一、遗传和先天性异常遗传学因素是导致男性不育的因素之一，以染色体异常最常见。
染色体异常：(1)染色体数目异常，如：性染色体非整倍体47XXY、47XYY和45X等；常染色体非整倍体21-三体、18-三体等；(2)染色体结构异常,主要表现为：染色体的易位、倒立、插入、缺失、重复、等臂染色体、双着丝染色体和环状染色体等，以染色体易位最常见。
其他生殖系统先天性异常：睾丸下降不全，先天性无睾症，生精阻滞，唯支持细胞综合征，附睾及输精管发育异常如输精管的缺如、发育不全、异位和重复等，尿道发育异常，如尿道下裂等。
三、男性生殖系统疾病及男性生殖系统感染性不育男性生殖系统疾病及男性生殖系统感染均可并发精液指标异常。男性生殖道感染包括性腺感染、副性腺感染和输精管道感染，病原体种类繁多，常见的有细菌、病毒、支原体、衣原体、梅毒、结核等，如睾丸炎、前列腺炎、精囊炎、附睾炎、输精管炎、精阜炎、尿道炎和生殖系统结核等；生殖系统疾病如睾丸肿瘤、睾丸扭转、睾丸损伤和精索静脉曲张等。
四、免疫学因素生殖道损伤引起的精子自身免疫反应、生殖道感染引起血-睾屏障被破坏、附睾睾丸炎导致生殖道梗阻并破坏生理性免疫调节机制等。抗精子抗体影响男性生育能力的机制：（1）影响精子活力和穿透宫颈黏液的能力，精子表面抗精子抗体可导致精子互相凝集，导致精子呈摇摆式运动，影响精子前向活动能力，还影响精子穿透宫颈黏液的能力。（2）降低精子活率，抗精子抗体细胞毒作用可以杀死精子。（3）影响精卵结合过程，抗精子抗体影响精子透明带结合、抑制精子获能和精卵结合过程。（4）对胚胎发育的影响，但目前尚未定论。
五、精子运输障碍1、精子运输障碍是输精管道的部分或完全阻塞，偶尔并发睾丸生精功能障碍，如：睾丸内梗阻多见于感染后局部炎症改变；2、附睾梗阻最常见于附睾感染；3、输精管梗阻可以常发生在腹股沟或阴囊手术后、生殖道结核也较常见约占10%-25%,及输精管结扎术；4、青少年糖尿病及多囊肾等引起的远端输精管道功能异常；5、射精管梗阻常见于先天性的前列腺及射精管囊肿等和如出血、感染、恶变、钙化、结石等引起的后天获得性射精管开口狭窄。
六、医源性因素1、药物：医学诊疗过程中使用的生殖毒性药物有些损害是可逆的，有些是损害是永久的。如：化疗药物、成瘾性药物、心血管疾病药物、精神疾病治疗药物、激素类药物、抗生素类药物、免疫抑制剂、其他药物等。主要有四种途径影响精液质量：（1）睾丸前靶点作用于下丘脑-垂体-性腺轴，（2）睾丸靶点：有些药物具有睾丸毒性，（3）睾丸后靶点：影响附睾内精子成熟过程，（4）影响男性性功能。2、医疗辐射：电离辐射和非电离辐射可以引起物质电离，如放射影像学和核医学检查，放射治疗等。3、手术损伤：男性生殖系统及其邻近部位的手术和操作，以及睾丸活检术、选择性外科取精、输精管造影等。
七、理化、环境和职业因素目前已确认很多物理和化学因素对生殖健康有害，引起男性不育甚至影响胚胎发育如自然流产、胚胎停止发育或畸形等。1.物理因素：生殖细胞是对辐射最敏感的细胞之一，主要包括电离、射线等造成的辐射和热环境等。2.化学因素：常见的包括类似雌激素样作用物质、有机溶剂（如甲醛、苯、甲苯、二甲苯等）、有害气体（如氨气、二氧化硫等）以及农药及杀虫剂等。3.吸烟及酗酒：吸烟影响精子质量以及导致不良孕产或不良人工助孕的结局。酒精可通过损害睾丸生精上皮和影响性激素的合成两种途径来影响精液的质量。4.职业：专业司机，职业厨师，锅炉工、长期久坐及一些特殊行业如放射化工等行业的工作人员。5.重金属及其化合物：铅主要作用于中枢神经系统，影响性腺轴的各个水平；汞、镍、铝、铬、铜、锰等重金属也有报道导致男性生殖毒性、精子质量异常。
八、性功能障碍导致不育的性功能障碍主要包括严重的阴茎勃起功能障碍，不射精，逆行射精。共同点是性生活时无或很少精子进入阴道。射精异常的其他情况如射精延迟、性高潮障碍、严重早泄等也可以引起不育。
九、特发性男性不育没有明确致病因素的精液指标异常所致的男性不育称为特发性男性不育，约占男性不育25%-44%。特发性男性不育患者性功能及射精功能必须正常。大部分特发性男性不育同时表现为少、弱和畸形精子症，单独异常较少。