《财政部国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）附件1《营业税改征增值税试点实施办法》第一条规定，在中华人民共和国境内（以下称境内）销售服务、无形资产或者不动产（以下称应税行为）的单位和个人，为增值税纳税人，应当按照本办法缴纳增值税，不缴纳营业税。
第六条规定，中华人民共和国境外（以下称境外）单位或者个人在境内发生应税行为，在境内未设有经营机构的，以购买方为增值税扣缴义务人。财政部和国家税务总局另有规定的除外。
第十二条规定，在境内销售服务、无形资产或者不动产，是指：（一）服务（租赁不动产除外）或者无形资产（自然资源使用权除外）的销售方或者购买方在境内。
第二十条规定，境外单位或者个人在境内发生应税行为，在境内未设有经营机构的，扣缴义务人按照下列公式计算应扣缴税额：
应扣缴税额=购买方支付的价款÷（1+税率）×税率
财税〔2016〕36号文件附件1后附《销售服务、无形资产、不动产注释》第二条规定，销售无形资产，是指转让无形资产所有权或者使用权的业务活动。无形资产，是指不具实物形态，但能带来经济利益的资产，包括技术、商标、著作权、商誉、自然资源使用权和其他权益性无形资产。技术，包括专利技术和非专利技术。
根据上述规定，境外企业向境内企业转让非专利技术，因受让方在境内，境外企业属于在境内销售无形资产，属于增值税的纳税人，境外企业在境内未设有营业机构的，以境内企业为扣缴义务人，并按6%的税率代扣代缴增值税。
境外企业可以享受免征增值税优惠吗？
2.城建税及附加
《城市维护建设税法》（主席令第五十一号）第三条规定，对进口货物或者境外单位和个人向境内销售劳务、服务、无形资产缴纳的增值税、消费税税额，不征收城市维护建设税。
根据上述规定，境外企业向境内企业转让非专利技术，不需要缴纳城建税、教育费附加和地方教育附加。
3.企业所得税
第四条第二款规定，非居民企业取得本法第三条第三款规定的所得，适用税率为20%。
第三十七条规定，对非居民企业取得本法第三条第三款规定的所得应缴纳的所得税，实行源泉扣缴，以支付人为扣缴义务人。税款由扣缴义务人在每次支付或者到期应支付时，从支付或者到期应支付的款项中扣缴。
第五十八条规定，中华人民共和国政府同外国政府订立的有关税收的协定与本法有不同规定的，依照协定的规定办理。
（一）销售货物所得，按照交易活动发生地确定；
……
（五）利息所得、租金所得、特许权使用费所得，按照负担、支付所得的企业或者机构、场所所在地确定，或者按照负担、支付所得的个人的住所地确定；
（六）其他所得，由国务院财政、税务主管部门确定。
第九十一条第一款规定，非居民企业取得企业所得税法第二十七条第（五）项规定的所得，减按10%的税率征收企业所得税。
根据上述规定，境内企业向境外企业支付的非专利技术使用费需要代扣代缴企业所得税，税率一般为10%，如果我国政府与境外企业所在国政府签订的税收协定规定的税率低于10%的，按税收协定规定的税率执行。
4.印花税
《印花税法》（主席令第八十九号）第一条规定，在中华人民共和国境内书立应税凭证、进行证券交易的单位和个人，为印花税的纳税人，应当依照本法规定缴纳印花税。
第二条规定，本法所称应税凭证，是指本法所附《印花税税目税率表》列明的合同、产权转移书据和营业账簿。
第十四条第一款规定，纳税人为境外单位或者个人，在境内有代理人的，以其境内代理人为扣缴义务人；在境内没有代理人的，由纳税人自行申报缴纳印花税，具体办法由国务院税务主管部门规定。
《印花税法》附件《印花税税目税率表》中“产权转移书据”包括土地使用权出让书据、土地使用权转让书据、房屋等建筑物和构筑物所有权转让书据（不包括土地承包经营权和土地经营权转移）、股权转让书据（不包括应缴纳证券交易印花税的）、商标专用权转让书据、著作权转让书据、专利权转让书据、专有技术使用权转让书据。其中，商标专用权转让书据、著作权转让书据、专利权转让书据、专有技术使用权转让书据税率为价款的万分之三。
根据上述规定，境内企业向境外企业支付非专利技术使用费，不需要扣缴印花税。
《国家税务总局关于营业税改征增值税试点中非居民企业缴纳企业所得税有关问题的公告》（国家税务总局公告2013年第9号）规定，营业税改征增值税试点中的非居民企业，取得《中华人民共和国企业所得税法》第三条第三款规定的所得，在计算缴纳企业所得税时，应以不含增值税的收入全额作为应纳税所得额。
《国家税务总局关于非居民企业所得税源泉扣缴有关问题的公告》（国家税务总局公告2017年第37号）第六条规定，扣缴义务人与非居民企业签订与企业所得税法第三条第三款规定的所得有关的业务合同时，凡合同中约定由扣缴义务人实际承担应纳税款的，应将非居民企业取得的不含税所得换算为含税所得计算并解缴应扣税款。
举个例子：
境内企业与境外企业签订非专利技术转让合同（假设不享受免征增值税优惠），合同价款100万元（合同约定应扣缴的税款由境内企业承担），如何计算扣缴的增值税和企业所得税（增值税率为6%，企业所得税税率为10%）
不含增值税含企业所得税的所得额（即含税所得）＝不含税所得／（1－所得税税率）
含税所得＝100/（1－10%）＝111.11万元
扣缴增值税＝111.11×6%＝6.67万元
扣缴企业所得税=111.11×10%=11.11万元
折算的包含各种税款的合同总价款为100＋6.67＋11.11＝117.78万元。
可以验证一下：
假设合同价款为117.78万元，（合同约定应扣缴的税款由境外企业承担），具体计算如下：