确实应当受到监管，但如果是税务部门认可的“非营利组织”，也办理过免税的话，它的资金流转包括收费标准，支出标准等也要满足相应的监督需求，是否一定不能免税也是可以商榷的。税务系统的资格认定是其对“非营利组织”管理的一部分，本身是遵循严格的制度的，同时也体现了监管的要求。说到底，长沙医学院没有在税务系统中认定“非营利组织”，资金财务没有处于税务系统的监管之下，此次事件中要补税是当然的事。
三、扣除
（1）仪器、设备、设施、土地、房屋是否应税前扣除？
其实长沙医学院最不服的应当是这些东西是否应税前扣除，而非是否算支出。因为支出本身也不是所有的都能税前扣除。这些支出是否应当税前扣除，取决于它们是否应计入成本费用？单从这几项标题看，似乎大都应当计入固定资产，而非成本、费用项目。如果是计入固定资产，根据会计折旧方式，那确实是每年按一定比例来扣除。但稽查局对此没有回应。
（2）如果成本费用查不清，是否有可能争取核定征收？
根据《税收征管法》第三十五条第四款、第五款的规定，税务机关有权核定长沙医学院的应纳税额。核定征收通常比查账征收对于被征收人有利得多，因此，对于特殊行业、特殊类型的纳税人和一定规模以上的纳税人不适用核定征收。而所幸的是，民办学校如果不上市的话，应当不是特殊行业、特殊类型的纳税人和一定规模以上的纳税人，也许有可能争取核定征收。
四、救济要求的纳税担保认定无效，是否还有救济手段？
（1）非营利学校能否用其资产作为纳税担保？
《民法典》三百九十九条第三款规定，学校、幼儿园、医疗机构等为公益目的成立的非营利法人的教育设施、医疗卫生设施和其他公益设施是不得抵押的财产。但是《民法典》并未禁止非营利学校用非教学设施提供担保。（依据最高人民法院关于适用《中华人民共和国民法典》有关担保制度的解释第六条第二款除外情形）对非营利学校教育设施外的资产，如临街门市房产、非教学用的汽车等应是可以作为抵押物的。长沙医学院未能提供有效担保，一方面账上可能确实资金不足，另一方面，教育设施、土地（尤其是划拨情形）等不能作为担保财产也有可能。
（2）是否还有救济手段？
根据税法的有关规定，纳税人与税务机关之间存在纳税争议的，纳税人在缴纳税款、滞纳金或者提供相应担保后方能提起行政复议，此为“纳税前置”。对于税款争议较大的税务纠纷而言，纳税人通过提供纳税担保以满足纳税前置要求成为提起行政复议的重要途径。而本次事件中，恰恰是由于长沙医学院“既未解缴税款及滞纳金；也未提供有效担保”，导致行政复议不能提起。实践中，此种情况可以向法院提起行政诉讼，这是因为要中止税收行政复议的60天期限。
五、税务局翻旧账能翻几年？
税务稽查实务中，最初确定的检查期间通常会设定在3年以内，但是会根据具体情况延长检查期间，总的来说，税务机关翻旧账，有3年、5年、无限期的三种情况。
根据《税收征管法》规定，如果是税务机关的责任，只能要求补3年以内的税款且无滞纳金，如果是被稽查对象的错误或者没有申报，造成没交或者少交税的，税务机关可以追征3年内的税款、滞纳金，有特殊情况的，可以延长到5年。所以，长沙医学院被追征5年税款及滞纳金，在法律框架中是有可能的。
从此次长沙医学院税务事件中折射出的税务及法律问题还有很多，都很有现实意义，事件的结局如何我们拭目以待，从中折射出的问题，可以给大家启示。
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