中国人对于伊斯兰教开始进行真正学术性的研究工作，应该说是在明代。
明初，太祖朱元璋推行较为开明的政策，起用一批穆斯林为其安邦治国的大业服务，并注意吸收外来的阿拉伯文化。他曾敕令翰林院对从元大都宫廷接收的“乾方先圣之书”数十百册进行翻译，并批示参加译书工作的海达儿、阿答兀丁、马沙亦黑、马哈麻等人：“尔西域人，素习本音，兼通华语，其口以授儒，尔儒译其义，辑成文焉。惟直述，毋藻绘，毋忽。”当时翻译的主要是“天文、阴阳、历象”等书，但其中也涉及宗教的教理教义，钦天监回回太师马沙亦黑在其《回回天文经·序》中写道：“天理无象，其生人也，恩厚无穷。人之感恩而报天也，心亦罔极。然而大道在天地间茫昧无闻，必有聪明睿智圣人者出，心得神会斯道之妙，立教于当世。后之贤者接踵相承，又得上古圣人所传之妙，以垂教于来世也。圣人穆罕默德及后贤辈出，有功于大道者昭然可考。逮大贤阔识牙耳大贤者生，阐扬至理，作为此书，极其精妙。后人恪守尊崇、纵有明智，不能加规而矩也。”这段议论实际上是在阐述伊斯兰教的认主观以及差圣人、降经典、教化世人的基本教义。
随着郑和下西洋这一空前的航海活动，中国与阿拉伯国家的相互了解日渐加深。马欢的《瀛涯胜览》，费信的《星槎胜览》，黄省曾的《西洋朝贡典录》，罗日**的《咸宾录》以及《记录汇编》、《明朝典故》、《潜确类书》、《明朝世法录》、《吾学编》、《历代小史》、《大明一统志》、《文苑潇湘》、《凤洲汇苑》、《八紘译史》、《古今说海》、《职方外纪》、《七修类稿》、《怺化类编》、《明百官考》等著作中，对阿拉伯国家及伊斯兰教、包括对麦加的克尔白、麦地那的穆罕默德墓等，都有具体描述。值得一提的是，郑和的祖父和父亲都是朝觐过麦加的“哈只”，郑和本人也曾“遣通事七人”至天方，归国时还带回京一册《天堂图》。这是目前所知中国最早的一张麦加清真大寺图。、
明代不少清真寺碑铭，是当时人们对伊斯兰教研究的具体成果。如西安的《创建清真寺碑记》及李时荣撰《敕赐清修寺重修碑记》，山东济南清真南大寺掌教陈思撰写的《来复铭》，浙江嘉兴马化龙撰《嘉兴府建真教寺碑记》，北京昌平镇清真寺陈如松撰《重建礼拜寺碑记》，北京三里河清真寺石三畏撰《重修清真寺碑记》，河北大名南关小东街金贤撰《礼拜寺碑记》、泉州李光缙撰《重修清净寺碑记》等等，都是珍贵的中国伊斯兰教研究文献资料。这些碑记者有各自的特点，但其共同而突出的特点是将伊斯兰教教义进一步与中国传统文化相结合。如金贤在大名碑记中云：“尝考其教，大要以敬天为主，以清心寡欲为训，而正纲常、辨义利、审取舍、昭淑慝，以劝戒者，大抵皆归于道也，其异于诸夏之圣人者盖寡也。”李光缙在介绍伊斯兰教斋戒时，竟以中国二十八宿的“亢牛娄鬼”四个星宿名作为穆斯林每月的四个斋戒日，并用中国“斋必素食”的习惯去进行解释；他甚至用《周易》之说去说明清净寺的建筑风格，说该寺的各个建筑部分分别象征着苍穹九天、太极、两仪、四象、八卦、十二个月、二十四节气等。这些碑记的进一步“附儒”，为后来汉文译著的作者接受儒家影响打下了基础。
明中叶以后，陆续出现了一批回族穆斯林的宗教学者。他们中有人致力于创办伊斯兰教经堂教育，有人则直接从事宗教典籍的翻译与著述，对中国伊斯兰教学术思想的发展做出了贡献。创办中国回族系统经堂教育的胡登洲，对“经文教典之义，天人性命之理，无不豁然尽解”，慨然“以发明正道为己任”，“而于阿补·哈尼法数百年不及之道，至我太师祖承统发明而不堕矣”，因此被时人称作伊斯兰教之“津梁”和“阿补·哈尼法之贤助”。又有张忻、詹应鹏二人，分别崇祯七年（1634）、九年（1636）撰写了《清真教考》、《群书汇辑释疑》。张忻潜心于伊斯兰教义、教史的研究考证，据他自己说：“《清真教考》者，考其教之源流本末，以教天下万世者也。”詹应鹏也深明于伊斯兰教义，在自己的著作中特别强调了“事主非事天也”的观点，提出了很精辟的“教贵得其原”、“教贵得其全”及“事主以尽其伦”的思想，一扫以前方志中所谓伊斯兰教“专以事天为本”的观念，这两本著作对后来汉文译著的影响是很大的。
明末清初，在中国伊斯兰教史上是一个重要的发展时期，也是伊斯兰教学术研究有突飞猛进的发展时期。这种学术发展一直延续至清末，出现了一大批学术成果和伊斯兰教学者。概括而言，这一时期的伊斯兰教学术活动有如下一些特点：
第一，研究内容广泛，涉及到伊斯兰文化的各个领域，如认主学、教法学、哲学、史学、文学、语法学、逻辑学、圣训学、经注学、回回天文学、回回医学、算学以及典礼制度、民俗等等，均有涉猎。
第三，伊斯兰教的基本经典《古兰经》、“圣训”在中国已有人进行抽译和选择，并有中国版的《古兰经》阿拉伯文木刻本；其他一些伊斯兰教典籍，如《木噶麻忒》及各种《古兰经》等。被引进中国并被回族穆斯林学者所研究。
第四，伴随着对教义的研讨，加速了中国伊斯兰教教派与学派的分化，出现了苏非派性质的哲合林耶、尕德林耶、虎非耶、库布林耶等门宦教派及伊合瓦尼、西道堂等教派；出现了陕西学派、山东学派、云南学派等不同的经堂学派；经堂教育由盛期渐趋衰落，至清末已孕育着新式宗教教育的诞生。
第五，对这一时期学术成果的内容稍加分析即可发现，回族穆斯林学者既成功地坚持了伊斯兰教基本的教义原则，又程度不同地吸收了伊斯兰教苏非主义原理，并自觉或不自觉地将伊斯兰教义与以儒家为代表的中国传统文化相结合，建构了具有中国特色的伊斯兰教回回经学体系。
第六，大批清真寺在清代创建、重建、扩建，具有中国特色的伊斯兰教建筑风格业已形成，这是中国伊斯兰教学术研究理论指导下的必然结果。
第七，一批满族、汉族的帝王、亲王、官僚、学者对伊斯兰教的重视、了解与认识比前代较为深刻。他们或就某些涉及穆斯林的事件发表上谕、圣旨、御批，或为清真寺撰写碑文匾联，或为伊斯兰教汉文译著作序写跋，或直接书写诗文表达对这种宗教的观察与认识。林则徐写有《回疆竹枝词》24首，以诗词形式介绍了伊斯兰教的经典、斋戒、肉孜节、礼拜、教历、饮食、婚姻、丧葬以及新疆的和卓与麻札崇拜等。萧雄著有《新疆杂述诗》4卷，其中《教宗》一诗不啻是一篇对伊斯兰教的研究心得；其他如《衣服》、《文字》、《风化》、《刑法》、《伦理》、《婚嫁》、《生子》、《丧葬》、《历法》等诗，也都从不同角度向人们介绍了新疆伊斯兰教及其特点，不能以游戏文字视之。
二、空前活跃时期
1911-1949年是中国伊斯兰教研究史上空前活跃的时期，研究的广度、深度大大超过以前任何一个时期，涌现了一大批中国伊斯兰教研究学者，既有教内学者，也有教外非穆斯林学者，他们都从不同的角度写出许多学术成果。
从研究角度上看，涉及到伊斯兰教的历史、经典、教义、教法以及中国伊斯兰教历史、族教关系、寺院建筑、人物、教派、经著学说、文化教育、金石文物、生活风俗、各地穆斯林概况等相当广泛的内容。教内学者、教外学者、国外学者，分别从不同角度去研究中国的伊斯兰教，从而大大开拓了研究领域和视角。尤其值得注意的是，在研究中国伊斯兰教问题时，人们不仅注意到东南沿海及中原地区的回族，而且注意到东南沿海及中原地区回族，而且注意到西北边陲、西藏等地的各族穆斯林。顾颉刚、李得贤等对“撒拉回”的研究，海维谅、王日蔚、苏北海、李晋年等对新疆伊斯兰教的研究，马鹤天的《赴藏日记》及马瑛富的《穆斯林的旗帜飘扬在拉萨》等文，都是很可贵的。
研究深度也较前代大大加强。具体表现在以下几方面：
第一，《古兰经》的通译本一部又一部地陆续出版，特别是杨仲明、王静斋两位阿訇的不同译本问世，使中国伊斯兰教的学术研究活动提高到一个新水平。赵振武、王静斋、谢松涛等众多学者关于译经问题的讨论，有力地推动了穆斯林译经活动的开展和深入，也带动了对其他伊斯兰典籍的翻译活动，从而深化了对伊斯兰教的研究。马坚所译《回教真相》、《回教哲学史》、《回教教育史》、《古兰经》以及纳忠、王静斋、马君图、庞士谦、李廷相等人的大量译著，都是这一时期重大的翻译成果。
学者们还就回族与伊斯兰教关系问题展开了争鸣，王日蔚的《回族回教辩》、金吉堂的《回教民族说》、尹伯清的《回教与回族辨》，是这方面的代表作。
一代大家陈垣教授在所著《回回教入中国史略》中，创造性地提出编纂《中国回教志》的设想；据此，回族学者金吉堂深受启发，在其《中国回教史研究》中提出关于“未来中国回教史的构造”及其对编纂《中国回教志》的具体设想。
与此同时，水子立的《世界回教史略》、马邻翼的《伊斯兰教概论》、白铭庵的《回教考》、马良骏的《考证回教历史》等一些专著相继发表，表明中国学者对伊斯兰教历史文化的系统研究已经拉开了帷幕。一些马克思主义者因革命斗争的需要，在中国共产党的领导下，也开始了对伊斯兰教的研究工作。罗迈的《长期被压迫与长期奋斗的回回民族》、《回回问题研究》及民族问题研究会的专著《回回民族问题》中，对回族与伊斯兰教的关系、伊斯兰教传入中国、中国伊斯兰教派与门宦制度等诸多问题，都进行了有益的探讨，为正确认识回族与伊斯兰教提供了全新的思路，具有重大的指导意义。总之，这一时期人们已经注意从世界与中国历史文化的大背景中去考察中国伊斯兰的历史，中国伊斯兰教中作为中国史学的一个独立分支学科得以建树。
第三，中国伊斯兰教人物、寺院、教派、文化、教育、哲学、科技等各方面研究都有了重大进展。
在寺院古迹方面，开展了对全国清真寺的初步普查工作。汪沛、唐振之、马以愚、寻真、唐宗正、金吉堂、杨健美、李福顺等数十人，经过艰苦努力，写出了许多有意义的文字材料。桑原骘藏、陈垣、白寿彝等人对西安化觉寺《创建清真寺碑》真伪的考证，白寿彝对怀圣寺、清净寺碑记的研究，奚利福对山东济南清真南大寺《来复铭》的披露，都具有较高的学术价值。
此外，这一时期的学术成果还有许多。它们或者发表在《月华》、《伊光》、《天方学理》等伊斯兰教刊物及《禹贡》等学术刊物上，或者以专著的形式独立成行，还有的则反映在如张星烺先生的《中西交通史料汇编》等作品中。限于篇幅，就不一一列举了。
三、研究的繁荣时期
新中国成立以来，中国伊斯兰教学术研究大致分为两个阶段：“文革”前为第一阶段，“文革”后为第二阶段。
在这一阶段中，最具学术意义的倒不是所出版的那些为数不多的文字成果，而是中科院世界宗教研究所的诞生。
1963年12月30日，毛泽东主席在一个文件上写了如下批示：
对世界三大宗教（耶稣教、回教、佛教），至今影响着广大人口，我们却没有知识，国内没一个马克思主义者领导的研究机构，没有一本可看的这方面的书。
遵照毛泽东这一批示的精神，1964年7月，任继愈教授奉命筹建了世界宗教研究所并担任所长。虽然在“文革”前该所未能捧出有关伊斯兰教的研究成果，但作为中国当时唯一的一个专门研究宗教的科研机构，其存在本身就令人看到了对伊斯兰教进行大规模的深入研究的希望。
1978年以后，经过“文革”时期的停顿，中国伊斯兰教研究工作得到了迅速的恢复和发展，成为当代中国社会科学院研究百花园中的一朵奇葩。其成就具体表现在以下几个方面：
1.召开伊斯兰教学术讨论会，广泛交流学术研究成果。
2.发表了大量的学术论文、译文和资料。
3.出版了一大批专著、译著及伊斯兰汉文古籍。
专著：如马通的《中国伊斯兰教派与门宦制度史略》、《中国伊斯兰教派门宦溯源》，勉维霖的《宁夏伊斯兰教派概要》，杨永昌的《漫谈清真寺》，刘致平的《中国伊斯兰教建筑》，陈达生的《泉州伊斯兰教石刻》，魏良弢的《喀喇汗王朝史稿》，冯今源的《中国的伊斯兰教》，高占福的《西北穆斯林社会问题研究》，林松、和龚的《回回历史与伊斯兰文化》，刘东声、刘盛林的《北京牛街》，杨怀中、余振贵主编的《伊斯兰与中国文化》，张永庆等人的《伊斯兰教与经济》，马平、赖存理《中国穆斯林民居文化》，金宜久主编的《伊斯兰教概论》、《伊斯兰教史》，杨启辰主编的《〈古兰经〉哲学思想》等等。
系列丛书：如王志远主编的“宗教文化系列丛书”中，伊斯兰教即已出版了《伊斯兰教历史百问》、《伊斯兰教文化百问》、《伊斯兰典籍百问》、《伊斯兰教艺术百问》、《古兰经百问》及译著《伊斯兰思想历程》；齐鲁书社出版了《伊斯兰教文化面面观》、中国社会科学出版社出版了“伊斯兰文化丛书”13本著作；商务印书馆出版的“中国文化史知识丛书”中有秦惠彬的《中国的伊斯兰教》；中国广播电视出版社的《宗教知识宝典》中有冯今源撰《伊斯兰教》；外文出版社出版的阿拉伯文“中国伊斯兰文化丛书”共4本，即冯今源的《中国的伊斯兰教》、秀源的《中国穆斯林问答》，李华英的《中国清真寺》，朱宁的《中国穆斯林各民族》；四川人民出版社出版的“宗教经书宝典系列”中，有林松的《古兰经知识宝典》。中国伊斯兰协会近年内还将推出“伊斯兰教文化知识系列丛书”约100本，工程浩大，已引起世人瞩目。
此外，一大批回族、伊斯兰教汉文古籍已经宁夏及陕西、青海的回族学者整理、点校出版发行，如刘智、王岱舆、马注、马德新、王静斋等人的作品。
总之，广大学术工作者在历经“文革”十年浩劫后，在改革开放及宗教信仰自由政策、知识分子政策不断正确贯彻落实，学术气氛宽松的大气候下，冲过了学术研究的荒山大漠，或整理旧稿，或创制新作，或埋首书案，或社会调研，使中国的伊斯兰教研究事业呈现前所未有的辉煌。《中国伊斯兰教百全书》的诞生，就是对这一时期成果的系统总结。1997年，中国社会科学出版社还将出版60万字的《中国伊斯兰教史》，同样也是在十多年来我国伊斯兰教研究基础上的产物。这些成果来之不易；今后的任务仍十分艰巨。但是，局面已经打开，队伍已经形成，中国伊斯兰教研究事业在中国共产党的领导下必将更加深入持久地发展，取得越来越大的成就。我们对中国伊斯兰教研究事业的发展前景，充满着信心和希望。