这部司法解释共有19个条文，涉及的内容十分丰富，其重点内容包括以下六个方面：
（一）首次明确以结婚登记程序存在瑕疵为由主张撤销结婚登记应提起行政复议或行政诉讼。现实生活中，常常有当事人以结婚登记程序中存在瑕疵为由申请宣告婚姻无效，如一方当事人未亲自到场办理婚姻登记、借用或冒用他人身份证明进行登记、婚姻登记机关越权管辖、当事人提交的婚姻登记材料有瑕疵等。在结婚登记程序存在瑕疵时，如果同时欠缺了结婚的实质要件，在法律规定的情形内，可以被人民法院宣告无效，但对仅有程序瑕疵的结婚登记的法律效力缺乏明确的法律规定。当事人以婚姻登记中的瑕疵问题申请宣告婚姻无效的，只要不符合婚姻法第十条关于婚姻无效的四种规定情形之一，法院就只能判决驳回当事人的申请。如果将符合结婚实质要件但结婚登记程序上有瑕疵的婚姻宣告为无效，不仅扩大了无效婚姻的范围，也不符合设立无效婚姻制度的立法本意。
从征求意见的情况看，多数观点主张应当本着司法便民、利民的原则在司法解释中增加指引性规定，以方便当事人解决纷争。据此，经研究认为，在我国现行的法律框架下，结婚登记在性质上属于具体行政行为，即行政确认行为。当事人对已经领取的结婚证效力提出异议，虽然不属于法院民事案件的审查范围，但当事人可以向民政部门申请解决或提起行政诉讼。据此，《婚姻法解释（三）》第一条第二款作出规定：“当事人以结婚登记程序存在瑕疵为由提起民事诉讼，主张撤销结婚登记的，告知其可以依法申请行政复议或者提起行政诉讼”。
（二）明确规定亲子关系诉讼中一方当事人拒绝鉴定将导致法院推定另一方主张成立的法律后果。亲子关系诉讼属于身份关系诉讼，主要包括否认婚生子女和认领非婚生子女的诉讼，即否认法律上的亲子关系或承认事实上的亲子关系。现代生物医学技术的发展，使得DNA鉴定技术被广泛用于子女与父母尤其是与父亲的血缘关系的证明。亲子鉴定技术简便易行，准确率较高，在诉讼中起到了极为重要的作用，全世界已经有120多个国家和地区采用DNA技术直接作为判案的依据。在处理有关亲子关系纠纷时，如果一方提供的证据能够形成合理的证据链条证明当事人之间可能存在或不存在亲子关系，另一方没有相反的证据又坚决不同意做亲子鉴定的，人民法院可以按照2002年4月1日开始施行的《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第七十五条的规定做出处理，即可以推定请求否认亲子关系一方或者请求确认亲子关系一方的主张成立，而不配合法院进行亲子鉴定的一方要承担败诉的法律后果。《婚姻法解释（三）》第二条对此予以了确认。从征求意见的情况看，多数意见认为，对亲子关系推定认定的规定符合社会常理，且便于实践操作。
（三）首次明确夫妻一方个人财产婚后产生的孳息和自然增值不是共同财产。一般而言，夫妻一方财产在婚后的收益主要包括孳息、投资经营收益及自然增值。婚姻法规定了婚姻关系存续期间所得的生产、经营收益及知识产权收益归夫妻共同所有，2004年4月1日开始施行的《婚姻法司法解释（二）》也明确规定一方以个人财产投资所得的收益为夫妻共同财产，但对孳息和自然增值这两种情形如何认定未予明确。在《婚姻法解释（三）》（征求意见稿）中曾作出了“另一方对孳息或增值收益有贡献的，可以认定为夫妻共同财产”的规定。但多数意见认为，征求意见稿中的“贡献”一词不是法律用语，理解上也会产生歧义，审判实践中很难把握。经过反复斟酌，《婚姻法解释（三）》第五条明确规定：夫妻一方个人财产在婚后产生的收益，除孳息和自然增值外，应认定为夫妻共同财产。
（四）明确婚后一方父母出资为子女购买不动产且产权登记在自己子女名下的应认定为夫妻一方的个人财产。从《婚姻法解释（三）》公开征求意见反馈的情况看，作为出资人的男方父母或女方父母均表示，他们担心因子女离婚而导致家庭财产流失。在实际生活中，父母出资为子女结婚购房往往倾注全部积蓄，一般也不会与子女签署书面协议，如果离婚时一概将房屋认定为夫妻共同财产，势必违背了父母为子女购房的初衷和意愿，实际上也侵害了出资购房父母的利益。所以，房屋产权登记在出资购房父母子女名下的，视为父母明确只对自己子女一方的赠与比较合情合理，多数人在反馈的意见中对此表示赞同，认为这样处理兼顾了中国国情与社会常理，有助于纠纷的解决。由双方父母出资购买不动产，产权登记在一方子女名下的，按照双方父母的出资份额按份共有，更为符合实际情况。《婚姻法解释（三）》第七条规定从我国的实际出发，将产权登记主体与明确表示赠与一方联系起来，可以使父母出资购房真实意图的判断依据更为客观，便于司法认定及统一裁量尺度，也有利于均衡保护婚姻双方及其父母的权益。
（六）明确规定当事人协议离婚未成则事先达成的附协议离婚条件的财产分割协议不生效。双方当事人在婚姻关系存续期间达成离婚协议，并对子女抚养和财产分割等问题作了约定，但该协议是以双方到民政部门办理离婚登记或到法院进行协议离婚为前提条件的。实践中，主张离婚的当事人一方在签署协议时可能会在财产分割、子女抚养、债务承担等方面作出一定的让步，目的是希望顺利离婚。由于种种原因，双方并未到婚姻登记机关办理离婚登记，或者到法院离婚时一方翻悔不愿意按照原协议履行，要求法院依法进行裁判。在这种情况下，当事人双方事先达成的离婚协议的效力问题，往往成为离婚案件争议的焦点。离婚问题事关重大，应当允许当事人反复考虑、协商，只有在双方最终达成一致意见并到民政部门登记离婚或者到法院自愿办理协议离婚手续时，所附条件才可视为已经成立。如果双方协议离婚未成，当事人一方有翻悔的权利，事先达成的离婚协议没有生效，对夫妻双方均不产生法律约束力，不能作为人民法院处理离婚案件的依据。