孔德对神学和形而上学进行了激烈的批判，批判形而上学夸大了思辨的能力，而忽视了观察和分析的作用，并通过纯粹理性的推理探求万物的本原和世界本质，这种思想方式还保留着神学体系的基本原则，希望把万物归于某种简单的解释，这种思想和一神教并没有本质的区别。
那什么才是认识世界的根本方法呢？孔德提出了人类认知的第三个阶段：实证主义。实证哲学是对西方传统形而上学的终结，尤其是对西方自古希腊到中世纪以来的形而上学的终结。孔德指出，实证哲学并不是刚刚形成的趋势，它是在两股力量的推动下的必然趋势，一是来自开普勒和伽利略的科学推动，一是来自培根和笛卡尔的哲学推动。
孔德说，人类的能力是有限的，我们根本无法认识一切真实存在的可能性，甚至我们都没办法掌握真实存在的主要部分。就像一个人失去了一个重要的器官就根本感觉不到一类自然现象一样，我们也有理由相信，人类的感知能力是有限的，即便我们设想主要动物的各种不同感官都集中到人类身上，我们就可以全面探索外部世界，但这种设想并没根据，甚至是滑稽可笑的。
就像后来分析哲学家维特根斯坦说的，世界是怎么样的，我们可以说清的，但世界为什么存在我们无法得知。我们可以研究光的各种性质和作用，但是我们永远都无法回答一个问题，那就是：光为什么存在。
因此维特根斯坦提出了：对于无法言说之事，我们应该保持沉默。
孔德提出，我们应该把注意力转移到能够实证的方向，用科学的精神和科学的方法充分估量每一个具体对象的真正结构，而不是用纯粹理论，去表达一直探索的外部世界。我们应该培养实证精神，不仅仅是观察，同时还要加上合理的预测，以求不断发现现象之间的必然联系，找到它们的规律。真正的实证精神，不是为了观察而观察，而主要在于为了预测而观察，并根据自然规律不变的普遍信条，研究现状以便推断未来。这是实证哲学的基本原则。
为什么自然规律不变是普遍信条呢？在孔德的年代，西方自然科学获得了蓬勃的发展，尤其是物理学和天文学获得了巨大的进步，比如开普勒和伽利略推动了天文学的发展，牛顿也提出了经典力学理论，甚至彻底改变了人们的世界观。机械论、决定论思想影响了当时一大批科学家和哲学家。
决定论认为，自然界和人类社会普遍存在客观规律和因果联系。机械论又称机械唯物主义，是一种唯物主义理论，是在总结自然科学成就的基础上，丰富和发展了唯物主义。机械论指出，世界就像机械钟表一样精确地运行着，世界存在着客观的、普遍的规律。受这些思想的影响，人们普遍信奉，自然规律是客观存在的，所以，孔德说“自然规律不变性原则”这是一种普遍的信条。
孔德指出，实证哲学的目的是发现自然规律，并把规律应用于社会生活，满足我们自身的需求。知识中有各种不同的事实，但却不包含规律，只有事实的堆砌，不足以指导我们的行动。所以，实证哲学的目的是让知识服务于人的需求，能对人的行动带来实际的指导性作用。在思辨生活与实际生活之间直接建立全面协调关系。
马克思说的：哲学家只是用不同的方式解释了世界，但问题在于改变世界。
同时，孔德还指出，在初级的实证哲学阶段，我们不应该追求某种统一的规律，而应该从具体的对象入手，发现其客观规律，进而一步步看清自然世界的全貌，最后，孔德说：“实证”这个词有四个内涵。
第一，实证是指真实，与虚幻相反，实证哲学注重研究我们的智慧真正能及的事物，而不是虚幻神秘的事物。
第二，实证是指有用，与无用相反，一切健全的思辨的必然使命，都是为了改善我们个体和集体的现实状况，而不仅仅是满足好奇心。
第三，实证是指肯定，与犹豫相反，实证哲学是建立合乎逻辑的和谐，在整个群体中达成精神的一致，而不会引起无穷的疑惑和无尽的争论。
第四，实证是指精确，与模糊相反，精确的含义是真正哲学精神的恒久倾向，也就是要获得与现象的性质相协调，并符合我们真正的需求的精确度。
最后，孔德还指出，实证哲学的另外一个目的，那就是致力于“组织”而不是“破坏”。
关于这一点，其实正在马克思和孔德的观点分歧，在实证的研究方法上，其实马克思和孔德是一致的，他们都倡导实证的研究方法，但在“实证”的目的上，他们却完全不同。
马克思认为，实证的目的是“建设”还是“破坏”，存在本质不同，孔德的实证哲学对打破现有社会秩序持消极态度，并力图维持当时资本主义社会现状，这遭到了马克思的激烈批判。
马克思曾说，孔德在政治方面是帝国制度的代言人；在政治经济学方面是资本家统治的代言人；在人类活动的所有范围内，甚至在科学范围内是等级制度的代言人。但不管怎么样，马克思的思想其实是受到了孔德实证思想的影响，只是他们在“实证”的最终目的上产生了分歧。