石河子大学的前身为1949年中国人民解放军解放新疆的进军途中创办的中国人民解放军第一兵团卫生学校，1978年更名为石河子医学院。1958年兵团党委创办兵团农学院（1979年改名石河子农学院），1959年创办了兵团会计培训队（1987年发展为兵团经济专科学校），1960年创建了兵团师范专科学校（1983年成立兵团教育学院）。1996年，石河子医学院、石河子农学院、兵团经济专科学校和兵团师范专科学校合并组建石河子大学。
2000年入选国家西部大开发重点建设高校；2008年入选国家“211工程”重点建设高校；2017年入选国家“双一流”（一流学科）建设高校；2018年成为教育部与新疆生产建设兵团“部省合建”高校；2022年入选新一轮国家“双一流”建设高校。现有在校学生32262人，教职工2721人。
学校现有11大学科门类，设有100个本科专业，其中28个国家一流专业建设点、20个省级一流专业建设点。有国家一流建设学科1个、国家重点学科1个、部省合建学科群2个。电气工程及其自动化、计算机科学与技术、水利水电工程、应用化学、化学工程与工艺、农业水利工程6个专业。通过教育部工程教育认证。临床医学、农业科学、化学、植物与动物科学、工程学、材料科学、环境/生态学7个学科进入ESI全球前1%。
化学化工学院设有化学工程与工艺、应用化学、环境工程、材料科学与工程和化学（师范类）5个本科专业。化学工程与工艺专业入选教育部卓越工程师培养计划，通过国家工程教育专业认证。化学工程与工艺、应用化学、材料科学与工程、环境工程专业入选国家一流建设专业。从2010年开始与华东理工大学通过“1+2+1”模式联合培养本科生309人。
食品学院现有食品科学与工程、食品质量与安全、葡萄与葡萄酒工程3个本科专业。针对林果加工保鲜技术、特色动物性食品加工、农产品功能性组分化学与食品营养、民族特色益生菌与发酵，凝练形成四个特色鲜明的学科研究方向，建有8个研究中心。
医学院开设临床医学、护理学、预防医学、口腔医学、医学影像学、医学检验技术、康复治疗学和健康服务与管理8个本科专业，临床医学专业获批国家一流专业建设点。临床医学进入ESI前1%。教育部“卓越医生教育培养计划”——五年制试点单位。先后与北京大学医学部、华中科技大学同济医学院、浙江大学医学部等国内知名医科院校建立了校际交流合作关系，与美国约翰·霍普金斯大学分子医学实验室和阿拉巴马大学等高校建立了长期协作关系。
师范学院有教育学、学前教育、小学教育、应用心理学、教育技术学5个本科专业，2019年教育学被评为国家一流专业建设点，2022年应用心理学专业被评为省级一流专业。2022年学前教育专业通过普通高等学校师范类专业二级认证。
学校有省部共建国家重点实验室培育基地2个，教育部重点实验室2个，农业农村部重点实验室2个，教育部工程研究中心2个等。近五年来，学校主动承担国家、兵团重大科研任务，立项各级各类项目2306项，科研总经费近8.9亿元。
自2001年开始，北京大学长期坚持对口支援石河子大学。2010年，以北京大学为组长单位，华中科技大学、华东理工大学、华中农业大学为副组长单位，重庆大学、江南大学、对外经济贸易大学、南京师范大学、华南农业大学为成员单位的高校团队对口支援石河子大学。2018年，中国农业大学对口援建学校农业工程学科。
学校先后与浙江大学、西北农林科技大学、陕西师范大学等30余所国内高校签订了校际合作协议。与兵团第一师、三师等兵团、自治区30余家单位签订了校地合作协议；与新疆天业、新疆天富、天山铝业、新疆西部牧业等30余家企业建立了校企合作关系。
与美国、俄罗斯、新西兰、等国家70余所大学和科研机构开展了多层次、宽领域的交流合作，先后有34个国家1350余人来校留学。在哈萨克斯坦建立了孔子学院，在俄罗斯和哈萨克斯坦分别建立了一所汉语中心。
2023年在河南招生批次：
注：1.视觉传达设计和环境设计专业按设计学专业大类进行录取。