植根淘宝（2003-2004）支付宝2003年最初上线主要针对淘宝上购物的信用问题，即解决网购用户的需求，推出“担保交易”模式，让买家在确认满意所购的产品后才将款项发放给卖家，降低网上购物的交易风险，支付宝植根于淘宝网购需求，充当淘宝网资金流工具角色。
同年12月支付宝从淘宝网分拆，支付宝网站上线，并通过浙江支付宝网络科技有限公司独立运营，宣告支付宝从淘宝网的第三方担保平台向独立支付平台发展。
独立支付平台（2005—）2005年1月，马云在达沃斯经济论坛上表示2005年将是中国电子商务的安全支付年，2月支付宝推出全额赔付制度，3月与中国工商银行达成战略合作伙伴协议，在原有基础上进一步加强双方电子商务领域支付领域合作的范围和深度，随后又与农行、VISA等达成战略合作协议。
但当时网络消费仍处于初步发展阶段，支付宝外部拓展空间有限，淘宝依就是其单一客户，这也与支付特性有关，即支付需要在某个应用场景下发生，人们不会无缘无故使用支付宝的服务，也就意味着支付宝的独立发展需要借助整个互联网电子商务的发展。
支付宝首先切入的是网游、航空机票、B2C等网络化较高的外部市场，在电子商务的迅速发展的驱动下，截至2006年底，使用支付宝作为支付工具的非淘宝网商家，如数码通讯、游戏点卡等企业已经达到30万家以上，支付宝独立支付平台的身份也开始被外界所接受。
2007年支付宝分别与第九城市南方航空等一系列外部企业达成合作，2007年支付宝全年交易额476亿人民币（占整个电子支付市场47.6%的份额)，其中大约70%来自淘宝，外部商家占比30%左右，另外2007年支付宝针对商家（淘宝网和阿里巴巴网站的交易除外）展开收费。
2008年8月，支付宝用户数突破1亿，超越淘宝网的8000万用户，占网民总数的40%，10月份支付宝宣布正式进入公共事业性缴费市场，通过支付宝网上缴纳水、电、煤以及通信费等日常费用，另外支付宝与卓越亚马逊、京东商城、红孩子等独立B2C展开合作，成为其平台的支付方式之一，并推出WAP手机版，布局移动领域，2008年支付宝全年交易额1300亿人民币以上。
截止2009年12月，支付宝外部商家已经增长到46万家，全年交易额2871亿人民币，市场份额49.8%，2010年4月阿里巴巴集团宣布将在未来五年内，继续向支付宝投资50亿元人民币，同年11月支付宝启动“聚生活”战略，即建设无形的开放平台，从“缴费服务”向“整合生活资源”进行战略转型，实现市县级的水电煤缴费、信用卡还款、缴纳罚款、学费、行政类缴费以及网络捐赠等多项服务。
2010年12月，支付宝用户突破5.5亿，除淘宝和阿里巴巴外，支持使用支付宝交易服务的商家已经超过46万家，同时支付宝推出“快捷支付”，用户无需开通网银便可用银行卡进行网上交易支付（目前合作银行80家左右），另外2011年5月京东商城宣布放弃与支付宝合作，京东CEO解释主要是支付宝费率较快钱、财付通、汇付天下更高，京东商城的支付宝交易额占支付宝总交易额不到千分之一(2010年数据，京东商城货到付款占比90%)。
2011年7月支付宝推出手机支付产品——条码支付（BarcodePay），进军线下支付市场，消费者和商家间通过支付宝条码进行交易，无需银行卡，支付宝用远程支付模拟近场支付，推行线下支付网络化发展。
支付宝需要将用户资金存放在合作商业银行当作交易保证金，工商银行对资金进行“托管”服务，检查支付宝存放在各家商业银行的客户交易保证金余额总和是否与用户存放在支付宝的资金余额与待处理款、未达款余额之和平衡，并按月出具报告。这也间接解释了支付宝用户沉淀资金的去向，即以交易保证金的形式存放在合作的商业银行。
目前支付宝向用户提供付款、提现、收款、转账、担保交易、生活缴费、理财产品（主要是保险）等基本服务，相当于一个电子钱包的功能。在淘宝网的支持和电子商渗透率的带动下，支付宝用户规模由2008年末的1.3亿增长至2010年末的5.5亿，年均复合增长105.7%，同时交易额由2008年的1391亿人民币交易量增长至2010年的5055亿人民币，年均复合增长90.6%。
1.支付产品支付产品可以分成接口类产品和清算类产品等两大类，接口类产品指将支付宝接口集成到商户网站，主要包括普通网站接口、平台商接口(B2C或C2C模式)；清算类产品无需集成支付宝接口，用于支付宝账户之间、支付宝和银行自建的资金流转，主要包大额支付款、批量付款等产品，另外支付宝还向商业用户提供增值服务(支付宝快捷登陆等)，目前大部分增值服务免费。
2.包量费率，包量费率是指在包量内只收取预付费，超过包量流量后按每笔交易额的1.2%收取服务费，合同有效期为1年。如选择600元套产，包量交易额为6万人民币，超出6万人民币后的交易额按1.2%收取费用。
2.行业解决方案行业解决方案主要针对航旅、B2C、物流、网游、保险、海外、缴费、无线、公益捐赠等行业需求而开发的个性化解决方案，例如针对中小B2C商户的COD专业版（货到付款业务管理平台），商户通过平台向指定的物流公司发送代收货款的发货请求，同时获得代收的货款和运费等资金，最终获得发货回单。
易观国际在第三方支付研究报告中称，行业解决方案的利润分成模式相对较为复杂：行业解决方案针对不同的行业，不同的业务合作模式，采用不同的收费模式和标准，扣除相应的成本，以及和商户共同进行的营销推广成本，形成最终的利润。
3.第三方服务支付宝为商户建造第三方服务平台，进驻的第三方主要包括域名/空间/主机、网站建设软件/系统、网站管理工具等互联网基础服务提供商，为电子商务网站提供类似“水电煤”的基础服务。
另外支付宝的运行模式必定会导致用户资金部分时段停留在支付宝银行账户上，即产生通常所说的沉淀资金，2010年年初日交易额14亿人人民币时，业内专家估计沉淀资金在100亿人民币左右，而2011年4月份支付宝CEO彭蕾称日交易额已超过26亿。
前面已提到沉淀资金以交易保证金的形式存在于合作商业银行，并受银监会监管，这也限制沉淀资金的商业化用途，按200亿人民币的沉淀资金规模、一年期定期存款利息计算，目前沉淀资金一年的利息收入大概在6亿人民币左右(Paypal上用户交易保证金产生的利息归Paypal所有)。
但央行颁布的《非金融机构支付服务管理办法》并未明确沉淀资金利息归属问题，支付宝目前也没有将利息收入列入营收范畴，按支付宝方面的说法是“支付宝的沉淀资金利息支付一直挂在应付款项上，即不计入收入，也不计入支出，第三方支付、银行和客户都不能动用这笔资金，这部分资金一直在等待监管层明确其归属。”
三、第三方支付市场：支付宝占据半壁江山根据艾瑞咨询的定义，第三方支付指独立于电子商务商户和银行，为商户和消费者提供支付服务的机构，国内主要的第三方支付平台包括支付宝、财付通、银联电子支付、快钱、汇付天下、易宝支付、环迅支付等，2010年第三方支付市场交易规模10105亿人民币，支付宝市场份额50.02%。
随着电子商务在各行业应用渗透的加深，第三方支付交易额规模快速增长，2008年、2009年、2010年增长率分别为181.0%、84.1%、100.1%，2010年第三方支付交易规模已达2007年的10倍以上，并且艾瑞咨询预计2014年第三方支付市场份额将增长至41000亿人民币。
艾瑞咨询数据显示，2011年二季度支付宝继续以49.2%的市场份额排名第三方支付市场首位（按交易额计），财付通、银联电子支付、快钱分别以20.97%、8.07%、7.32%的市场份额排名二至四位。
四、支付宝发展及风险支付宝曾指出由于政策没有明朗化，以至于整个第三方支付企业不敢在任何一块业务上投入太大，“现在我们不知道自己能做哪些业务，虽然看上去有很多的市场，但假如我们花大力气做了某个业务，而政策出台以后却规定不能做，那岂不是浪费精力和资源？”
而2011年5月央行支付牌照的发放从某种程度上消除了第三方支付产业发展的不确定性，之前第三方支付主要围绕购物、航空第电子商务较为成熟的行业发展，市场份额向资源丰富的第三方支付企业（支付宝、财付通、银联在线等）集中。
支付牌照的发放后，各家获牌照第三方支付企业明确了业务范围，艾瑞咨询认为这将深刻影响行业格局，如上图所示，第三方支付企业将围绕更多传统领域（基金保险等）进行拓展，并在各自核心业务领域深耕，市场的规模将更大（万亿量级到十万亿量级），更为分散。那支付宝如何应对？
条码支付主要瞄准了线下POS机的支付市场，相比POP机，支付宝条码支付不仅每月提供2万元的免费额度，而且超出部分费率为千分之五，是传统POS机收单方案的1/2到1/6（据新浪科技报道，刷卡成本已成为商户继房租、人工成本、电费之后的第4大成本，不少商家缴纳的手续费已经占到经营利润的5%-10%）。
但仍然面临较大挑战，如条码支付对手机的配置（智能机分辨率等）和网络信号要求较高，单笔限额2000元，另外根据支付宝条码支付的步骤，可能会导致排队结账等现象（整个流程需一分钟左右）。支付宝方面表示线下支付并不会止步于此，未来还将与非智能机、电脑摄像头、NFC等方式结合开发一系列产品，截止目前支付宝并没有公布条码支付的运营情况。
个人理财？除了在网上购物等领域继续保持优势，支付宝已推出个人理财服务，瞄准基金保险等领域（牌照发放后，基金保险很可能成为第三方支付新的营收增长点）。以基金行业为例，管理的资产规模在3万亿左右，主要通过商业银行代销渠道（大约占比78%），由于商业银行在基金的销售上占有网点和客户优势，对基金的发售费率上占有很大的话语权，虽然基金的直销渠道费率更低，但仍然很难推广，而这恰恰给第三方支付提供了切入机会。
目前只有汇付天下和通联取得证监会批准的网上基金销售支付结算资格，汇付天下是金融支付的“深耕者”（2011年二季度交易额占整个第三方支付市场的7.20%，2010年同期为6.53%），公司“天天盈”产品已接入23家基金公司，400多只基金产品和19家国内主要银行,覆盖95%的银行持卡人，并建立了金融产品服务队伍，而支付宝的个人理财服务现在主要是一些交通险的销售。
商业银行？此前有传出支付宝要成立商业银行，但至少从支付牌照业务来看，并没有涉及商业银行核心经营业务，另外当阿里巴巴集团副总裁胡晓名被问及商业银行计划时，表示：“关于商业银行的计划，起码在目前为止还没听到。”
风险因素关于支付宝的风险，目前主要来自对淘宝的依赖、同行业的竞争以及商业银行竟合关系，就如前面所讲，淘宝目前贡献支付宝大约60%的盈利，而支付宝“脱离”阿里巴巴集团后，这种关系的继续保持以及利益的协商都存在一定的不确定性。
牌照发放后，第三方支付市场份额可能因各家企业的深耕而走向分散，支付宝能否能继续保持市场地位？一些较大的平台可能推出自己的第三方支付系统，如中国移动、京东商城、新浪等，加剧行业竞争。
对于支付宝和商业银行的竟合关系，一方面商业银行仍然是支付宝的上游产业链，第三方支付最终的资金流动还得通过银行账户进行，另一方面支付宝巨大的个人用户和商户规模为商业银行的业务拓展提供丰富的资源。最主要的还是随着支付宝业务范围和深度的发展，免不了与商业银行的网银系统产生同质化竞争，而这是商业银行不得不面对的。另外央行推出的“超级网银”虽然目前是面对银行跨行清算平台，并不针对个人业务，但如果对个人网银业务进行升级，对支付宝影响还是不容忽视的。