建文四年（1402年）六月十三，朱棣大军进入南京城，长达四年的靖难之役就此结束。与此同时，南京皇宫燃起熊熊大火，作为战败者的建文帝朱允炆就此失踪，曾为帝王的朱允炆到底去了哪里？则就此成为了历史一大谜团。
建文帝朱允炆剧照
正史虽然对建文帝生死记载不同，但朱棣态度说明建文帝并未死去
根据《明实录·太宗实录》的记载，当朱棣进入南京城后，诸王和文武群臣等人全部前来拜见，建文帝朱允炆也曾打算出迎，但皇宫已是人去楼空，仅有内侍数人，于是叹道"我何面目相见耶"，逐阖宫自焚。
朱棣见到宫中火起，连忙派人前往救火，然而还是迟了一步，使者只是"出其尸于火中"，朱棣得到禀报后哭诉道，"果然，若是痴呆耶！"
同样出自于《明实录·太宗实录》，朱棣登基后，在给朝鲜国王的诏书上也写道，"不期建文为权奸逼胁，阖宫自己焚燃"。
在《成祖本纪》中，同样记载着"宫中火起，帝不知所终。燕王遣中使出帝后尸于火中"。
然而在《补本》中，却记载道"棣遣中使出后尸于火，诡云帝尸，越八日壬申，用学士王景言，备礼葬之"。也就是说，朱棣只在火场中发现了皇后的尸体，但并未发现建文帝的尸体，只是由于形势需要而称指着皇后尸体说是建文帝，并按照学士王景的建议，将其厚葬。
《明书·建文皇帝本纪》中也记载"上入宫，忽火发，皇后马氏暴崩，程济奉上变僧服遁去。燕王遂入宫……因指烬中后骨以为上！"这个记载的更为详细，说皇后马氏死于宫中大火，而建文帝则穿着程济提供的僧服而逃走，朱棣入宫后称皇后尸体是建文帝。
由此可见，各个版本的正史中竟然出现了自焚而死和不知所踪两种记载，而根据《明史·胡濙传》的记载，朱棣曾于永乐五年（1407年）派遣胡濙"隐察建文帝安在"，可见朱棣也并不相信建文帝死于火中，因而判断建文帝应当未死，或者至少没能发现建文帝的尸体。
建文帝下落到底如何？野史版本各不相同，胡濙寻访结果不得而知
正史的含糊其辞，使得建文帝下落之谜成为了经久不衰的话题，而民间则因此出现了各种不同的版本，主要有以下三种传说。
1、东山再起说。这种说法认为，建文帝在城破之际，并不甘心失败，因而逃出南京意图东山再起，证据便是《明史纪事本末·建文逊国》中朱允炆的一首诗，其中"遥想禁城今夜月，六宫犹望翠华临"一句明显彰显了复辟之心。侧面证据则是朱棣继位之后的大规模清洗。除了对方孝孺、齐泰、黄子澄等建文近臣的处决外，其他臣子也多有株连，例如建文旧臣茅大芳因为先写的一首诗："幽燕消息近如何？闻道将军志不磨，纵有火龙翻地轴，莫教铁马渡天河"而被满门抄斩。这种说法认为，正是由于建文帝成功逃走，且有东山再起之意，朱棣因怕建文旧臣依旧忠于旧君，所以才斩草除根。
正续禅寺中大雄宝殿门前的楹联
2、出家为僧说。相传建文帝曾于永乐元年（1403年）避难入滇，在狮子山正续禅寺为僧，而该寺大雄宝殿门前更是有一副楹联，上书"僧为帝，帝亦为僧，数十载衣钵相传，正觉依然皇觉旧；叔负侄，侄不负叔，八千里芒鞋徒步，狮山更比燕山高"，可见书写此联者坚信建文帝曾在此为僧。而《明史纪事本末·建文逊国》中也有记载，说建文帝流落西南时曾作诗曰"阅罢楞严磬懒敲，笑看黄屋寄团瓢。南来瘴岭千层回，北望天门万里遥。款段久忘飞凤辇，袈裟新换衮龙袍。百官此日知何处？惟有群鸟早晚朝"，这首诗明显兼有皇帝和僧人的双层身份，若果真出自建文帝之手，也可证明其曾出家为僧。
3、落叶归根说。《明史纪事本末·建文逊国》有载，明英宗正统五年（1440年），建文帝朱允炆"出亡盖三十九年矣。会有同寓僧者……诣思恩知州岑瑛，大言曰，'吾建文皇帝也。'瑛大骇，闻之藩司，因系僧，并及帝，蜚章以闻，诏械入京师。"而到了京城之后，经过调查却得出了此人乃是冒充的结论，其真名叫杨行祥，但经伺候过建文帝的老太监吴亮辨认，此人正是建文帝朱允炆，"于是迎建文帝入西内"。而《万历二年十月实录》中也证实了此事的存在，虽细节不同，但大体不差。不过在《罪惟录·惠帝纪论》中，却直接认定杨行祥乃是假冒建文帝，并认为建文帝到北京之说乃是假的。
综上所述，如果三种说法为真，那么建文帝的下落大致也可梳理出来了，逃往后先是意图东山再起，但在天下已定的情况下，最终选择了出家为僧，老年之后又返回了北京。不过，这个结论目前只是停留在猜测层面，并没有直接有力的证据。
而根据《明史·胡濙传》的记载，胡濙外出寻访建文帝下落长达十六年，只在永乐十四年（1416年）至永乐十七年（1419年）返朝为官，而在胡濙寻访没有加结果的情况下，在听说建文帝可能由海路逃往后，朱棣又派郑和数次下西洋寻访。永乐二十一年（1423年），胡濙寻访归来，朱棣在已经就寝的情况下立即起床召见，两人私下交谈甚久，直到四更时胡濙方才离开，而听了胡濙的叙述，朱棣"至是疑始释"。
胡濙的寻访结果到底是什么？已经无人能知，或者已经确定建文帝已死，或者建文帝早已没有了雄心壮志，亦或者建文帝见朱棣治理江山比自己要强，因而选择了安度晚年。总之，胡濙的探访结果已经成了谜团，但从最终的结果看，建文帝至少对朱棣的皇位已经没有了威胁。