原创基于免费QSAR软件的基因毒性杂质评估

2)根据ICH-M7章节6中的描述:“危害性评估首先通过对数据库和文献的检索获得的杂质致癌性和细菌致突变数据对实际和潜在杂质进行初步分析,根据表1将其归为1类,2类或5类。如果无法获得这样的分类数据,则应进行预测细菌致突变性的构-效关系(SAR)评估。根据评估结果将杂质归为3类、4类或5类。”

在FDA2021年3月进行了DMF培训中,DrugMasterFileandDrugSubstanceWorkshop–FDACDERSBIAEvents

在day2:ICHM7(R1)–ChemistryandManufacturingControl(CMC)PerspectiveonHazardAssessment–BarbaraO.Scott中明确指出:通过目视判断化合物警示结构分类是不符合ICH-M7规定的。

3)在近期的各国监管评审过程中,已收到多次缺陷,需要对所有使用的物料和杂质进行致突变性评估,即使它没有警示结果或者推测肯定是无致突性的。

Deficiency-1:QSARorgenotoxicityinformationforallmatters

Deficiency-2:Providethegenotoxicitydata(experimentaldataor(Q)SARreport)ofallthereagents,startingmaterials,intermediatesandrelatedsubstancesinvolvedinthemanufacturingofAPI(MFDS)

1)采用毒性数据库,对常见的商业化物料进行毒性数据检索,重点进行基因毒性检索及致癌性数据检索。上述检索可通过常用的一些免费数据库来进行,也可通过免费的QSARTOOLBOX软件来进行。

最常用的3个网站如下:

LhasaCarcinogenicityDatabase:可查询物质的致癌性数据及TD50值,查询后需对结果进行判断,判断数据是否充分且符合ICHS1的要求。

ECHAdatabase:可在该物质的toxicologicalinformation中查看Genetictoxicity和Carcinogenicity

QSARToolbox的数据查询功能

a.选用简易用户模式,进入结果,点击Define输入目标化合物

b.点击Specificdata,勾选Humanhealthhazards,然后点击Collectdata

2)采用FDA认可的免费QSAR评估软件进行评估。FDA认可的QSAR软件如下:

统计学规则:CAESAR/VEGA

专家规则:Toxtree,OECDToolbox,

对于免费QSAR软件评估接受性的担忧,可参考FDA2021年3月进行了DMF培训中说明:

CDER已经对这些免费的QSAR有了前期的知识储备,因此可以不用再递交经过验证的QMRF,可直接进行结果说明即可。

DrugMasterFileandDrugSubstanceWorkshop–FDACDERSBIAEvents

Applicationof(Q)SARandExpertKnowledgeforICHM7ImpurityClassification–NaomiL.Kruhlak

免费QSAR软件具体使用方法:

根据ICH-M7章节6中的描述:“计算机毒理学应采用(定量)构-效关系((Q)SAR)方法学进行毒性评估,目的是预测细菌致突变试验(参考文献6)的结果。应采用两种互补的(Q)SAR预测方法。一种方法应基于专家知识规则,另一种方法应基于统计学。(Q)SAR模型采用的这些预测方法学应遵循经济合作与发展组织(OECD)制订的一般的验证原则。如果经两种互补的(Q)SAR方法(专家知识规则和统计学)预测均没有警示结构,则足以得出该杂质没有致突变性担忧的结论,不建议做进一步的检测(归为表1中的5类)。”

因此我们需要采用不同原理的两种QSAR软件来对杂质进行评估,具体的策略如下:

-----采用Toxtree或QSARToolbox进行专家规则的评估

-----采用VEGA进行统计学规则的评估

-----若两个评估结果都为阴性,可直接判断为5类杂质;

如其中一个为阳性,建议对该杂质采用商业化评估软件(如CASEUltra,derek&sarah,leadscope)进行评估,以商业化评估软件出具的结果为准。

3.1Toxtree的使用方法

软件最新版本:Toxtree3.1.0

决策树选择:点击最上栏中的method,点击selectadecisiontree,选择:Invitromutagenicity(Amestest)alertsbyISS,然后点下方确定按键。

化合物键入:在Chemdraw中将化合物的结构转化为SMILES,复制后输入搜索框,核对左下角的结构是否与目标结构一致,然后点击Estimate运行。

观察左边窗口的结果及中间的色条显示,若结论为:NoalertsforS.typhimuriummutagenicity,则表示为阴性。

3.2VEGA的使用方法

软件最新版本:

化合物键入:在Chemdraw中将化合物的结构转化为SMILES,复制后输入搜索框,点击+号,核对右边显示的结构是否与目标杂质一致。

模型选择:点击左边SELECT,然后选择Mutagenicity(Amestest)model(CAESAR)-V.1.0.3

报告路径选择:点击Export,选择PDFreports(oneforeachmodel),然后选择在计算机中报告输出的路径。

3.3QSARToolbox的使用方法

由于QSARToolbox与Toxtree为同一规则,且使用的决策树均为Invitromutagenicity(Amestest)alertsbyISS,两者预测结果是一样的。考虑到Toxtree为java形式运行,使用更方便,建议直接用Toxtree即可。

杂质评估结果在CTD资料中的书写格式:

[1]ICH.AssessmentandcontrolofDNAreactive(mutagenic)impuritiesinpharmaceuticalstolimitpotentialcarcinogenicriskM7(R2).InternationalCouncilforHarmonisationofTechnicalRequirementsforPharmaceuticalsforHumanUse(ICH)

[2]HonmaM,KitazawaA,CayleyA,etal.Improvementofquantitativestructure–activityrelationship(QSAR)toolsforpredictingAmesmutagenicity:OutcomesoftheAmes/QSARInternationalChallengeProject.Mutagenesis.2019;34(1):3–16.

[3]Cassano,A.,Raitano,G.,Mombelli,E.,Fernández,A.,Cester,J.,Roncaglioni,A.,Benfenati,E.,2014.EvaluationofQSARmodelsforthepredictionofAmesgenotoxicity:aretrospectiveexerciseonthechemicalsubstancesregisteredundertheEUREACHregulation.J.Environ.Sci.HealthC32,273–298.

THE END
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14.葛彩慧个人信息处理原则的历史考察与比较研究澎湃号·政务再如,对最早于1980年的《OECD隐私指南》中被确认的目的限定原则,国内有学者认为,应当将目的限制原则与目的明确原则区分开,这两者虽然联系紧密,但目的明确原则旨在要求数据处理者进行处理应有明确的目的,而目的限制原则主要在于确保处理者对于个人数据的收集和处理受到该“明确目的”之限制。但也有学者对此提出反对意见,https://www.thepaper.cn/newsDetail_forward_18277412
15.www.pajsl.com/mokohtml/12249/90019首尔G20峰会通过三千多条新闻,将世界范围内最有影响力的媒体的焦点都集中起来。因此,这将会是使韩国国家形象向更好的方向发展的良好机会。另外,在OECD(经合组织)30个国家中排名第19位的韩国国际地位也将会通过此次会议上升2~3个台阶。 教育部门也已协调“劳委会”,拟开放陆生参加技术士技能检定,但强调只是陆http://www.pajsl.com/mokohtml/12249/90019
16.经合组织MAD数据互认系统为各国每年节省3.09亿欧元经济合作与发展组织(OECD)成立于1961年,目前已有38个成员国。为规范实验管理,增强实验的有效性和可靠性,确保向登记部门提交的安全性评价数据的可靠性,主要针对农药、医药、化妆品、工业化学品等领域的非临床人类健康和环境安全测试,OECD组织制定了GLP良好实验室规范。 https://www.reach24h.com/agrochemical/industry-news/oecd-glp-and-mutual-recognition-of-data
17.一起学QSAR之软件工具篇:OECDQSARToolbox介绍化学品可以根据“相似性”(结构或机理相似性)的不同度量进行分组,以便在类别数据中,可以通过交叉参照(Read-across)或趋势分析(Trend analysis)来填补空白。这是工作流程中的关键步骤,Toolbox中提供了几个选项来帮助用户更好地定义类别。 在类别定义部分,用户可以: 1、根据目标结构的具体情况搜索类似物——查找目标https://qsarchina.com/newsinfo/2821384.html
18.新澳精准资料免费提供网站有哪些,详细解答解释落实在当今信息化时代,数据已成为各行各业不可或缺的资源,对于数据分析爱好者、研究人员以及需要大量数据支持决策的企业来说,找到可靠且免费的数据源至关重要,特别是在澳大利亚这样一个拥有丰富自然资源和独特生态系统的国家里,获取关于其环境、经济和社会等多方面的精准资料显得尤为重要,本文将介绍几个提供新澳(即新西兰与https://jlyptech.cn/post/5099.html
19.东体:海港应考虑为武磊寻找替补,与奥斯卡的沟通还在进行中海港的进攻线围绕奥斯卡、武磊、巴尔加斯三名核心展开,中锋古斯塔沃虽然最后阶段错过多次机会,但整个赛季中依然贡献了超过20球的数据,而即便无法进球,古斯塔沃在场上的策应能力依然出色。不过需要看到的是,当这几名球员出现状态回落或者伤病时,海港的后手不算多,大部分情况下,穆斯卡特的首选是冯劲,不过他是边锋,更多时候http://m.kmjljz.cn/PUZ/moa/oHO.html
20.oecd数据库Insights and context to inform policies and global dialoguehttp://www.oecd-ilibrary.org/