根据《国务院机构改革方案》新组建的自然资源部，是将原国土资源部的职责，国家发改委的组织编制主体功能区规划职责，住建部的城乡规划管理职责，水利部的水资源调查和确权登记管理职责，原农业部的草原资源调查和确权登记管理职责，原国家林业局的森林、湿地等资源调查和确权登记管理职责，原国家海洋局的职责，原国家测绘局的职责整合，组建自然资源部，作为国务院组成部门，自然资源部对外保留国家海洋局牌子。
不再保留国土资源部、海洋局、国家测绘地理信息局。
据公开信息的统计，由自然资源部（本级）、国家林业和草原局、中国地质调查局管理的局级单位（含机关内设司局、派出机构、直属单位）共200家。
机构设置（部本级）
国家林业和草原局（自然资源部管理的国家局）中国地质调查局（副部级事业单位）
内设机构（部本级27家）
办公厅综合司法规司自然资源调查监测司自然资源确权登记局自然资源所有者权益司自然资源开发利用司国土空间规划局国土空间用途管制司国土空间生态修复司耕地保护监督司地质勘查管理司矿业权管理司矿产资源保护监督司海洋战略规划与经济司海域海岛管理司海洋预警监测司国土测绘司地理信息管理司国家自然资源总督察办公室执法局科技发展司国际合作司(海洋权益司)财务与资金运用司人事司机关党委离退休干部局
派出机构（16家）
国家自然资源督察北京局国家自然资源督察沈阳局国家自然资源督察上海局国家自然资源督察南京局国家自然资源督察济南局国家自然资源督察广州局国家自然资源督察武汉局国家自然资源督察成都局国家自然资源督察西安局陕西测绘地理信息局黑龙江测绘地理信息局四川测绘地理信息局海南测绘地理信息局自然资源部北海局自然资源部东海局自然资源部南海局
直属单位（部本级50家）
机关服务局咨询研究中心信息中心国家海洋信息中心财务服务中心宣教中心评审中心人力中心宝石中心整治中心经研院规划院中国大地出版社（地质出版社）自然资源报社博物馆油气中心不动产登记中心中央地质勘查基金管理中心地图技术审查中心测绘发展研究中心中国测绘科学研究院国家基础地理信息中心国土卫星遥感应用中心职业技能鉴定指导中心国家测绘产品质量检验测试中心重庆测绘院三亚测绘技术开发服务培训中心北戴河休养院中国地图出版集团国家海洋局极地考察办公室中国大洋矿产资源研究开发协会办公室国家海洋技术中心国家海洋环境预报中心中国极地研究中心国家海洋标准计量中心国家海洋卫星应用中心海洋减灾中心海洋咨询中心国家深海基地管理中心海岛研究中心第一海洋研究所第二海洋研究所第三海洋研究所第四海洋研究所（中国-东盟国家海洋科技联合研发中心）天津海水淡化与综合利用研究所海洋发展战略研究所国家南极考察训练基地海洋出版社中国海洋报社城乡规划管理中心
国家林业和草原局
内设司局（局本级16家）
办公室生态保护修复司（全国绿化委员会办公室）森林资源管理司草原管理司湿地管理司（中华人民共和国国际湿地公约履约办公室）荒漠化防治司野生动植物保护司（中华人民共和国濒危物种进出口管理办公室）自然保护地管理司林业和草原改革发展司国有林场和种苗管理司森林公安局规划财务司国际合作司（港澳台办公室）人事司机关党委离退休干部局
直属单位（局本级55家）
国家林业和草原局西北华北东北防护林建设局国家林业和草原局林业工作站管理总站国家林业和草原局科技发展中心（国家林业和草原局植物新品种保护办公室）国家林业和草原局退耕还林（草）工程管理中心国家林业和草原局天然林保护工程管理中心国家林业和草原局世界银行贷款项目管理中心国家林业和草原局森林和草原病虫害防治总站国家林业和草原局林业和草原基金管理总站国家林业和草原局对外合作项目中心国家林业和草原局亚太森林网络管理中心四川卧龙国家级自然保护区管理局甘肃白水江国家级自然保护区管理局陕西佛坪国家级自然保护区管理局国家林业和草原局宣传中心国家林业和草原局信息中心国家林业和草原局经济发展研究中心国际竹藤中心国际竹藤中心安徽太平试验中心中国大熊猫保护研究中心中国林业科学研究院院部
中国地质调查局
机关部门（局本级11家）
办公室总工程师室财务部基础调查部资源评价部水文地质环境地质部科技外事部装备部人事教育部监察审计室直属机关党委
直属单位（局本级27家）
地科院发展研究中心天津地调中心沈阳地调中心南京地调中心武汉地调中心成都地调中心西安地调中心广州海洋局青岛海洋所航空物探遥感中心物化探所油气调查中心地质所资源所地质力学所环境监测院水环中心水环所岩溶所实物资料中心地学文献中心矿业报社实验测试中心勘探技术所探矿工程所探矿工艺所郑州综合利用所成都综合利用所