制度、体制、机制三个概念在学术研究领域和社会实践应用中都存在概念混淆的问题，因此，厘清这三个概念的内涵与外延，辨析三者的区别与联系，是学术研究、制度制定、体制改变和机制良好运行的基础。
本文将从概念本身和概念的应用两方面展开分析：首先，从概念本身入手，分析制度、体制、机制三者的概念起源、概念内涵、概念外延及关系。然后，从具体的学科入手辨析三者的区别和联系。仅从概念本身进行辨析往往存在笼统和抽象的缺陷，因为，制度、体制、机制三个概念，只有与政治、经济、文化等具体领域结合才有生命力，例如：政治制度、经济制度、社会制度;政治体制、经济体制、管理体制;市场机制，竞争机制、管理运行机制。因此，本文将从政治学角度，来辨析三者的区别和联系。
一、制度、体制、机制三者的概念
解析“制度”一词由来已久，《辞源》上记载：《易·节》中就有“节以制度，不伤财，不害民。”《书·周官》：“考制度于四岳。”元王实甫《西厢记》三本四折中记“红云：用着几般儿生药，各有制度，我说与你。”又：“末云：桂花性温，当归活血，怎生制度？”。
制度最初有两层含义：
一则，法令礼俗的总称。
二则，指规定、用法。
《现代汉语词典》第五版（中国社会科学院语言研究所词典编辑室编，商务印书馆，2005）中，对制度、体制、机制作出了比较全面的界定：“制度”一是要求大家共同遵守的办事规程或行动准则：工作制度、财政制度。二是在一定历史条件下形成的政治、经济、文化等方面的体系：社会主义制度、封建宗法制度。
现代汉语对于制度这两个层次的界定存在一定的差别，作者尚且把前者称为“狭义制度”，它是指用于具体国家机构、企事业单位、组织行业的具体规章制度;后者称为“广义制度”，这个制度是宏观的，在一定社会历史条件下形成的稳定的、系统的、规范的社会体系。本文着重从广义层面进行分析。
“体制”
一是指国家、国家机关、企业、事业单位等的组织制度：经济体制、政治体制、教育体制、改革体制。
二是指文体的格局;体裁：五言诗的体制，在汉末就形成了。本文所指的是第一个含义。
“机制”一词的意思很广。
①机器的构造和工作原理，如计算机的机制。
②机体的构造、功能和相互关系，如动脉硬化的机制。
③指某些自然现象的物理、化学、规律。如优选法中优化对象的机制。
④泛指一个工作系统的组织活部分之间相互作用的过程和方式：市场机制、竞争机制。
而在制度、体制、机制的比较中，“机制”所指的是最后一个含义。
二、制度、体制、机制的关系
在一定社会历史形态里比较三者的关系，我们会发现制度、体制、机制处于社会形态中的三个不同层面，在这一点上，作者很赞同中共中央党校赵理文教授的观点：
制度位于社会体系的宏观层面和基础层面，侧重于社会的结构;
体制位于社会体系的中观层面，侧重于社会的形式;
机制位于社会体系的微观层面，侧重于社会的运行。
这是在广义上区分三者，例如，
以马克思主义为理论依据的社会主义制度，是我国的根本社会制度，它是宏观层面的基本政治制度。
社会主义公有制亦属于制度范畴，这一制度是特定历史条件下，社会形态发展的产物，具有相对的稳定性、系统性;
以公有制为主体、多种所有制并存的社会主义市场经济体制，是这一根本制度的外在表现形式;
而市场如何正常、有益地发展，促进良性循环的运行模式则是微观层面的机制问题。
要想确保社会和谐发展，必须有制度的基础保证、体制的合理展现、机制的灵活运转，三者缺一不可互为补充。
制度、体制、机制同处于制度体系之中，体制和机制都以制度为基础，同时，机制和体制的建立健全又会促进制度的完善和发展。
制度是内容，它规定了大到社会国家的制度体系，小至企事业单位和各级组织的办事规程和行动准则;
体制是制度的外在表现形式，是具体的组织制度、组织模式和组织形式;
机制则是制度和体制在具体执行过程中，如何运行，如何组织，如何构建的行动模式。
机制，与制度和体制相比更容易区分，它是一个动态的概念，机制既体现并且包含于制度和体制之中，同时，制度和体制又必须在一定的机制下得以运行。一方面，机制要受制于制度和体制，它不能脱离制度的内容约束，又不能在制度体制之外运行，制度和体制对机制具有一定的约束力。例如：市场竞争机制必须在社会主义经济体制，和社会主义经济制度下运行的，如果脱离了正确的社会主义市场经济制度和体制的制约，就可能导致非法竞争。另一方面，机制的合理运行对制度和体制起到完善和补充的作用。机制是制度和体制中各种因素互相制约、互相交往和联系的制度保证，只有在一个机制健全、运行顺畅的条件下，才能保证制度和体制实现。机制本身具有灵活性和前瞻性的特点，机制在运行过程中，容易提前预知变化，因此，机制有利于制度和体制的改革和完善。对制度、体制、机制进行比较之后，我们通过具体的政治制度、政治体制、政治运行机制之间的比较，来进一步说明三者的关系。
三、政治制度、政治体制、政治运行机制的辨析
学术界对于政治制度、政治体制和政治运行机制的关系的界定普遍存在三种观点。
第一种观点认为，政治体制等同于政治制度，例如，1982年上海辞书出版社出版的《简明社会科学词典》中写道“政治制度，亦称政治体制，通常是指有关政体的制度。”1984年人民出版社出版的《政治学常见名词浅释》中写到“政治制度亦称政治体制，即政体。”
第二种观点认为，政治体制是具体的政治制度。政治制度包括广义和狭义两层含义，广义的政治制度是指在一定社会形态中形成的人们共同遵守的行为规范，而狭义的、具体的政治制度即为政治体制，是指具体的政治设制，包括机构和人士设置，决策程序和机制，各个权力机构之间的职权划分和关系等。政治体制属于政治制度，政治机制某种程度上隶属于政治体制。
第三种观点认为，政治制度是政治体制和政治运行机制的制度基础;政治体制是政治制度的外在表现形式，反映政治制度的内容;政治运行机制在政治体制和政治制度的指导下，调配、联系、影响政治制度和体制之间的各项要素合理运行与整合。