重庆医科大学附属第一医院消化内科现为博士、硕士学位授予点，国家临床药理基地，重庆市消化疾病诊疗中心，现已建成一个集临床、内镜诊疗技术、科研、教学和优质护理于一体的现代的消化内科，近年来在内镜诊疗方面达到国内先进水平。在西南地区率先开展ERCP、超声内镜引导下胰腺脓肿穿刺引流术、内镜清创术、胰腺囊肿消融术、胆道引流术(EUS-BD)、胃底曲张静脉栓塞术(EUS-SVD)等。
重庆大坪医院消化内科综合水平在全军及重庆市三甲医院中处于领先地位。主要在慢性肝病诊治、消化道早癌内镜下诊断及治疗、血管介入技术等消化疾病的应用及胃肠动力紊乱疾病诊治上具有鲜明特色。对酒精性及非酒精性脂肪肝、肝纤维化、肝硬化、肝癌、重症肝炎等肝病的内科治疗有着系统深入的研究。
重庆医科大学附属第二医院消化内科是重庆市重点学科、重庆市临床重点专科、重庆市消化内镜医疗质量控制中心、重庆市肝病治疗研究中心等，已发展成为医疗技术实力雄厚、临床服务能力和教学科研成绩突出的位居西部领先行列的学科。其中，消化道早癌的内镜下诊疗水平在重庆市名列前茅。
重庆市人民医院消化内科为重庆市消化专业重点专科，是国家规培生培训专业基地，为重庆医科大学、西南医科大学等高校实习基地，是集医、教、研一体的消化系统疾病综合诊疗专科。多年来学科对消化系统常见多发疾病的诊治形成了一套严谨、规范的工作制度，对消化系统危重急病及疑难杂症诊治经验丰富。
重庆市公共卫生医疗救治中心消化内科常年开设有2个肝病门诊，1个消化门诊。有全国著名肝病专家坐诊。科室团队擅长诊治急慢性胃炎、胃食管反流病、消化性溃疡、功能性胃肠病、慢性肠炎、炎症性肠病、痔疮、便秘、消化道出血、消化道肿瘤、急性和慢性胰腺炎等。开展普通和无痛胃肠镜检查、空肠营养管置放、内镜下止血术、消化道异物取出术、氩离子血浆凝固术、消化道息肉切除术、食道曲张静脉套扎术等。
重庆市第九人民医院消化科是北碚区临床重点专科、重庆市医疗特色食管疾病专科、重庆市住院医师规范化培训基地、西京消化病医院北碚区整合医学中心。拥有一支技术力量过硬的医护队伍，全科医护技术人员共35人，其中医生13人，护士22人，正高2人，副高3人，中级14人。全科有10人在省、市级学术团体担任副主任委员、常委、委员。
重庆市南川区人民医院消化内科，现已发展成为集临床、教学、科研为一体的南川区消化疾病疑难重症诊治中心、重庆市临床重点专科。科内拥有日本富士、奥林巴斯内镜主机，电子胃镜，电子结肠镜等先进医疗设备。率先在南川区及周边地区开展ERCP，ESD及EMR，EUS-FNA，食道胃底静脉曲张镜下注射及结扎治疗等重点、复杂和高风险技术，部分技术达到市内先进水平。
重庆市第五人民医院消化内科2016年成为南岸区临床重点专科。设食管胃肠道疾病、肝脏疾病、胰腺疾病、内镜及血管介入等四个亚专业组。配置有奥林巴斯260高清放大及290高清等电子胃肠镜、胶囊内镜、可控胶囊胃镜、超声内镜、氩气刀、高频电刀及多功能心电监护等先进设备。可开展无痛胃肠镜及急诊胃肠镜检查、可控胶囊胃镜及胶囊内镜检查；内镜下早癌诊断及治疗；食管支架置入术及食管狭窄扩张术等治疗。