3款简单实用的在线PCR引物设计软件

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2023.09.09

NCBI的Primer-Blast；Primer3Plus；

PrimerBank；

一、NCBI的Primer-Blast

这个在线软件整合了经典的引物设计软件Primer3，整合了NCBI的Blast功能进行引物特异性的验证。

Primer-Blast的功能区包括4个部分：PCRTemplate；PrimerParameters；Exon/intronSelection；

Specificitycheck；

1.引物设计，输入要设计的序列信息，可以是FASTA格式序列，也可以是Accessionnumber/Ginumber。

2.对现有引物验证

3.Intron/exon：如果设计的引物涉及到内含子和外显子的连接处，可再这个位置选择Primermustspananexon-exonjunction。匹配外显子碱基数和内含子长度等选默认即可。

4.特异性选择（Specificitycheck），这里是设置设计引物或验证引物时的参考目标数据库和物种，这个需要着重选一下，因为对结果影响比较大；

◆这里选项总共有7种数据库：RefSeqmRNA，Genome(referenceassembliesfromselectedorganisms)，RefSeqrepresentativegenomes，RefSeqRNA(refseq_rna)，nr(thestandardnon-redundantdatabase)，Genome(chromosomesfromallorganisms)和custom。

◆其中RefSeqmRNA与Genome数据库是专业注释的数据，从某种意义上来说更精准。

◆特别是，当你用NCBI的参考序列作为模板和参考序列数据库作为标准来设计引物时，Primer-BLAST可以设计出只扩增某一特定剪接变异体基因的特异引物。5.设计好引物后，还是建议用常规的引物设计软件，比如oligo6、primer5等来验证一下引物的特性，例如引物序列包含的引物自身二聚体、发夹结构、△G的绝对值、错配和引物间二聚体。

选择引物的原则是：列表中大部分是目的基因，说明引物特异性高；如果出现很多物种，说明该基因在不同物种中保守。

打开主页，选择搜索类型，总共有6个选项：GenBankaccession、NCBIproteinaccession、NCBIgeneID、primerbankID、NCBIgenesymbol以及keyword，可以根据已有信息进行选择。这里以小鼠的beta-actin基因为例。

THE END

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1.做转录调控,少不了这几个工具网站灯塔索引(dotaindex):整合了全部转录调控相关的网站,可以搜转录因子,可以搜结合位点。同时还包含泛素化修饰,rna调控等多个网站,方便快捷。 TRRUST:转录因子调控网络专用数据库:这是一个专注于人类和小鼠转录因子及其靶基因的可信关系数据库。它提供了丰富的数据资源,有助于转录调控相关的研究。 https://www.jianshu.com/p/d860485142b8
2.本研究用到的引物Pik1 H4-nLUC-F ggacgagctcggtacccATGGAGGCGGCTGCCATG Pik1 H4-nLUC-R gtacgagatctggtcgacGCTAGTAGTTTCTGTTTGAATTTCAAT BD-Pik1 H4-F gaggaggacctgcatATGATGGAGGCGGCTGCCATG BD-Pik1 H4-R gcaggtcgacggatccctaGCTAGTAGTTTCTGTTTGAATTTCAAT 本研究用到的引物 相关https://journal.scau.edu.cn/cn/supplement/4e442f5b-8a8d-4efc-a877-f6f7ed1ff352
3.中国科学院动物研究所IOZ FRIDAY SEMINAR 第四十九期:ProDESIGN-LE与CarbonDesign:AI辅助的蛋白质设计、基于深度学习等新视角探究分子序列适应性演化发布时间:2024-12-10 | 来源:科研与战略规划处 | 【打印】【关闭】最新文章 2024-11-30IOZ FRIDAY SEMINAR 第四十八期:皮层发育与社交行为机制解析 2024-11-22IOZ FRIDAY SEMINAR 第http://www.ioz.ac.cn/gb2018/xwdt/jlyg/202412/t20241210_7453456.html
4.助力生物医药研发智能化变革!浦东企业发布基因组尺度大模型平台发布会上,衍因科技创始人陈泽平展示了蛋白质3D结构、自动引物设计等多种应用场景。据悉,在利用该平台技术应用的自动引物设计场景方面,衍因科技将携手合作伙伴共同推出基因编辑CRISPR实验设计智能体。 “我们希望通过AI大模型算法,专注于CRISPR-Cas系统设计、蛋白质功能预测、基因组建模以及利用小样本强化学习提升研究效率。https://www.jfdaily.com/sgh/detail?id=1478293
5.ThermoFisherScientificThermo Fisher Scientific enables our customers to make the world healthier, cleaner and safer. Delivering technology, pharmaceutical and biotechnology services.https://www.thermofisher.com/tw/en/home.html
6.在线引物设计站点Very popular primer design tool for designing primers for PCR, hybridization. Added: Sat Jul 20 2002 Reviews:0 Primerfinder(Univ. of Texas-SW Med. Ctr) Easy to use, free, online primer design program Added: Sat Jul 20 2002 Reviews:0 https://www.antpedia.com/news/08/n-2320408.html
7.一款超好用的在线引物设计软件在这里我向大家隆重推荐一个在线的引物设计软件,是斯坦福大学的,我认为是最好的在线引物设计软件,我用它设计接近 100 多对引物。它用起来也很简单,最重要的是效果非常好,考虑的因素也非常的多。 具体操作如下: 首先输入你想要 p 的片断,含有数字也无所谓,选择 pcr 选项。 https://www.biomart.cn/experiment/793/2712890.htm
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9.已知一个SNP位点,怎么设计引物?用在线的引物设计.答案解析 查看更多优质解析 解答一 举报 比如说用primer3,你就把找到的包括这个SNP的一段序列copy进去,在你的snp周围用方括号包括一段序列,然后让primer3设计就可以了 解析看不懂?免费查看同类题视频解析查看解答 相似问题 带酶切位点的引物设计问题 引物设计时如何添加酶切位点 引物的设计原则 特别推荐 热点考https://www.zybang.com/question/ae6b4232ab5d23e5027ad54a40f78aff.html
10.PrimerPremier引物设计PCR引物设计生物在线LabonPrimer Premier4.0是由加拿大的Premier公司开发的专业用于PCR或测序引物以及杂交探针的设计,评估的软件,和Plasmid Premier2.02一起是该公司推出的最新的软件产品。其主要界面同样也是分为序列编辑窗口(Genetank),引物设计窗口(Primer Design),酶切分析窗口(Restriction Sites)和纹基分析窗口(Motif)。这里我们主要介绍其引物https://www.bioon.com.cn/doc/showarticle.asp?newsid=3725
11.RiboBio引物在线设计工具锐博生物如果您需要使用RiboBio引物在线设计工具,请先登录… 4秒后自动跳转到登录页面 如果没有自动跳转,请点击这里 产品与服务条款|隐私政策|售后服务中心 Select Language:https://www.ribobio.com/primer-design-tools/
12.在线功能富集分析与qPCR引物设计腾讯云开发者社区之前写的RNA-seq数据差异表达分析一文中提到,筛选得到差异表达基因list后,需要进一步分析这些基因参与了哪些功能,因此要进行后续的一些分析,比如功能富集分析、聚类分析和基因共表达网络分析。这次主要介绍在线功能富集分析与qPCR引物设计。其中在线功能富集分析可利用本人所在课题组开发的agriGO和PlantGSEA在线分析工具,分别进行https://cloud.tencent.com/developer/article/1613419
13.3款简单实用的在线PCR引物设计软件这个工具整合了目前流行的 Primer3 软件,且加上 NCBI 的 Blast 进行引物特异性的验证;可以针对某一特定剪接变异体基因来设计引物。 网址:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/或者直接从 Blast 主页(http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/)上找到。 https://blog.csdn.net/zea408497299/article/details/125234963
14.PrimerX:设计定点突变引物的在线工具PublicLibraryofPrimerX 是一款在线工具,用来设计突变PCR引物。PrimerX能够基于两种不同序列数据设计突变引物,一种可以输入突变的DNA序列,另一种是模板DNA编码的蛋白序列,另外还能够鉴定你设计的突变引物。 进入后可以点击以下三个选项进行操作: Click on one of the tasks below to get started: https://www.plob.org/article/2148.html
15.PrimerPremier6下载引物设计工具PrimerPremier6v6.24Mac官方最软件官网:官方网址 更新时间:2024-07-31 网友评分: 360通过腾讯通过金山通过 79.1MB 详情介绍 Primer Premier是一款全面的PCR引物设计软件,新版本带来全新改进的搜索算法、自动序列检索、自动同源性和模板结构规避、评估预先设计的引物、手动引物搜索、编辑模板序列、序列视图、生成报告、本地和桌面 BLAST 选项、计算器以https://www.jb51.net/softs/913786.html
16.如何成为一个qPCR引物设计高手qPCR(Quantitative real-time PCR)实验中,模板质量、引物设计、qPCR反应体系、程序设置,均是影响实验成功的重要因素。其中,qPCR的引物设计尤为重要,决定了qPCR扩增效率和扩增产物的特异性,引物设计都有哪些原则和要点,一起来了解一下吧! qPCR引物设计原则 https://www.chem17.com/tech_news/detail/3267068.html
17.推荐一种快速设计qRTPCR引物的方法今天就给大家推荐一款在线引物设计神器:Primer-BLAST。 它是NCBI的一个在线工具,网址是:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/ 下面就以比较著名的“SWEET”基因为例,看下如何设计qPCR的引物吧。 cDNA序列的获取 打开NCBI的首页,数据库选择gene,输入基因的名称(Gene symbol)SWEET1,如下图,然后点击Sehttps://www.genedenovo.com/news/574.html
18.一个月超3万个GPTs!深扒全球Top50GPTs,谁是民间GPT王者?9、可画(Canva):凭AI设计冲进ChatGPT包围 可画GPT由在线设计协作平台Canva提供,支持用户轻松地设计演示文稿、徽标、社交媒体帖子等。可画GPT是唯一一个冲进前十的非官方GPT助手,日调用量达到了275302。 GPT地址:https://chat.openai.com/g/g-alKfVrz9K http://www.bianews.com/news/details?id=173450
19.50款常用软件,做科研的你,会几种?(生物医学专业)科研软件小站现阶段版本的LaserGene包括EditSeq、 MapDraw、SeqMan、GeneQuest、PrimerSelect、Megalign、Protean应用程序,具有序列的编辑、转换、开放阅读框的查找、引物设计、酶切作图、序列比较等功能,其功能几乎囊括了分子生物学领域大多数内容。 2.modfitLT-BD周期分析软件https://www.sciencesoft.cn/?p=1203
20.一种单碱基突变方法及采用的系统与流程654突变点的上下游序列,在primer3 plus在线引物设计工具网站(http://www.primer3plus.com/cgi ? bin/dev/primer3plus.cgi)设计引物,扩增目标突变点的上下游片段,pcr产物送上海生工生物技术公司进行sanger测序,明确ivs ? ii ? 654突变特征为c https://www.xjishu.com/zhuanli/27/202110782625.html
21.Primer3InputSelect theTaskfor primer selectiongenericpick_sequencing_primerspick_primer_listcheck_primers Pastesource sequencebelow (5'->3', string of ACGTNacgtn -- other letters treated as N -- numbers and blanks ignored). FASTA format ok. Please N-out undesirable sequence (vector, ALUs, LINEs, etc.)https://primer3.ut.ee/
22.dnastar引物设计PCRRTPCR实时PCR行业动态新闻中心?PCR引物设计大多通过计算机软件完成。 您可以直接将模板序列提交到特定网页以获得设计的引物,也可以在本地计算机上运行专业的引物设计软件。 引物设计需要一定的经验,不能仅仅依靠软件。 ?常用软件 .0(自动搜索)* (底漆评估) NTI套装 欧米茄 (在线服务) https://www.yoousoft.com/industry/920.html
23.OligoPerfect引物设计工具ThermoFisherScientific基于Primer3 的 OligoPerfect 允许您输入单个或多个(多达 50 个)序列,并设计针对您的反应条件优化的引物。从您的计算机或云帐户粘贴或加载 FASTA 格式的序列,选择所需的参数,然后从可用引物列表中选择。然后,可在将引物添加至购物车之前添加修饰并选择纯化方法、包装形式和其他选项。 https://www.thermofisher.cn/cn/zh/home/life-science/oligonucleotides-primers-probes-genes/custom-dna-oligos/oligo-design-tools/oligoperfect.html