众所周知,qPCR从来就不是让人省心的实验。小心翼翼的提RNA,宝贝一样的呵护起来;兢兢业业的摸索最佳温度梯度,生怕引物探针一言不合就「罢工」;
好不容易跋山涉水来到最后一关,拿到了一大堆Cq值,可大神级的SPSS、R语言听起来就头大,更惶论轻松掌握了,不擅长统计分析的你是不是欲哭无泪?
终于,福音出现了——SATQPCR1
全称:shortforStatisticalAnalysisToolforQuantitativePCRData
它是免费的网页版工具,无需安装软件,简单易用;完全遵循MIQE指南设计2(扩增效率、内参基因的选择等);支持图片生成、t检验和方差分析(事后检验采用TukeyTest)。
闲话少说,直接上干货。
图文教程
按照下图所示导出Cq值到Excel或者txt,其中第二行为扩增效率,没有数值用NA表示。
2.进入SATQPCR网页,点击「SATQPCRTool」按钮即可到达数据上传页面。点击「选择文件」按钮将example数据文件上传。
3.如果要做ANOVA分析,则需要选择Yes选项,同时上传Factor文件。
4.数据上传成功后会自动识别重复的数量。
内参基因可以由用户自己指定(fixed)或者由程序根据算法3自动寻找最稳定表达的基因(calculated),数量可以选择2个或者3个。
同时可以选择以某一个样本(如col0h1)为control来建图,误差线可选择标准误SE或者标准差SD。点击Submit提交。
5.数据文件中包括表达量数据、柱状图和统计检验三部分,可以直接点击下载压缩的结果文件。
6.Normalize_Data文件中包含每个靶标基因的均一化表达量。
Gene_柱状图展示了不同的sample中特定靶标的表达量(以col0h1为control),Sample_柱状图展示了同一sample中不同靶标的表达量。
7.Sign.test文件展示了特定靶标在不同样本中表达量的t-test检验的p值矩阵,下图以Gene1为例,可以看到col0h1样本与其他样本均有极显著的统计学差异(p<0.01)。
8.summaryANOVA及summaryANOVA2分别展示了单因素和双因素的ANOVA检验结果。
该实验中我们需要参考双因素的检验结果,可以看到Treatment因素具有极显著的统计学差异(双星号表示,最后一行有标注说明),这样需要对Treatment因素进行TukeyTest。
9.tukeyTEST给出了不同基因的检验结果,包括差值(diff)、95%family-wise置信区间(lwr和upr)及p值。
是不是够easy?简化流程而又不出错是我们做数据分析的目标,这个网站都帮我们想到了。
参考文献:1.Rancurel,Corinne,etal."SATQPCR:Websiteforstatisticalanalysisofreal-timequantitativePCRdata."Molecularandcellularprobes46(2019):101418.2.Bustin,StephenA.,etal."TheMIQEguidelines:minimuminformationforpublicationofquantitativereal-timePCRexperiments."Clinicalchemistry55.4(2009):611-622.3.Vandesompele,Jo,etal."Accuratenormalizationofreal-timequantitativeRT-PCRdatabygeometricaveragingofmultipleinternalcontrolgenes."Genomebiology3.7(2002):research0034-1.