开通VIP，畅享免费电子书等14项超值服
首页
好书
留言交流
下载APP
联系客服
2022.02.28
其他行业了解不多，在咱做水稻这块，无论正向还是反向都是离不开CRISPR/Cas9载体构建的。在做分子这块，大家都是构建载体的一把好手，但总会遇到些小问题，而这个网页所提供的方法可谓“一击必中”，从头到尾都安排得妥妥当当。
1）靶向序列准备或下载
从“seqDownload”下载基因序列（提供常见作物、模式动物及部分叶绿体和线粒体基因组作为参考），或从其他地方获取序列
2）靶位点设计
进入“targetDesign”设计靶序列
结果显示：
根据以下准则挑选最佳靶点（单或多）：
“targetDesign”对有连续4个或以上T碱基(可能成为转录终止信号)，较低(<30%)的GC含量，和靶序列与sgRNA序列有8碱基以上配对(产生RNA茎-环结构)的候选靶点判定为编辑效率可能较低的“坏”靶点而给出警示(！或！！)。
脱靶估值等于或大于0.7(或0.6)的靶点的脱靶突变的风险较高，尽可能不选用。一般选择GC含量45-70%，位置符合要求的靶点(正链和负链都可以)，勾选后点击“primerDesign”跳转至“primerDesign-V”，可生成构建表达盒的引物。（参考《植物CRISPR/Cas9多基因编辑载体构建和突变分析的操作方法》DOI:10.1360/N052018-00069）
3）引物设计
载体构建原理：
4）构建转基因材料…
不同材料有所不同
5）测序结果解析
获得T0代后进行测序，查看突变位点，或T1、T2进行纯杂合鉴定
举个例子：
若检测不到靶点的突变信息，可能脱靶，可进行脱靶预测（或在进行材料构建前进行“预防”）
完美！
最后，前几天超市打折，华南农的校友们，冲了吗？！
参考文献：XieX,MaX,ZhuQ,ZengD,LiG,LiuYG.CRISPR-GE:AConvenientSoftwareToolkitforCRISPR-BasedGenomeEditing.MolPlant.2017Sep12;10(9):1246-1249.doi:10.1016/j.molp.2017.06.004.Epub2017Jun15.PMID:28624544.