加计扣除与高新技术企业认定是企业所得税优惠中两个重要政策，高新技术认定与研发费用加计扣除新政中都有研发费用，二者虽然同是研发费用，却存在不同之处，而很多高新技术企业两种优惠政策均有涉及，为了帮助企业进行区分，本文主要归纳了八个不同科目方面的异同点：
1、人员人工费用
科目研发费用加计扣除政策高新技术企业认定政策
人员人工费用直接从事研发活动人员的工资薪金、基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费、工伤保险费、生育保险费和住房公积金，以及外聘研发人员的劳务费用。企业科技人员的工资薪金、基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费、工伤保险费、生育保险费和住房公积金，以及外聘科技人员的劳务费用。
主要区别：
（1）加计扣除中人员指的是“从事研发活动人员”，而高新技术企业认定中是“企业科技人员”，叫法不同，意味着范围不同。加计扣除中的研发人员包括企业直接从事研发活动人员包括研究人员、技术人员、辅助人员。高新认定中除了研发人员外，还包括专门从事上述活动的管理和提供直接技术服务的人员。且高新技术企业认定中取消了大学专科以上学历的科技人员占企业当年职工总数的30%以上比例要求。
（3）加计扣除中对外聘人员要求签订劳务协议，而高新认定中对兼职、临时聘用人员全年须在企业累计工作183天以上。
2、直接投入费用
直接投入费用（1）研发活动直接消耗的材料、燃料和动力费用。（2）用于中间试验和产品试制的模具、工艺装备开发及制造费，不构成固定资产的样品、样机及一般测试手段购置费，试制产品的检验费。（3）用于研发活动的仪器、设备的运行维护、调整、检验、维修等费用，以及通过经营租赁方式租入的用于研发活动的仪器、设备租赁费。（1）直接消耗的材料、燃料和动力费用；（2）用于中间试验和产品试制的模具、工艺装备开发及制造费，不构成固定资产的样品、样机及一般测试手段购置费，试制产品的检验费；（3）用于研究开发活动的仪器、设备的运行维护、调整、检验、检测、维修等费用，以及通过经营租赁方式租入的用于研发活动的固定资产租赁费。
（2）研发费用加计扣除中对通过经营租赁方式租入的用于研发活动的租赁费用仅限于仪器、设备；而高新认定中对经营租赁方式租入的凡是固定资产均可计入，包括房屋、建筑物等，范围上大于研发费用加计扣除。
3、折旧费用
折旧费用（1）折旧费用：用于研发活动的仪器、设备的折旧费。（1）折旧费用是指用于研究开发活动的仪器、设备和在用建筑物的折旧费。（2）长期待摊费用是指研发设施的改建、改装、装修和修理过程中发生的长期待摊费用。
（2）加计扣除政策对企业用于研发活动的仪器、设备，适用加速折旧优惠政策的，在享受研发费用税前加计扣除时，就已经进行会计处理计算的折旧、费用的部分加计扣除，但不得超过按税法规定计算的金额，此规定与国家税务总局2014年29号公告中关于折旧的处理原则相一致。而在高新认定中未予以明确，建议应按会计处理计算折旧费用。
（3）高新认定中允许用于研发活动的房屋、建筑物的折旧费及研发设施改扩建、装修、修理的费用摊销计入研发费用，而在加计扣除中则未被允许，此项对高新认定较为有利。
4、无形资产摊销费用
无形资产摊销费用用于研究开发活动的软件、知识产权、非技术（专有技术、许可证、设计和计算方法等）的摊销费用。用于研发活动的软件、权、非技术（包括许可证、专有技术、设计和计算方法等）的摊销费用。
5、设计费用
在加计扣除中，对创意设计活动进行了定义，指多媒体软件、动漫游戏软件开发，数字动漫、游戏设计制作；房屋建筑工程设计（绿色建筑评价标准为三星）、风景园林工程专项设计；工业设计、多媒体设计、动漫及衍生产品设计、模型设计等。
而高新认定中未进行定义，但建议可比照加计扣除执行。
6、装备调试费用与试验费用
装备调试费用与试验费用/装备调试费用是指工装准备过程中研究开发活动所发生的费用，包括研制特殊、专用的生产机器，改变生产和质量控制程序，或制定新方法及标准等活动所发生的费用。为大规模批量化和商业化生产所进行的常规性工装准备和工业工程发生的费用不能计入归集范围。试验费用包括新药研制的临床试验费、勘探开发技术的现场试验费、田间试验费等
（1）高新认定中允许将装备调试费用计入研发费用，而加计扣除中不允许计入。
（2）试验费用采用正列举形式，高新认定中较研发费用加计扣除多一项“田间试验费”。
7、其他费用
相比旧政策，两者列举的其他费用范围都比原来有了大幅度增加，虽然范围增加了，但是也设置了限制，加计扣除中新设了10%的高限制，高新技术企业认定中则将原先的10%限额，提高到20%。
8、委托外部研发费用
科目研发费用加计扣除政策
委托外部研发企业委托外部机构或个人进行研发活动所发生的费用，按照费用实际发生额的80%
委托外部研发费用扣除均设定了80%的扣除限额，主要区别在于加计扣除政策中对企业委托境外机构或个人进行研发活动所发生的费用，不得加计扣除。而高新技术企业认定中委托境内外其他机构或个人进行研究开发活动所发生的费用可按规定扣除，但要求在中国境内发生的研究开发费用总额占全部研究开发费用总额的比例不低于60%。