“在第二次中央新疆工作座谈会上，习近平总书记提出处理宗教问题的基本原则，就是保护合法、制止非法、遏制极端、抵御渗透、打击犯罪。这是首次增加了‘遏制极端’这四个字。”新疆社会科学院助理研究员于尚平表示，“这也说明了中央对新疆形势的研判是十分到位和准确的，充分认识到新疆当前最大的危害是宗教极端主义。”
“宗教极端主义虽然与宗教有关联，但只是利用与被利用的关系，从本质上说它并不属于宗教范畴而是政治范畴的问题。在特定地区和特定环境下，宗教极端主义往往与民族分裂主义和暴力恐怖主义相互勾结、利用，形成三位一体的分裂势力。可以说宗教极端主义是恐怖主义的思想根源。”新疆社会科学院中亚研究所研究员马品彦说，“伊斯兰极端主义不承认民族，而是简单地把人按宗教信仰分为穆斯林与异教徒两个群体，并一直对伊斯兰圣战进行歪曲的和极端化的解释。鼓吹‘杀异教徒者进天堂’的谬论，严重危害社会安全稳定。其实，这种谬论站不住脚，《古兰经》中强调‘作恶者下火狱’，又怎么可能让‘杀戮者’进‘天堂’呢？”
马品彦表示，当前宗教极端主义对社会危害很大，首先是危害国家安全，由于宗教极端主义的首要目标是建立宗教统治的政权，所以它必然以颠覆和推翻一切世俗国家政权为目标。其次，制造不同信教群体之间的仇视和斗争，撕裂族群与社会。宗教极端主义不管如何自我标榜，但其极端主义的行为实际上不得人心，这就迫使宗教极端主义不得不采取欺骗的手段去蛊惑宗教信徒，刺激他们的宗教情绪，煽动宗教狂热，以挑起不同信教群体之间的仇视和斗争。第三是毒化宗教氛围，损毁宗教形象和声誉。由于一般宗教信徒没有丰富的宗教知识，更缺乏对宗教典籍的研究，容易把被宗教极端分子歪曲和极端化解释的东西当作正确的宗教知识加以接受，从而受到毒害，宗教氛围也因此而被毒化。最后一点，则是对维吾尔族的传统文化造成了毁灭性的打击。维吾尔族作为一个能歌善舞的民族而广为人知，但宗教极端主义，则宣扬阿拉伯化，禁止唱歌跳舞、禁止妇女穿着传统民族服饰等。现在令人高兴的是，维吾尔族的精英们已经感受到其传统文化受到了挑战，并且开始集体发声。文化是一个民族的灵魂，失去民族文化那么这个民族就没有未来与希望。
于尚平则表示，宗教极端主义是全世界爱好和平的各国人民的共同敌人，反对宗教极端主义不仅是各国政府的职责，也是普通民众包括宗教人士和宗教信徒义不容辞的责任。通过统一全疆干部群众的思想认识，去极端化、大力改善民生等方式，可以有效地遏制宗教极端主义的发展。新疆日报讯(记者陈蔷薇姚彤报道)