UniversalProbeLibrary在线引物设计3步带你搞定qPCR引物设计(物种齐全)

UniversalProbeLibrary在线引物设计--3步带你搞定qPCR引物设计(物种齐全)

mRNA引物设计最全攻略,教你快速学会各类高端引物设计方法、在线引物设计及各引物设计软件使用安装破解及使用教程等。

已讲解内容:

用NCBI查找已公布的引物序列,3秒钟就能带你完美找到~

最实用的NCBI在线引物设计窍门,包你学会!

本期内容:

1、ID查询

这里我们以“humanp53”为例,进行引物设计。点击进入PubMed

进入PubMed网页后,首先我们可以在搜索栏中选择核苷酸,再输入基因+物种+mRNA,最后点击搜索开始检索。

然后会出现上图所示的界面,这时候我们可以单击选择mRNA选项。如下图所示,此条目为我们所寻找的p53humanmRNA。

2、设计RT-qPCR三步走

进入网址:

进入首页后,我们单击选择“AssayDesignCenter”选项。

设计RT-qPCR分为以下3步:

第一步:点击下拉框选择物种,目前这个网站支持human以及多种模式生物。

第二步:输入基因名、基因号或基因序列;如:输入p53的序列ID:AB082923.1。

然后点击选择是否需要跨越内含子设计。

第三步:点击“设计引物”键即可。

3、选择转录本

这里我们以搜索“GAPDH”为例。

如下图所示,如果输入的是基因名,则会出现了若干个转录本,选择你需要的转录本,然后点击勾选。然后点击页面最右下角的“设计引物”键。

4、跨内含子区域计算

有的时候软件计算发现没有好的跨内含子区域的引物,这时它会询问你是否继续,点击“here”继续即可。

THE END
1.在线设计qPCR引物网站(最后更新日期:2022.5.26)IDT在线设计qPCR引物网址:https://sg.idtdna.com/scitools/Applications/RealTimePCR/Default.aspx IDT站点:https://sg.idtdna.com/pages 该网站可以选择国家与语言为中国、中文。 本人未测试该功能,偶然看到,做个分享。该网站还有其它工具,可以自行查看。 https://www.jianshu.com/p/a2c1add4d101
2.在线功能富集分析与qPCR引物设计腾讯云开发者社区之前写的RNA-seq数据差异表达分析一文中提到,筛选得到差异表达基因list后,需要进一步分析这些基因参与了哪些功能,因此要进行后续的一些分析,比如功能富集分析、聚类分析和基因共表达网络分析。这次主要介绍在线功能富集分析与qPCR引物设计。其中在线功能富集分析可利用本人所在课题组开发的agriGO和PlantGSEA在线分析工具,分别进行https://cloud.tencent.com/developer/article/1613419
3.涨知识qPCR专场一:如何做好扩增片段和引物设计?企业动态引物设计软件有很多,例如oligo7、Primer5、Clone Manager等,以及很多在线网站,例如Primerbank (https://pga.mgh.harvard.edu/primerbank/)、Primer3plus(http://www.primer3plus.com/cgi-bin/dev/primer3plus.cgi) 、NCBI 的Primer BLAST等。在手头没有安装合适的软件的时候,我们可以选择在线网站设计引物。 https://m.biomart.cn/news/16/3191362.htm
4.Primer3InputSelect theTaskfor primer selectiongenericpick_sequencing_primerspick_primer_listcheck_primers Pastesource sequencebelow (5'->3', string of ACGTNacgtn -- other letters treated as N -- numbers and blanks ignored). FASTA format ok. Please N-out undesirable sequence (vector, ALUs, LINEs, etc.)https://primer3.ut.ee/
5.科学网—引物和探针的设计原则及技巧同时需要注意,各种模板的引物设计难度不一,具体情况需要具体看待。有的模板本身GC含量偏高或偏低,导致找不到各种指标都十分合适的引物;在用作克隆目的的PCR因为产物序列相对固定,引物设计的选择自由度较低。在这种情况只能退而求其次,尽量去满足条件。 实时荧光定量qPCR引物设计 https://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=446272&do=blog&id=1414476
6.Primer3Pluspick primers from a DNA sequenceMoreSource Code HelpAbout Load server settings:DefaultqPCRCloning PrimersAnnealing TempSecondary StructuresProbeP3P v.2.4.2 DefP3W v0.4.0 DefP3 v1.1.4 Def Task:genericpick cloning primerspick discriminative primerspick sequencing primerspick primer listcheck primhttps://www.primer3plus.com/
7.3款简单实用的在线PCR引物设计软件文章浏览阅读1w次,点赞2次,收藏61次。本文介绍了3款在线PCR引物设计软件:NCBI的Primer-Blast,Primer3 Plus和PrimerBank。Primer-Blast整合了Primer3和Blast,能设计针对特定剪接变异体基因的引物。Primer3 Plus适合qPCR引物设计,提供多种参数调整。PrimerBank是哈佛大https://blog.csdn.net/zea408497299/article/details/125234963
8.9款常用引物设计软件&在线工具内含安装包引物设计的工具有很多,软件的最佳搭配是Oligo 6 和Primer Premier 5 ,以Primer Premier 5 进行自动搜索、Oligo 6 进行分析评价;在线的工具,首推Primer-BLAST以及primer 3。 还有一些其它的软件/在线工具,一并做个梳理,方便大家根据自己的需求选择引物设计的工具。 https://fcmacs.com/newsinfo/7458029.html
9.一键搞定引物设计?来瞧瞧Primer3Plus!和NCBI的Primer-Blast一样,Primer3 Plus也是一款在线设计qPCR引物的网站。 严格的qPCR引物设计一般要求其中一条引物要跨外显子,最好在3'端设计引物,产物的长度在300bp以内等。本在线软件可满足qPCR引物设计的要求。 网址链接:http://www.primer3plus.com/ https://www.tpbio.com.cn/article-item-21.html
10.MeRIPqPCR方法原理结果含义展示方法及应用细谈3.MeRIP-qPCR引物如何设计? 由于目的是定量位点的修饰水平,因此MeRIP-qPCR的引物不仅是针对目标基因,还要是针对其上的那个修饰位点(区域)。这个位点信息可以从: (1)MeRIP-seq的测序结果中筛选得来 通常是一段位置坐标,比如云序生物提供的MeRIP-seq结果,某个甲基化峰位置如:chr1:111234-111567。有了这个位置信息,可https://www.bio-equip.com/showarticle.asp?ID=453117433
11.Takara定量PCR课堂——从理论到实践,从入门到精通通常可以使用引物设计专用软件进行引物、探针的设计,如Primer Premier、Oligo 7等,也可以利用NCBI网站功能,无需下载软件也可进行设计,并可以进行特异性的比对。 如果想省去自己设计引物的繁杂操作,在Takara合成qPCR引物/探针,Takara可以免费提供引物/探针的设计服务。 2. 预实验确认引物性能 新设计合成的引物,首先必https://www.ebiotrade.com/ebiodesign/text/Takara/2022/1027/index-T370.html
12.推荐一种快速设计qRTPCR引物的方法今天就给大家推荐一款在线引物设计神器:Primer-BLAST。 它是NCBI的一个在线工具,网址是:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/ 下面就以比较著名的“SWEET”基因为例,看下如何设计qPCR的引物吧。 cDNA序列的获取 打开NCBI的首页,数据库选择gene,输入基因的名称(Gene symbol)SWEET1,如下图,然后点击Sehttps://www.genedenovo.com/news/574.html
13.技术使用NCBI设计qPCR引物生工生物【生工技术】使用NCBI设计qPCR引物 对于分子生物学的研究者来讲,NCBI是科研过程中的一大神器,我们不仅可以在其中查找基因组、基因、蛋白,还可以在其中进行文献查找、序列比对等操作,连设计引物的功能NCBI也给我们构建好了,名字叫做Primer designing tool或者Primer-BLAST。https://www.sangon.com/customerCenter/classOnline/class_NCBI-primer-design
14.在线协同设计在线设计协同设计在线协同工具是一种通过互联网实现多人协同参与的设计工作方式。它允许设计师、客户和团队成员在不同的地点和时间共同参与设计过程,实时交流和协作,提高工作效率和设计质量。 在线协同设计的优势包括: 1. 实时协作:不https://cloud.tencent.cn/developer/information/%E5%9C%A8%E7%BA%BF%E5%8D%8F%E5%90%8C%E8%AE%BE%E8%AE%A1
15.qpcr的引物设计与普通pcr引物设计的差异行业动态qPCR(定量聚合酶链反应)引物设计与普通PCR引物设计有一些差异。下面是一些主要的差异点: 目标选择:在普通PCR中,引物设计的目标https://www.genecreate.cn/industry_news/2968.html
16.qPCR引物篇02BioTNTqPCR引物设计基因查询?确定目标基因的形态:DNA or RNA ?查找目标基因 ?比对目标基因同源性和特点 ?选取目标基因序列 ?选取目标基因的目标区段 1、mRNA 序列的查询; 以查大鼠cort为例; 先登录美国国立生物信息库网站http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ 在Nucleotide中,搜索rat cort http://www.biotnt.com/news/news_165.html
17.锐博生物提供一站式RNA与DNA设计定制锐博生物我们提供行业领先的RNAi、CRISPR-Cas9、miRNA、特殊Oligo、阴性/阳性对照、FISH探针、ChIRP探针、qPCR引物等丰富的定制服务,均可通过如下途径在线定制下单。(人、小鼠、大鼠以外的物种或化学修饰,均为10nmol起订) *订单提交步骤:1.进入页面:填写物种、基因名或ID或转录本、纯化方式、修饰等 —— 2.加入购物车(可依https://www.ribobio.com/service-and-support/one-stop-rna-dna-custom-service/