临床间接喉镜检查表现检查口咽及鼻咽粘膜呈急性充血，腭弓、悬雍垂水肿，咽后壁淋巴滤泡和咽侧索也见红肿。红菌感染者，间或在淋巴滤泡中央出现黄白色点状渗出物。颌下淋巴结肿大并有压痛。严重者，可累及会厌及的会厌襞，发生水肿。为明确致病因素，可进行咽培养和抗体测定。
麻疹
口腔及颊粘膜可以检查麻疹斑，伴有眼结膜炎症状。
猩红热
一般为儿童多见，早期可以出现寒战、高热，可以出现典型的杨梅舌及猩红热样皮疹。
流行性感冒
鼻腔粘膜充血，伴有全身酸痛、乏力以及头痛等症状。
传染性单核细胞增多症
急性咽炎可以出现发热、咽痛症状。扁桃体肿大，表面可以看见灰白色分泌物附着，容易拭去。伴有颈部淋巴结肿大，白细胞早期减少，后期增加，单核细胞增多，一般以超过10%为阳性标准。血清嗜异性凝集试验为阳性。
粒细胞减少性咽峡炎
全身症状重，扁桃体以及周围组织溃疡，有褐色坏死物，白细胞减少，中性粒细胞消失，血小板减少，血沉加快。
淋巴细胞性白血病
血液常规检查可以区别，骨髓涂片可以明确诊断。
急性心肌梗塞
单侧牙齿疼痛或者一侧咽痛，咽部表现不明显患者，需要警惕心血管事件发生。
甲状腺疾病
可以以咽部不适为主要症状，初期多误诊为咽炎，行颈部B超以明确诊断。
奋森氏咽峡炎
是一种溃疡性炎症，主要由厌氧梭形杆菌以及螺旋体感染引发。临床表现多为一侧咽痛，伴有头痛及张口困难，以及全身不适症状。咽拭子涂片检查发现梭形杆菌及奋森螺旋体可以确诊。
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