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一、转制科研院所离退休人员社会保障重要政策分析
(一)重要政策概述
在科研院所转制过程中，为解决离退休人员社会保障问题，国家出台了一系列重要政策。
1999年2月，国务院办公厅转发科技部等6部门《关于国家经贸委管理的10个国家局所属科研机构管理体制改革意见》([1999]18号)。提出了国家经贸委管理的10个国家局所属242个科研机构管理体制改革的指导思想和改革方式，并规定相应优惠政策和组织实施意见。这是我国第一个解决转制科研院所离退休人员社会保障问题的重要指导性文件，也是政府有关部门制定专项政策的主要依据。
1999年4月，科技部等12部门根据[1999]18号文件精神，提出转制科研院所离退休人员社会保障问题的可操作性实施意见(国科发政字[1999]143号)。与[1999]18号文件比较，其特点是保留了18号文件的基本精神和原则，明确提出5年过渡期离退休人员基本养老金问题的解决办法等政策。
2002年2月，劳动保障部等5部门针对242个科研机构、中央所属178家工程勘察设计单位以及134个科研机构，转制前离退休人员待遇调整问题做了规定(劳社部发[2002]5号)。明确有正常事业费的转制单位不再执行企业的调整办法，没有事业费的转制单位仍执行企业的调整办法。
2003年7月，财政部等4部门，就有关部门、单位反映转制科研机构有关政策执行中的问题，下发通知(财教[2003]68号)，针对“过渡期”退休人员的养老金问题，转制科研机构的医疗保险、住房补贴问题，以及属地化管理等问题，重申、强调了过去一些政策，没有提出进一步的解决办法。
(二)重要政策分析
1.《关于国家经贸委管理的10个国家局所属科研机构管理体制改革意见》(国发办[1999]18号)。这是我国第一个解决转制科研院所离退休人员社会保障问题的指导性文件，也是政府社会保障部门制定专项政策的主要依据。文件规定：“原有的正常事业费继续拨付，主要用于解决转制前的离退休人员的社会保障问题。其他人员的社会保障参照国家对企业职工的社会保障政策执行。”文件对解决原有正常事业费拨付单位的、转制前离退休人员的社会保障问题有重要意义，但解决不了没有事业费拨付单位的同类人员的社会保障问题，特别是某些转制成股份公司和非国有性质的单位，没有法定义务去安排经费解决这类问题。按照上述文件精神，转制后离退休人员执行“企业职工的社会保障政策”。由于我国事业和企业退休人员执行的是两种不同的社保体系，对因执行企业社保政策可能出现的“待遇差”，文件没有明确的解决办法。
2.《关于国家经贸委管理的10个国家局所属科研机构管理体制改革的实施意见》(国科发政字[1999]143号)。文件明确了转制科研院所离退休人员退休金发放和日常管理工作由“原单位负责”；打通了转制单位进入企业社保的政策通道，“转制前的连续工龄视同缴费年限，不再补缴养老保险费”；提出了转制后退休人员待遇差“采用发补贴的办法解决”和“有条件的企业可建立补充养老保险”的办法。
143号文件是对18号文件精神的延续，尽管它是一个解决转制科研院所离退休人员社会保障问题的操作性文件，但仍然没有提出解决没有事业费拨付单位退休人员社会保障问题的政策。虽然，文件提出了“转制后退休人员待遇差”的解决办法，但在实践操作过程中，对转制后近期退休人员的“待遇差”问题没有明确的补偿标准；对“单位建立补充养老保险”的规定也不是强制性的，导致这一补偿政策落不到实处。
调查发现，中央转制科研院所自执行5号文件后，原来享受地方社保的某些优惠性政策补贴则被完全取消了，导致和当地同类离退休人员相比，待遇差距越来越大。
二、地方解决同类问题的政策及办法
(一)转制前离退休人员的社会保障问题解决
(二)过渡期退休人员的社会保障问题解决
(三)过渡期后退休的人员的社会保障问题解决
1.主要办法。各省市都规定了过渡期后“按照规定执行当地企业职工基本养老保险制度”的政策。
2.政策分析。由于各地普遍采取了延缓过渡期的政策，到目前为止，过渡期后待遇差问题还没有表现出来。“身份补偿”的配套政策和目前这类人员数量不是很多，预计将来过渡期后员工在退休待遇问题上的矛盾不会突出。但对部分地区没有采用“身份补偿”办法，会存在退休金待遇的差异。但矛盾是局部性的。